Zusätzliche R-Pakete installieren¶

R bringt eine eigene Paketverwaltung mit. Sollte ein Zusatzpaket nicht über die Ubuntu-Paketverwaltung (als r-cran-paketname) verfügbar sein, kann man dies auch aus R heraus direkt aus dem CRAN installieren. Dazu benutzt man in R folgenden Befehl:

install.packages(c("paket1","paket2")) 

Startet man R mit Root-Rechten (sudo R), werden die Pakete für alle Nutzer installiert. Andernfalls sind die installierten Pakete nur dem aktuellen Nutzer zugänglich.

Aktuelle R-Version installieren¶

Für die meisten Zwecke reicht die Version aus den offiziellen Paketquellen aus. Zudem bietet sie den Vorteil, dass viele Pakete von CRAN über die Ubuntu-Paketverwaltung verfügbar sind. Gelegentlich kann es jedoch notwendig sein, mit der aktuellsten R-Version zu arbeiten. Dies ist zum Beispiel dann der Fall, wenn man ein Zusatzpaket installieren will, das eine neuere R-Version voraussetzt als in den Ubuntu-Quellen vorhanden ist.

Allerdings bringt es auch Nachteile mit sich, R über diese Quelle zu installieren:

• Es sind weniger CRAN-Pakete über diese Quelle verfügbar. Die r-cran-Pakete aus den Ubuntu-Paketquellen funktionieren mit der aktualisierten Version unter Umständen nicht. Daher sollte man alle benötigten Zusatzpakete über den Installationsmechanismus von R installieren.

• Da R alle Pakete aus dem Quellcode kompiliert, werden je nach Paket einige ...-dev-Pakete benötigt, die zusätzlich installiert werden müssen.

Um die aktuelle R-Version zu nutzen, fügt man der Paketverwaltung folgende Paketquellen hinzu:

• Ubuntu 16.04:

  1	deb http://ftp5.gwdg.de/pub/misc/cran/bin/linux/ubuntu xenial/

• Ubuntu 14.04:

  1	deb http://ftp5.gwdg.de/pub/misc/cran/bin/linux/ubuntu trusty/

• Ubuntu 12.04:

  1	deb http://ftp5.gwdg.de/pub/misc/cran/bin/linux/ubuntu precise/

Um die Fremdquelle zu authentifizieren, kann man den Signierungsschlüssel mit folgendem Befehl importieren:

sudo apt-key adv --recv-keys --keyserver keyserver.ubuntu.com E084DAB9  

Quelle: Ubuntu Packages for R

R selbst kompilieren¶

R kann auch aus den Quellen selbst kompiliert werden. Dies ist komplizierter als die Installation aus den Paketquellen, bietet jedoch den Vorteil größerer Konfigurierbarkeit und die Möglichkeit, spezifische ältere R Version zu installieren. So können z.B. mehrere Versionen von R auf einem System installiert werden, falls bestimmter Code oder Pakete nur mit einer bestimmten Version funktionieren.

Vor der Installation sollten (falls später benötigt) evtl. folgende Pakete installiert werden. Für Tcl/Tk (benötigen z.B. verschiedene R-GUIs):

• tcl (universe)

• tcl-dev (universe)

• tk-dev (universe)

• tk (universe)

mit apturl

sudo apt-get install tcl tcl-dev tk-dev tk 

sudo aptitude install tcl tcl-dev tk-dev tk 

Danach lädt man sich den Quellcode als R.xx.xx.tar.gz-Datei von Cran herunter und entpackt die Datei. Falls mehrere Versionen installiert werden sollen, empfiehlt es sich, den entstehenden Ordner in R.1.xxx umzubenennen. Anschließend kopiert man den Ordner an den Ort, an dem R installiert werden soll (z.B. /usr/local/lib), wechselt in das Verzeichnis und führt folgenden Befehl aus:

sudo ./configure --prefix=/usr/local/bin --enable-R-shlib --with-tcltk 

Das (optionale) Argument --enable-R-shlib ermöglicht die Nutzung von Java. --with-tcltk wird benötigt, wenn R Tcl/TK-Fähigkeiten besitzen soll.

