Fußball-Bayernliga 2003/04
Die Saison 2003/04 der Bayernliga war die 59. Spielzeit der Fußball-Bayernliga und die zehnte als vierthöchste Spielklasse in Deutschland. Der Meister und Aufsteiger in die Regionalliga wurde die Amateure des TSV 1860 München mit einem Punkt Vorsprung auf die Amateure des 1. FC Nürnberg.
| Bayernliga 2003/04 | |
| Meister | TSV 1860 München Amateure |
| Aufsteiger | TSV 1860 München Amateure |
| Relegation ↓ | 1. FC Passau |
| Absteiger | Würzburger FV, FC Bayern Hof, SpVgg Landshut |
| Mannschaften | 18 |
| Spiele | 306 |
| Tore | 916 (ø 2,99 pro Spiel) |
| ← Bayernliga 2002/03 | |
| ↑ Regionalliga Süd 2003/04 3 Staffeln der Landesliga Bayern ↓ | |
Die Abstiegsplätze belegten der Würzburger FV, der FC Bayern Hof und die SpVgg Landshut. Der 1. FC Passau schaffte in den Relegationsspielen mit den Vizemeistern der Landesliga Bayern den Klassenerhalt.
Aus den drei Staffeln der Landesliga Bayern stiegen der FC Ingolstadt 04, der 1. FC Kötzting und der VfL Frohnlach als jeweilige Staffelsieger auf. Über die Relegationsspiele qualifizierte sich der BCF Wolfratshausen als vierter Aufsteiger. Der Absteiger aus der Regionalliga Süd war der 1. FC Schweinfurt 05, der keine Regionalliga-Lizenz erhalten hatte. Die Bayernliga spielte in der folgenden Saison mit 19 Mannschaften.