Werke
- Die kirchlichen Reunionsbestrebungen während der Regierung Karls V., Diss., Graz 1878 UB Graz [handschriftlich]
- Geschichte der Päpste seit dem Ausgang des Mittelalters. Mit Benutzung des Päpstlichen Geheim-Archives und vieler anderer Archive, 16 Bände in 22 Teilbänden, Freiburg im Breisgau 1886–1933
- Band 1: Geschichte der Päpste im Zeitalter der Renaissance bis zur Wahl Pius’ II., Freiburg im Breisgau 1886 Internet Archive, Russische Staatsbibliothek
- Band 2: Geschichte der Päpste im Zeitalter der Renaissance bis zum Tode Sixtus’ IV., Freiburg im Breisgau 1889 Internet Archive, Internet Archive, Google = Internet Archive, Russische Staatsbibliothek
- Band 3: Geschichte der Päpste im Zeitalter der Renaissance. Von der Wahl Innozenz’ VIII. bis zum Tode Julius’ II., Freiburg im Breisgau 1895 Internet Archive
- 3. und 4. Aufl. Freiburg im Breisgau 1899 Internet Archive, Russische Staatsbibliothek
- 5. bis 7. Aufl. Freiburg im Breisgau 1924
- Band 3,1: [unter dem Titel:] Geschichte der Päpste im Zeitalter der Renaissance. Von der Wahl Innozenz’ VIII. bis zum Tode Julius’ II. 1484–1513. Erste Abteilung. Innozenz VIII. und Alexander VI. Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- Band 3,2: [unter dem Titel:] Geschichte der Päpste im Zeitalter der Renaissance. Von der Wahl Innozenz’ VIII. bis zum Tode Julius’ II. 1484–1513. Zweite Abteilung. Pius III. und Julius II. Kujawische digitale Bibliothek
- 8. und 9. Aufl. Freiburg im Breisgau 1926
- Band 4,1: Geschichte der Päpste im Zeitalter der Renaissance und der Glaubensspaltung. Von der Wahl Leo X. bis zum Tode Klemens VII.’ (1513–1534). Erste Abteilung: Leo X., Freiburg im Breisgau 1906 Internet Archive, Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek, Russische Staatsbibliothek
- 7. Aufl. Freiburg im Breisgau 1923
- 8. und 9. Aufl. Freiburg im Breisgau 1925
- 10. bis 12. Aufl. Freiburg im Breisgau 1928 Masaryk-Universität Brünn
- Band 4,2: Geschichte der Päpste im Zeitalter der Renaissance und der Glaubensspaltung. Von der Wahl Leo X. bis zum Tode Klemens VII.’ (1513–1534). Zweite Abteilung: Adrian VI. und Klemens VII., Freiburg im Breisgau 1907 Internet Archive, Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- 7. Aufl. Freiburg im Breisgau 1923
- 8. und 9. Aufl. Freiburg im Breisgau 1925
- 10. bis 12. Aufl. Freiburg im Breisgau 1928 Masaryk-Universität Brünn
- Band 5: Geschichte Papst Pauls III. (1534–1549), Freiburg im Breisgau 1909 Internet Archive, Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek, Russische Staatsbibliothek
- 5. bis 7. Aufl. Freiburg im Breisgau 1923
- 8. und 9. Aufl. Freiburg im Breisgau 1925
- Band 6: Geschichte der Päpste im Zeitalter der katholischen Reformation und Restauration. Julius III., Marcellus II. und Paul IV. (1550–1559), Freiburg im Breisgau 1913 Internet Archive, Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek, Russische Staatsbibliothek
- 5. bis 7. Aufl. Freiburg im Breisgau 1923
- 8. und 9. Aufl. Freiburg im Breisgau 1925
- Band 7: Geschichte der Päpste im Zeitalter der katholischen Reformation und Restauration. Pius IV. (1559–1565), Freiburg im Breisgau 1920 Internet Archive, Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- 5. bis 7. Aufl. Freiburg im Breisgau 1923
- 8. und 9. Aufl. Freiburg im Breisgau 1925
- Band 8: Geschichte der Päpste im Zeitalter der katholischen Reformation und Restauration. Pius V. (1566–1572), Freiburg im Breisgau 1920 Internet Archive, Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- 8. und 9. Aufl. Freiburg im Breisgau 1925
- Band 9: Geschichte der Päpste im Zeitalter der katholischen Reformation und Restauration. Gregor XIII. (1572–1585), Freiburg im Breisgau 1923 Internet Archive, Internet Archive
- Band 10: Geschichte der Päpste im Zeitalter der katholischen Reformation und Restauration. Sixtus V., Urban VII., Gregor XIV. und Innozenz IX. (1585–1591), Freiburg im Breisgau 1926 Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- Band 11: Geschichte der Päpste im Zeitalter der katholischen Reformation und Restauration. Klemens VIII. (1592–1605), Freiburg im Breisgau 1927 Kujawische digitale Bibliothek
- Band 12: Geschichte der Päpste im Zeitalter der katholischen Reformation und des Dreißigjährigen Krieges. Leo XI. und Paul V. (1605–1621), Freiburg im Breisgau 1927 Internet Archive, Internet Archive, Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- Band 13,1: Geschichte der Päpste im Zeitalter der katholischen Reformation und des Dreißigjährigen Krieges. Erste Abteilung. Gregor XV. (1621–1623). Urban VIII. (1621–1644), erster Teil, Freiburg im Breisgau 1928 Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- Band 13,2: Geschichte der Päpste im Zeitalter der katholischen Reformation und des Dreißigjährigen Krieges. Zweite Abteilung. Urban VIII. (1623–1644), zweiter Teil, Freiburg im Breisgau 1929 Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek, Masaryk-Universität Brünn, Schlesische digitale Bibliothek
