Neubau

1845 entschied man sich für einen Neubau. Der Entwurf von Civilbauinspektor Joseph Schmidtner aus Landshut wurde durch König Ludwig I. gebilligt und der Passauer Baukonstrukteur Georg Nadler mit der Leitung des Neubaus beauftragt. Wegen gravierender Unterschiede bei der Kostenplanung entstand ein neuer Entwurf, und der Kostenvoranschlag belief sich nun auf 101.109 Gulden.

1848 begann nach dem Abriss des alten Gebäudes die Grundaushebung. Als der mit der Bauaufsicht betraute Kreisbaurat Bernatz Kritik an Nadler übte, bekam dieser zunächst trotz Überschreitung der Baukosten Rückendeckung durch die oberste Baubehörde. Erst als Bernatz einen wesentlich billigeren Kostenvoranschlag für die Gründungsarbeiten vorlegte, wurde er damit betraut und Nadler entlassen.

Für den Hochbau wählte man auf Vorschlag von Bernatz den aus Landshut gebürtigen Münchner Architekten Anton Harrer. Dieser hatte als Zeichner und Bauführer beim Bau der Bayerischen Staatsbibliothek und beim Bau des Wittelsbacher Palais für den berühmten Friedrich von Gärtner gearbeitet.

Im August 1851 war der Neubau mit Baukosten von 103.000 Gulden errichtet. Der Passauer Michael Stöhr stellte 1983 in einer Baustudie für die Universität Stuttgart fest, dass der Urheber des endgültigen Bauplans nicht nachweisbar ist. Friedrich von Gärtner oder gar Leo von Klenze werden als Baumeister vermutet, die Umstände machen aber auch Harrer wahrscheinlich.

21. Jahrhundert

Mit Ablauf des 30. April 2004 wurde das Hauptzollamt Passau aufgehoben. Im Juni 2007 erwarb die Stadt Passau für 1,2 Millionen Euro das Gebäude, das zum denkmalgeschützten Ensemble des Rathausplatzes gehört, vom Bund. Seit Oktober 2007 wird der Backsteinbau von der Stadt Passau als Dienststelle Rathaus Altes Zollhaus genutzt.