Strafverfahren und Verurteilung

Er stand seit der Amtsenthebung wegen seiner Beteiligung am umstrittenen Unabhängigkeitsreferendum vom 1. Oktober 2017 unter Anklage durch die spanische Justiz. Ihm wurde „Aufruhr“, „Rebellion“ und Veruntreuung öffentlicher Mittel zur Last gelegt. Am 2. November 2017 folgte er einer Vorladung vor Gericht und wurde gemeinsam mit anderen Regierungsmitgliedern wegen erhöhter Fluchtgefahr in Gewahrsam genommen; während andere Regierungsmitglieder später gegen Kaution freikamen, lehnte das Gericht eine Freilassung Junqueras ab. Unabhängigkeitsbefürworter bezeichnen ihn als einen „politischen Häftling“. Die UN-Arbeitsgruppe gegen willkürliche Inhaftierungen kritisierte in ihrem Bericht vom 13. Juni 2019 den Freiheitsentzug von Junqueras und forderte seine Freilassung. Sie stellte Verstöße fest bezüglich der "Ausübung von Menschenrechten", dem "Grundsatz eines fairen Verfahrens" und kategorisierte die Inhaftierung als "rechtswidrig und diskriminierend".

Im Dezember 2018 nominierte die ERC Junqueras für Platz 1 der Wahlliste für die Europawahl 2019. Auch bei der vorgezogenen Wahl zum spanischen Unterhaus im April 2019 nominierte die ECR Junqueras als Spitzenkandidaten. Die Partei gewann 3,9 Prozent und damit 15 Sitze, darunter auch Junqueras. Obwohl in Haft, wurde es ihm erlaubt, das Parlament aufzusuchen und seinen Schwur als Abgeordneter zu leisten; die parlamentarische Immunität deckt jedoch nicht Taten vor seiner Wahl ab. Bei der vier Wochen später stattfindenden Europawahl trat ERC gemeinsam mit anderen linken, kleineren Parteien als Listenverbindung Ahora Repúblicas an. Sie erhielt 5,4 Prozent der Stimmen und damit 3 der 59 spanischen Mandate. Damit gewann auch Junqueras ein Mandat, es wurde ordnungsgemäß im Gesetzesblatt des spanischen Staates veröffentlicht. Die Staatsanwaltschaft gestatte es ihm jedoch nicht, die Formalitäten für die Annahme des Mandates zu absolvieren; eine Beschwerde lehnte das Oberste Gericht ab und bestätigte die Ansicht der Staatsanwaltschaft. Junqueras (sowie Puigdemont und Comin, die für JxC ins Europaparlament gewählt wurden, sich aber auf der Flucht vor der spanischen Justiz befinden) ließ sein Mandat ruhen, ohne einen Vertreter zu bestimmen, und klagte gegen die spanische Wahlkommission, die die Ernennung zum Abgeordneten nicht bestätigt hatte.

Am 14. Oktober 2019 wurde er von der spanischen Justiz wegen „Aufruhr“ und Veruntreuung öffentlicher Mittel im Rahmen der Strafverfahren infolge der Katalonien-Krise zu 13 Jahren Haft verurteilt. Der Europäische Gerichtshof urteilte im Dezember 2019, dass Junqueras freigelassen werden solle, da er schon mit der Wahl zum Abgeordneten des Europäischen Parlaments über parlamentarische Immunität verfüge, nicht erst ab Amtsantritt. Wenige Tage später, Anfang Januar 2020, widersprach der spanische Zentrale Wahlausschuss diesem Urteil und entschied, Junqueras könne aufgrund seiner rechtskräftigen Verurteilung das Amt als Abgeordneter nicht antreten. Der oberste spanische Gerichtshof entschied wenig später, dass das Urteil des Europäischen Gerichtshofs keinen Bestand habe – daraufhin zog das Europäische Parlament die Akkreditierung von Junqueras wieder zurück.

Am 7. Juni 2021 stellte Junqueras in seinem offenen Brief mirant al futur (die Zukunft betrachtend) den Weg der einseitigen Unabhängigkeit infrage und sprach sich für einen Dialog mit der spanischen Regierung aus.

Im Juni 2021 beschloss das Regierung Sánchez II die Begnadigung aller neun inhaftierten führenden katalanischen Politiker. Junqueras wurde am 23. Juni 2021 nach drei Jahren und drei Monaten Haft freigelassen. Ihm wurde eine sechsjährige Bewährungsfrist auferlegt; das 13-jährige Ämterverbot blieb bestehen.