Anschließend kompiliert man R mit dem Befehl:

sudo make rhome=/usr/local/lib/R-2.xx.x/ 

rhome= ist hier der Pfad, in den man vorher die entpackte Datei kopiert hat.

Der oben beschriebene Weg kopiert das Skript, mit dem R gestartet wird, nach /usr/local/bin. Falls mehrere Versionen nebeneinander betrieben werden sollen, empfiehlt es sich, nach jeder Installation das entstandene Skript umzubenennen:

sudo mv /usr/local/bin/R /usr/local/bin/R.xx.xx 

Die einzelnen Versionen lassen sich dann per Kommandozeile starten:

R.xx.xx 

Mit diesen Einstellungen werden neue R-Pakete nach /usr/local/lib/R.xx.xx/library kopiert. Damit dies auch ohne Root-Rechte möglich ist, empfiehlt es sich, die entsprechenden Verzeichnisse z.B. auf den Standardnutzer zu übertragen:

sudo chown -R BENUTZERNAME /usr/local/lib/R.xx.xx/library
sudo chown -R BENUTZERNAME /usr/local/lib/R.xx.xx/doc
sudo chown -R BENUTZERNAME /usr/local/lib/R.xx.xx/share 

RGedit¶

Der Standard-Editor von Ubuntu, gedit, kann bereits von Haus aus die R-Syntax hervorheben, was ihn zu einem akzeptablen R-Editor für Einsteiger macht. Zusätzlich kann man mit dem Plugin RGedit spezielle R-spezifische Funktionen hinzufügen. RGedit fügt eine R-Konsole sowie einen neuen Menüpunkt "R" hinzu, über den Code an die Konsole geschickt, Blöcke definiert oder die R-Hilfe gestartet werden kann. Einige der Befehle werden auch der Symbolleiste hinzugefügt. Außerdem können einige Funktionen und die Tastenkürzel über "R -> Configure R Interface" angepasst werden.

ESS¶

Emacs Speaks Statistics (ESS) ist eine Erweiterung des Editors Emacs. Es wird von einer Vielzahl von R Entwicklern genutzt und besitzt zusammen mit der großen Vielfalt an Emacs-Erweiterungen den größten Umfang an zusätzlichen Optionen, um R komfortabel zu verwenden. Ähnlich wie Emacs ist es allerdings – je nach Vorwissen – etwas kompliziert zu bedienen und zu konfigurieren. Die unten beschriebene Standardinstallation sollte allerdings ohne große Konfiguration funktionieren.

Innerhalb von Emacs kann das Plugin ESS als alternative Text-Oberfläche installiert ^[1] werden. Es steht über die offiziellen Paketquellen zu Verfügung:

• ess (universe)

mit apturl

sudo apt-get install ess 

sudo aptitude install ess 

Das ESS-Plugin unterstützt auch weitere Statistikprogramme wie S-Plus, SAS und Stata.

Nach dem Laden oder Neuanlegen einer Datei mit der Endung .R in Emacs wird automatisch in den ESS-Modus gewechselt. Mit dem Klick auf das R-Symbol in der Werkzeugleiste kann der R-Interpreter gestartet werden. In einer Zwei-Puffer-Ansicht kann man zum einen in seiner R-Datei arbeiten und zum anderen sich die Eingabe und Ausgabe des R-Interpreters anschauen.

