Thilo Stehle (* 1962 in Stuttgart) ist ein deutscher Biochemiker und Strukturbiologe.

Nach einem Studium der Chemie an der Albert-Ludwigs-Universität Freiburg promovierte er dort 1992 bei Georg E. Schulz über Raumstrukturen und Katalysemechanismen der Enzyme Guanylatkinase und NADH-Peroxidase. Nach seiner Tätigkeit als Gruppenleiter der renommierten Harvard Medical School wurde er 2005 als Professor an die Universität Tübingen an das Interfakultäre Institut für Biochemie berufen.

Ein Forschungsschwerpunkt sind Kapsid-Proteine von Viren.

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