Manfred Frithjof Fischer (* 12. Februar 1936 in Ohrdruf) ist ein deutscher Kunsthistoriker und Denkmalpfleger.
Fischer studierte Kunstgeschichte, Geschichte und Germanistik in Erlangen und Göttingen, wo er 1964 mit einer Dissertation über „Das ehemalige Cisterzienserkloster Heilsbronn bei Ansbach“ promoviert wurde. Nach Tätigkeiten am Zentralinstitut für Kunstgeschichte in München sowie an der Bibliotheca Hertziana in Rom wurde er 1970 Konservator in der Bayerischen Verwaltung der staatlichen Schlösser, Gärten und Seen in München. Von 1973 bis 1998 leitete er schließlich das Denkmalschutzamt der Freien und Hansestadt Hamburg. Seit 1974 lehrt er außerdem an der Universität Hamburg.
Er publizierte zahlreiche Bücher und Aufsätze zur europäischen Bau- und Kunstgeschichte, insbesondere Hamburgs, sowie zur Geschichte und Theorie der Denkmalpflege.