- Band 14,1: Geschichte der Päpste im Zeitalter des fürstlichen Absolutismus. Von der Wahl Innozenz’ X. bis zum Tode Innozenz’ XII. (1644–1700). Erste Abteilung. Innozenz X., Alexander VII., Klemens IX und X. (1644–1676), Freiburg im Breisgau 1929 Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek, Masaryk-Universität Brünn
- Band 14,2: Geschichte der Päpste im Zeitalter des fürstlichen Absolutismus. Von der Wahl Innozenz’ X. bis zum Tode Innozenz’ XII. (1644–1700). Zweite Abteilung. Innozenz XI., Alexander VIII., Innozenz XII. (1676–1700), Freiburg im Breisgau 1930 Internet Archive, Masaryk-Universität Brünn
- Band 15: Geschichte der Päpste im Zeitalter des fürstlichen Absolutismus. Von der Wahl Klemens’ XI. bis zum Tode Klemens’ XII. (1700–1740), Freiburg im Breisgau 1926 Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- Band 16,1: Geschichte der Päpste im Zeitalter des fürstlichen Absolutismus. Von der Wahl Benedikts XIV. bis zum Tode Pius’ VI. (1740–1799). Erste Abteilung. Benedikt XIV. und Klemens XIII. (1740–1769), Freiburg im Breisgau 1931 Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- Band 16,2: Geschichte der Päpste im Zeitalter des fürstlichen Absolutismus. Von der Wahl Benedikts XIV. bis zum Tode Pius’ VI. (1740–1799). Zweite Abteilung. Klemens XIV. (1769–1774), Freiburg im Breisgau 1932 Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- Band 16,3: Geschichte der Päpste im Zeitalter des fürstlichen Absolutismus. Von der Wahl Benedikts XIV. bis zum Tode Pius’ VI. (1740–1799). Dritte Abteilung. Pius VI. (1775–1799), Freiburg im Breisgau 1933 Internet Archive, Kujawische digitale Bibliothek
- Johannes Janssen. 1829–1891. Ein Lebensbild, vornehmlich nach den ungedruckten Briefen und Tagebüchern desselben, Freiburg im Breisgau ²1894 Internet Archive, Internet Archive
- Zur Beurtheilung Savonarolas († 1498). Kritische Streifzüge, Freiburg im Breisgau 1898 Princeton
- August Reichensperger. 1808-1895. Sein Leben und sein Wirken auf dem Gebiet der Politik, der Kunst und der Wissenschaft, 2 Bde., Freiburg im Breisgau 1899
- Leben des Freiherrn Max von Gagern 1810–1889. Ein Beitrag zur politischen und kirchlichen Geschichte des 19. Jahrhunderts. Großenteils nach ungedruckten Quellen, Kempten und München 1912 Google, California-USA*
- Generaloberst Viktor Dankl, der Sieger von Krasnik und Verteidiger Tirols. Beiträge zur Kenntnis seiner Persönlichkeit, Wien und Freiburg im Breisgau 1916 SB Berlin
- Stiftspropst Dr. Franz Kaufmann 1862–1920. Ein Lebensbild, vornehmlich nach seinen Briefen entworfen, Freiburg im Breisgau 1921
- Charakterbilder katholischer Reformatoren des 16. Jahrhunderts. Ignatius von Loyola, Theresa de Jesús, Filippo Neri, Carlo Borromeo, Freiburg im Breisgau 1924
- Der Mainzer Domdekan Dr. Joh. Bapt. Heinrich 1816–1891. Ein Lebensbild nach originalen Quellen und persönlichen Erinnergen, Freiburg im Breisgau 1925
- Die Fresken der Sixtinischen Kapelle und Raffaels Fresken in den Stanzen und den Loggien des Vaticans, Freiburg im Breisgau 1925
- Tagebücher. Briefe. Erinnerungen, hrsg. von Wilhelm Wühr, Heidelberg 1950
Unselbstständige Veröffentlichungen
Artikel in der Allgemeinen Deutschen Biographie
- Alle ADB-Artikel von Pastor
Herausgeberschaft
- Ungedruckte Akten zur Geschichte der Päpste. Vornehmlich im XV., XVI. und XVII. Jahrhundert, Freiburg im Breisgau 1904
- Antonio de Beatis: Die Reise des Kardinals Luigi d’Aragona durch Deutschland, die Niederlande, Frankreich und Oberitalien 1517–1518. Beschrieben von Antonio de Beatis. Als Beitrag zur Kulturgeschichte des ausgehenden Mittelalters veröffentlicht und erläutert (Erläuterungen und Ergänzungen zur Janssens Geschichte des deutschen Volkes, 4,4), Freiburg im Breisgau 1905 Polnische Nationalbibliothek, UB Heidelberg
- Allgemeine Dekrete der römischen Inquisition aus den Jahren 1555–1597. Nach dem Notariatsprotokoll des S. Uffizio zum ersten Male veröffentlicht, in: Historisches Jahrbuch 33 (1912), S. 479–549 Internet Archive
- Johannes Janssens Briefe, 2 Bde., Freiburg im Breisgau 1920
Sekundärliteratur
- Ignaz Philipp Dengel (Hrsg.): Das Österreichische Historische Institut in Rom 1901–1913. Festgabe Ludwig von Pastor zum 60. Geburtstage am 31.1.1914 dargebracht, Wien und Freiburg 1914
