Werke
Gedichte
- Zeitgedichte. Mit Beiträgen von Balthasar Reber. Schweighauser, Basel 1843 MDZ München = Google
Wissenschaftliche Schriften
- Geschichte des deutschen Hexameters und Pentameters bis auf Klopstock. Fincke, Berlin 1831 MDZ München = Google
- Geschichte der Deutschen Litteratur. 3 Hefte. Schweighauser, Basel 1851–1855
- Geschichte der Deutschen Litteratur bis zum 30jährigen Kriege. Ein Handbuch von Wilhelm Wackernagel. Schweighauser, Basel 1872 (Vorwort von Ernst Martin) Internet Archive = Google, Internet Archive
- Geschichte der Deutschen Litteratur. Ein Handbuch von Wilhelm Wackernagel. 2. vermehrte und verbesserte Auflage besorgt von Ernst Martin. Schweighauser, Basel 1879–1894 (= Deutsches Lesebuch, 4. Teil)
- Sprache und Sprachdenkmäler der Burgunden. In: Carl Binding: Geschichte des burgundisch- romanischen Königsreiches. 1. Band. Engelmann, Leipzig 1868, S. 329–403 Google = Internet Archive, Google
- Über den Ursprung und die Entwicklung der Sprache. Academische Festrede gehalten am 8. November 1866 bei der Jahresfeier der Universität Basel. Schweighauser, Basel 1872 e-Helvetica, Google
Herausgeberschaft
- Das Wessobrunner Gebet (Weissenbrunner-Gebet) und die Wessobrunner Glossen hrsg. von Wilhelm Wackernagel. Schmidt, Berlin 1827 ÖNB-ABO, MDZ München = Google
- Zwey Bruchstükke eines unbekannten Mittelhochdeütschen Gedichtes. Berlin 1827 MDZ München = Google
- Kiurenbergii et Alrammi Gerstensis poetarum theotiscorum carmina carminumque fragmenta. Berlin 1827 (Alramus, Der von Kürenberg) ÖNB-ABO, Google, Google
- Spiritalia theotisca. Sermonum sex ecclesiasticorum et Orationis dominicae rhythmis expositae fragmenta. Breslau 1827 ÖNB-ABO, Google, Google, Google
- Deutsches Lesebuch. 4 Bände. Schweighauser, Basel 1835–1843 e-Helvetica
- Band 1: Altdeutsches Lesebuch. 1835 Google, 2. Ausgabe 1839 ÖNB-ABO, MDZ München = Google, neue Ausgabe der 2. Auflage 1847 Google, 4. Auflage 1859 MDZ München = Google, 4. Ausgabe 1861 Internet Archive, 5. Auflage 1873 Internet Archive Google
- Band 2: Proben der deutschen Poesie seit dem Jahre 1500. 1836 MDZ München = Google, 2. Ausgabe 1840 ÖNB-ABO, MDZ München = Google, 3. Auflage 1876 Internet Archive
- Band 3,1: Proben der deutschen Prosa von 1500 bis 1740. 1841 ÖNB-ABO, MDZ München, 3. Ausgabe, 1876 Internet Archive
- Band 3,2: Proben der deutschen Prosa von 1740 bis 1842. 1843 ÖNB-ABO, MDZ München, 3. Ausgabe, 1876 Internet Archive
- Der Schwabenspiegel in der ältesten Gestalt mit den Abweichungen der gemeinen Texte und den Zusätzen derselben. Band 1: Das Landrecht des Schwabenspiegels. Beyel, Zürich und Frauenfeld 1840 ÖNB-ABO, MDZ München = Google
- Altfranzoesische Lieder und Leiche aus Handschriften zu Bern und Neuenburg. Mit grammatischen und lietterarhistorischen Abhandlungen von Wilhelm Wackernagel. Schweighauser, Basel 1846 ÖNB-ABO, Internet Archive, Internet Archive = Google
Werkausgabe
Sekundärliteratur