Goukouni Oueddei (arabisch كوكوني عويدي, DMG Kūkūnī ʿWaīdai, * 1944 in Zouar, Tibesti-Region, Tschad), seltener auch Weddei, Weddeye oder Oeddeye, war ab 1979 das Staatsoberhaupt des Tschad, bis er durch seinen Verteidigungsminister Hissène Habré 1982 abgesetzt wurde.
Goukouni Oueddei gehört den Teda-Tubu an, deren Derde (politisches und religiöses Oberhaupt) sein Vater Oueddei Kichidemi war.
Goukouni Oueddei war Mitglied in der FROLINAT, einer Befreiungsbewegung aus dem nördlichen Teil des Landes unter der Führung von Abba Siddick. Die FROLINAT stand mit ihrer südlichen Abspaltung, der Forces Armées Nationales (FAN), im Krieg. Nach heftigen Kämpfen im Februar und März 1979 wurde im August desselben Jahres bei einem von der Regierung Nigers organisierten Treffen ein Waffenstillstand vereinbart.
Am 23. März 1979 wurde er zum Präsidenten der Übergangsregierung (GUNT) des Tschad ernannt, in der sein politischer Gegner Hissène Habré aus der FAN Verteidigungsminister war. Im Waffenstillstand wurde zudem vereinbart, dass jede Partei ihre Kriegsgefangenen freilassen und ihre Truppen aus der Hauptstadt N’Djamena zurückziehen musste. Da sich Teile der FROLINAT allerdings weigerten, Gefangene, die in Faya-Largeau gemacht wurden, freizulassen und bewaffnete Einheiten der Partei in der Hauptstadt verblieben, kam es im März 1980 erneut zu gewaltsamen Auseinandersetzungen. Trotz der Zerrüttung der gemeinsamen Regierung blieb Oueddei Präsident. 1980 kehrte der Frieden für kurze Zeit zurück, nachdem die Armee Tschads mit libyscher Hilfe über die FAN gesiegt hatte, Oueddei erklärte 1981 die Vereinigung des Tschad mit Libyen.
Die Rebellen flohen zunächst in den Sudan, wo sie von Frankreich und den USA unterstützt wurden und so die Möglichkeit hatten, Oueddei am 7. Juni 1982 zu stürzen. Der anti-libysch eingestellte Habré ernannte sich zum Präsidenten. Sein Vorgänger beherrschte weiterhin den Tschad nördlich des 15. Breitengrades mithilfe Libyens. 1986 kam es zum Bruch zwischen Oueddei und Libyens Gaddafi, worauf ein Krieg zwischen dem Tschad und Libyen folgte, bei dem Tausende von Menschen starben.