Fußball-Bayernliga 1998/99
Die Saison 1998/99 der Bayernliga war die 54. Spielzeit der Fußball-Bayernliga und die fünfte als vierthöchste Spielklasse in Deutschland. Der Meister und Aufsteiger in die Regionalliga wurde der SV Lohhof mit zwei Punkten Vorsprung auf die SG Quelle Fürth. Die Fürther erreichten dadurch die Relegationsrunde zur Regionalliga Süd, in der sie ebenfalls den Aufstieg schafften.
| Bayernliga 1998/99 | |
| Meister | SV Lohhof |
| Aufsteiger | SV Lohhof, SG Quelle Fürth |
| Relegation ↑ | SG Quelle Fürth |
| Relegation ↓ | FC Bayern Hof |
| Absteiger | SG Post/Süd Regensburg, SpVgg Bayreuth, VfL Frohnlach |
| Mannschaften | 18 |
| Spiele | 306 |
| Tore | 941 (ø 3,08 pro Spiel) |
| ← Bayernliga 1997/98 | |
| ↑ Regionalliga Süd 1998/99 3 Staffeln der Landesliga Bayern ↓ | |
Die Abstiegsplätze belegten die SG Post/Süd Regensburg, die SpVgg Bayreuth und der VfL Frohnlach. Da die Mannschaften auf den Rängen 14 und 15 am Saisonende punktgleich waren, spielten sie in einem zusätzlichen Entscheidungsspiel um den Verbleib in der Liga. Dort schaffte der TSV Schwaben Augsburg den Sprung auf den 14. Platz, während der FC Bayern Hof den Relegationsplatz erreichte. In der anschließenden Relegationsrunde mit den Vizemeistern der Landesliga Bayern erreichte Hof den Klassenerhalt.
Aus den drei Staffeln der Landesliga Bayern stiegen der Würzburger FV, der SSV Jahn Regensburg und der FC Kempten als jeweilige Staffelsieger auf. Über die Relegationsspiele qualifizierte sich die SpVgg Ansbach 09 als vierter Aufsteiger. Aus der Regionalliga Süd stieg der SC Weismain ab.