Die Limnomikrobiologie (altgriechisch λίμνη limne, deutsch ‚See‘) untersucht den Abbau der organischen Materie, den mikrobiellen Stoffumsatz im Gewässer sowie die trophische Bedeutung der Mikroorganismen für Konsumenten (Schwoerbel, 1999).

Auch aquatische Pilze spielen eine Rolle beim mikrobiologischen Stoffumsatz, ebenso heterotrophe Flagellaten und die Ciliaten (Bärlocher & Kendrick, 1974).

Wichtigster Untersuchungsgegenstand der Limnomikrobiologie ist jedoch das Bakterio- und Virioplankton der Binnengewässer.

Literatur

• F. Bärlöcher, B. Kendrick: Dynamics of the fungal population on leaves in a stream. In: J. Ecolog. Band 62, 1974, S. 761–791 (englisch). 
• F. Bärlöcher: Factors that delay colonization of fresh alder leaves by aquatic hyphomacetes. In: Arch. Hydribiol. Band 119, 1990, S. 249–255 (englisch). 
• F. Bärlöcher (Hrsg.): The Ecology of Aquatic Hyphmycetes. Springer, Berlin 1992 (englisch). 
• J. Schwoerbel: Einführung in die Limnologie. 8. Auflage. Gustav Fischer, Stuttgart 1999.