A Lyga 1999
| A Lyga 1999 | |
| Meister | FK Žalgiris Kaunas |
| Champions-League- Qualifikation | FK Žalgiris Kaunas |
| UEFA-Pokal- Qualifikation | FK Žalgiris Vilnius Ekranas Panevėžys |
| UI-Cup | Atlantas Klaipėda |
| Pokalsieger | Ekranas Panevėžys |
| Relegation ↓ | Banga Gargždai Ardena Vilnius |
| Absteiger | keiner |
| Mannschaften | 10 |
| Spiele | 90 + 4 Relegationsspiele |
| Tore | 222 (ø 2,47 pro Spiel) |
| Torschützenkönig | Nerius Vasiliauskas (Žalgiris Vilnius) |
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Die A Lyga 1999 war die 10. Spielzeit der höchsten litauischen Spielklasse im Männerfußball. Sie begann am 5. Juli 1999 und endete am 6. November 1999.
Titelverteidiger war FK Žalgiris Vilnius.