Gap (Bioinformatik)

Ein Gap (engl., zu deutsch: Lücke) bezeichnet in der Bioinformatik eine Lücke oder Leerstelle in einer Sequenz, insbesondere beim Sequenzalignment in der Genetik. Liegt beim Vergleichen zweier verwandter Sequenzen (z. B. den Genom-Codes zweier verwandter Spezies) in der einen Sequenz eine Lücke vor, während dort in der anderen Sequenz weitere Elemente stehen, spricht man von einem Gap.

Gaps können durch verschiedene Arten von Mutationen entstehen: Bei einer Insertion wurde ein zusätzliches Element eingefügt, der Gap besteht dann in der älteren Sequenz. Bei einer Deletion wurde umgekehrt ein Element gelöscht, sodass der Gap in der jüngeren Sequenz entsteht. Da meist nicht bekannt ist welche Sequenz evolutionär älter ist, werden Mutation auch mit dem neutralen Portmonteau indel oder insdel (von „insert“ und „delete“) bezeichnet.

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.