Pflanzliche Ferredoxine

Die ursprünglich in Chloroplasten gefundene Sorte von Ferredoxine werden „Chloroplasten-Ferredoxine“ genannt. Das aktive Zentrum ist hier ein [Fe₂S₂] Cluster, in dem die Eisenatome durch anorganische Schwefelatome und durch Schwefelreste des Cysteins tetraedrisch angeordnet sind. In Chloroplasten wirken die Fe₂S₂ Ferredoxine als Elektronenüberträger in der Elektronentransportkette des Photosystems I und als Elektronendonatoren für verschiedene Proteine, wie Glutamatsynthase, Nitratreduktase und Schwefelreduktase. In bakteriellen Dioxygenasesystemen dienen sie als Elektronenüberträger zwischen Flavoproteinreduktase und Oxygenase.

Adrenodoxin-Ferredoxine

Adrenodoxin, Putidaredoxin und Terpredoxin sind lösliche Fe₂S₂-Ferredoxine, die als Elektronenüberträger dienen. Im mitochondrialen Monooxygenasesystemen überträgt Adrenodoxin ein Elektron von der NADPH-Adrenodoxin-Reduktase an die membrangebundene Cytochrom P450 Cholesterin-Monooxygenase (CYP11A1) oder Steroid-11β-Hydroxylasen (CYP11B1 bzw. CYP11B2). Dabei wirkt das System seitenkettenabspaltend und ist in den Mitochondrien der Nebennierenrinde zu finden, wo es bei der Katalyse von Steroidhormonen mitwirkt. In Bakterien dienen Putidaredoxin und Terpedoxin als Elektronenüberträger zwischen den NADH-abhängigen Ferredoxinreduktasen und löslichen P450-Cytochromen. Weitere Funktionen anderer Ferredoxine dieser Art sind bisher noch nicht geklärt. Obwohl es zwischen der Aminosäurensequenz von pflanzlichem Ferredoxin und Adrenodoxin keine großen Übereinstimmungen gibt, weisen sie dennoch eine ähnliche Faltung auf.

Thioredoxin-Ferredoxine

Fe₂S₂-Ferredoxin aus Clostridium pasteurianum (Cp2FeFd) wird aufgrund seiner andersartigen Aminosäuresequenz, spektroskopischen Eigenschaften seines Eisen-Schwefel-Clusters sowie seiner einzigartigen Fähigkeit, Cystein durch andere Liganden am [Fe₂S₂]-Cluster ersetzen zu können als eigene Proteinfamilie anerkannt. Obwohl die physiologische Rolle dieses Ferredoxins bisher unklar ist, konnte eine spezifische Wechselwirkung zwischen Cp2FeFd und des Molybdän-Eisen-Clusters der Nitrogenase festgestellt werden. Homologe Ferredoxine von Azotobacter vinelandii (Av2FeFdI) und Aquifex aeolicus (AaFd) wurden ebenfalls beschrieben. Die Kristallstruktur von AaFd wurde aufgeklärt, AaFd liegt als Dimer vor. Die Struktur des AaFd-Monomers unterscheidet sich von anderen Fe₂S₂-Ferredoxinen. Die Faltung der Sekundärstruktur umfasst α- und β-Faltungen, wobei die ersten vier β-Faltblätter und zwei α-Helices eine Variante der Thioredoxinfaltung annehmen.

Bakterielle Ferredoxine

Eine Art von Fe₄S₄-Ferredoxinen, die ursprünglich bei Bakterien gefunden wurde, wird „Bakterielle Art“ genannt. Bakterielle Ferredoxine können wiederum in weitere Untergruppen gegliedert werden, je nach vorliegender Aminosäurensequenz. Die meisten enthalten mindestens eine konservierte Domäne, die vier Cysteinreste enthält, die an das [Fe₄S₄]-Cluster binden. Bei dem Ferredoxin von Pyrococcus furiosus ist ein konservierter Cysteinrest durch Asparaginsäure ersetzt.

Während der Evolution der bakteriellen Ferredoxine kam es durch Genduplikationen und Genaustausch zum Auftreten von Proteinen mit mehreren Eisen-Schwefel-Zentren. In einigen bakteriellen Ferredoxinen hat eine der verdoppelten Domänen eine oder mehrere konservierte Cysteinreste verloren. Diese Domänen haben dann entweder ihre Eisen-Schwefel-bindende Eigenschaft verloren oder binden an einen [Fe₃S₄]-Cluster, anstatt an einen [Fe₄S₄]-Cluster. Mittlerweile sind die 3D-Strukturen für einige bakterielle Mono- und Dicluster-Ferredoxine bekannt. Die Struktur besteht sowohl aus α-Helices als auch aus β-Faltblättern, wobei zwei bis sieben α-Helices und vier β-Faltblätter eine fassähnliche Struktur ausbilden, sowie einem Loop, der drei Cystein-Liganden des Eisen-Schwefel-Clusters enthält.

High-potential Eisen-Schwefel-Proteine

High-potential Eisen-Schwefel-Proteine (HiPIPs) stellen eine eigene Familie der Fe₄S₄-Ferredoxine dar, die in anaeroben Elektronentransportketten agieren. Einige HiPIPs verfügen über höhere Redoxpotentiale als alle anderen üblichen Eisen-Schwefel-Proteine (so hat das HiPIP von Rhodopila globiformis ein Redoxpotential von etwa −450 mV). Die Struktur einiger HiPIPs wurden inzwischen aufgeklärt, ihre Faltungen sind auf α und β Faltungen zurückzuführen. Wie auch in anderen bakteriellen Ferredoxinen, hat auch hier der [Fe₄S₄]-Cluster eine cubanähnliche Struktur und ist durch vier Cysteinreste mit dem Protein verbunden.