Werke
- Epigrammata Graeca in Aegypto reperta, Dissertation, Straßburg 1880 IA = Google
- Mit Karl Humann: Reisen in Kleinasien und Nordsyrien. Dietrich Reimer, Berlin 1890
- Die Tempel auf Ortygia, Berlin 1898
- Mit Robert Koldewey: Die griechischen Tempel in Unteritalien und Sicilien. Asher, Berlin 1899
- Beschreibung der Skulpturen aus Pergamon. I. Gigantomachie. 2. Auflage. W. Spemann, Berlin 1902 UB Heidelberg
- Beschreibung der Giganten-Friese aus Pergamon. Unveränderter Nachdruck nach der 4. Auflage. de Gruyter, Berlin 1930
- Die ionische Säule als klassisches Bauglied orientalischer Herkunft. Ein Vortrag. Hinrichs, Leipzig 1907 IA = Google-USA*, IA = Google-USA*
Artikel in Paulys Realencyclopädie der classischen Altertumswissenschaft
- Alle auf Wikisource verfügbaren RE-Artikel von Otto Puchstein
Aufsätze und Beiträge zu Sammelwerken
- Kyrenaeische Vasen. In: Archäologische Zeitung. 39. Jahrgang (1881), S. 215–250 Internet Archive
- Zur pergamenischen Gigantomachie. In: Sitzungsberichte der Königlich Preußischen Akademie der Wissenschaften zu Berlin.
- Die Parthenonsculpturen. I. Phidias. In: Jahrbuch des Kaiserlich Deutschen Archäologischen Instituts. Band 5 (1890), S. 79–117 Internet Archive, UB Heidelberg (PDF)
- Nachtrag: Zu den Institutsschriften. In: Archäologischer Anzeiger. 1890, S.110 Internet Archive
- Die Säule in der assyrischen Architectur. In: Jahrbuch des Kaiserlich Deutschen Archäologischen Instituts. Band 7 (1892), S. 1–24 Internet Archive
- Die Tempel auf Ortygia. In: Beiträge zur alten Geschichte und Geographie. Festschrift für Heinrich Kiepert. Berlin 1898, S. 197–206 IA = Google-USA* = Wisconsin