Fusion von TSV Weiche-West mit dem ESV Weiche zum ETSV Weiche

Am 9. Februar 1972 fusionierten der TSV Weiche-West mit dem ESV Weiche und bildeten den ETSV Weiche. Seit 1978 spielt der Verein an der Bredstedter Straße. Nach der Saison 1982/83 stieg der Verein in die Landesliga auf. Nach einer Saison musste der Verein jedoch als Tabellenletzter wieder absteigen. 1992 gründete der Verein eine Frauenfußballmannschaft, welche noch im gleichen Jahr den Spielbetrieb in der Bezirksklasse aufnahm. Nach der Saison 1993/94 stieg der Verein erneut in die Landesliga auf. Bei der Auflösung der Landesligen 1999 verpasste Weiche den Sprung in die neue Verbandsliga und musste ein Jahr in der Bezirksliga spielen. Anschließend spielte der Verein in der Bezirksoberliga. In der Saison 2006/07 errang der ETSV Weiche die Meisterschaft der Bezirksoberliga Nord und stieg in die Verbandsliga Schleswig-Holstein, damals die höchste Spielklasse im Bereich des SHFV, auf. Der Sprung in die im nächsten Jahr gebildete Schleswig-Holstein-Liga gelang zunächst nicht, so dass man in der Saison 2008/09 in der Verbandsliga Nord-West antreten musste. Hier konnte man 2009 die Vizemeisterschaft erringen und stieg in die Schleswig-Holstein-Liga auf, da der Meister SG Sylt-Haddeby keine Zulassung für die höhere Spielklasse erhielt. Am Ende der anschließenden Saison belegte man den elften Platz.

In der Saison 2011/12 gelang dem ETSV Weiche mit dem 2. Platz in der Schleswig-Holstein-Liga die Teilnahme an den Relegationsspielen zur neuen Regionalliga Nord. In zwei Spielen gegen den Vertreter aus der Oberliga Niedersachsen, dem SV Holthausen/Biene, gelang schließlich der Aufstieg in die Regionalliga Nord. Nach einem 3:1-Auswärtserfolg gewann die Mannschaft von Trainer Daniel Jurgeleit auch das Rückspiel mit 3:0.

Fusion von ETSV Weiche mit Flensburg 08 zum SC Weiche Flensburg 08

Im Jahr 2013 plante die Vereinsführung von Flensburg 08 eine Fusion mit dem Lokalrivalen TSB Flensburg sowie dem ETSV Weiche unter dem Namen FSV Flensburg. Die Fusionsverhandlungen führten nicht zur erhofften Fusion, aber es kam zu einer kleinen Lösung zwischen 08 und Weiche, einer Kooperation im Jugendbereich, der weitere Kooperationen folgen sollen. Die A-Junioren wurden in der Spielgemeinschaft Weiche/08 und die B-Junioren in der Spielgemeinschaft 08/Weiche zusammengelegt. Anfang März wurden die Verhandlungen wieder aufgenommen. Im November 2016 stimmten beide Vereine einer Fusion zu. Flensburg 08 wurde zum 1. Juli 2017 aufgelöst und die Mitglieder traten dem ETSV Weiche bei. Der ETSV Weiche änderte seinen Namen im Zuge dessen in SC Weiche Flensburg 08.

Als aktueller Regionalligist ist der SC Weiche Flensburg 08 auch der klassenhöchste Flensburger Fußballklub.

Regionalliga (seit 2017)

In der Regionalligasaison 2017/18 konnte sich Weiche die Meisterschaft sichern und sich damit für die Aufstiegsspiele zur Dritten Liga qualifizieren, in denen die Flensburger gegen Energie Cottbus antraten. Durch eine 2:3-Niederlage im Heimspiel und ein torloses Unentschieden in Cottbus verpasste Flensburg den Aufstieg in den Profifußball.

Im Pokalfinale setzte sich Flensburg 3:0 gegen die Husumer SV durch. Flensburg gewann damit den Landespokal zum ersten Mal und qualifizierte sich zudem für die Teilnahme am DFB-Pokal 2018/19, bei dem der Viertligist in der ersten Runde überraschend den VfL Bochum mit 1:0 besiegte, verlor jedoch in der zweiten Runde gegen SV Werder Bremen mit 1:5.

Im SHFV-Pokal 2019/20 schied man im Halbfinale mit 0:1 beim SV Todesfelde aus. Die Regionalligasaison 2019/20 wurde wegen der COVID-19-Pandemie vorzeitig abgebrochen und der 3. Platz erreicht.

In der Saison 2020/21 stellte Flensburg als Tabellenführer der Nordstaffel der Regionalliga Nord keinen Antrag auf Lizenz zur 3. Liga und gab somit eine Aufstiegsmöglichkeit in dieser Saison auf.