EHF-Pokal 1998/99

Am EHF-Pokal 1998/99 nahmen 31 Handball-Vereinsmannschaften teil, die sich in der vorangegangenen Saison in ihren Heimatligen für den Wettbewerb qualifiziert hatten. Der Titelverteidiger war THW Kiel. Es war die 18. Austragung des EHF-Pokals bzw. des IHF-Pokals. Die Pokalspiele begannen am 29. September 1998, das zweite Finalspiel fand am 18. April 1999 statt. Im Finale konnte sich SC Magdeburg gegen CBM Valladolid durchsetzen.