Vim R Plugin¶

Um Vim bzw. die grafische Oberfläche gVim mit R Syntaxhervorhebung und Funktionen auszustatten, hat Jakson Aquino das Vim-R-plugin2 erstellt. Wie beim Emacs-ESS-Modus werden die R-Funktionen geladen, sobald man Vim oder gVim mit einer Datei mit der Endung .R startet. Das Plugin unterstützt verschiedene Kurzbefehle, um R-Terminale zu starten und Code zu übersenden sowie die Vim-Funktion "omnicompletion".

sudo apt-get install screen 

sudo aptitude install screen 

:helptags ~/.vim/doc 

:set wildmenu
:aunmenu ToolBar.<Tab> 

1
2

aunmenu ToolBar.FindNext
aunmenu ToolBar.FindPrev

1
2

filetype plugin on
filetype indent on

Rcmdr¶

Der R Commander (kurz: Rcmdr) stellt eine recht einfache und begrenzte Oberfläche zur Verfügung. Um auf den Rcmdr zugreifen zu können, muss das Paket

• r-cran-rcmdr (universe)

mit apturl

sudo apt-get install r-cran-rcmdr 

sudo aptitude install r-cran-rcmdr 

installiert werden.

Rcmdr wird aus einer normalen R-Sitzung gestartet. Dies erfolgt über den Befehl

library(Rcmdr) 

Damit Rcmdr automatisch mit dem Start von R ausgeführt wird, kann folgender Text am Ende der Datei /etc/R/Rprofile.site hinzugefügt werden:

1
2
3
4

local({
old <- getOption("defaultPackages")
options(defaultPackages = c(old, "Rcmdr"))
})

RKWard¶

RKWard ist eine R-Oberfläche für den KDE-Desktop. Sie kann über das folgende Paket installiert werden:

• rkward (universe)

mit apturl

sudo apt-get install rkward 

sudo aptitude install rkward 

JGR¶

JGR (sprich: Jaguar, Java GUI für R) ist eine in Java geschriebene Oberfläche für R. Anders als beispielsweise Rcmdr stellt sie nicht statistische Funktionen über Menüs bereit, sondern erleichtert die direkte Eingabe der R-Befehle. Zu JGR gehören eine interaktive Konsole mit Syntaxhervorhebung, Autovervollständigung und Befehlshilfe sowie ein Editor, in dem R-Skripte bearbeitet werden können. Darüber hinaus bietet JGR einen eigenen Hilfebrowser sowie einen Objekt-Browser, über den unter anderem Datensätze in einer Tabellenansicht geöffnet werden können.

sudo R CMD javareconf 

R
install.packages("JGR", dep=TRUE) 

library(JGR)
JGR()
q()       # R wieder verlassen 

ln -s /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run /usr/local/bin/jgr
chmod +x /usr/local/lib/R/site-library/JGR/scripts/run
exit     # wieder normaler Benutzer werden 

RStudio¶

Rstudio ist eine weitere grafische Benutzeroberfläche für R und setzt mind. dessen Version 2.11.1 oder höher voraus (ab Ubuntu 10.10). Zusätzlich ist der RStudio-Server verfügbar, der R über eine Weboberfläche zugänglich macht.

Über die Homepage werden Fremdpakete im .deb-Format zum Herunterladen angeboten. Die anschließende Installation wird im Artikel Paketinstallation DEB beschrieben. Unter Ubuntu erfolgt diese z.B. durch Rechtsklick auf die .deb-Datei und Auswahl des Menüpunkts Öffnen mit Ubuntu Software Center.

Alternativ kann man auch ein PPA nutzen. Nach dem Einbinden der Paketquellen kann das Paket rstudio-upstream-deb installiert werden.

Statet¶

Eclipse besitzt mit der Erweiterung Statet ebenfalls eine sehr mächtige, aktuelle und komfortable Möglichkeit, um R zu verwenden.

Intern¶

• PSPP - Statistikprogramm mit SPSS-kompatibler Syntax

• Gretl - Regressions- und Zeitreihen-Analysen

Extern¶

• An Introduction to R - Umfangreiche Einführung in R, auch als PDF erhältlich

• simpleR - Sehr gut verständliche englische Einführung in R, 08/2002

• Contributed Documentation - Weitere R-Dokumentationen, auch auf Deutsch

• GNU R - deutschsprachige Dokumentation bei Wikibooks

• R-Bibliotheken zum Erweitern des Funktionsumfangs

• how to do stuff in r. two minutes or less - 2 Minuten Tutorials mit R

• GPU-Computing mit R - Pro-Linux, 12/2013