Zeit als Amateurclub

Der Club Deportivo Leganés wurde am 26. Juni 1928 von Félix López de la Serna gegründet. Erster Präsident des Vereins war Ramón del Hierro. Das erste Spiel in der Vereinsgeschichte war ein Freundschaftsspiel gegen La Latina. In der Saison 1956/57 erreichte CD Leganés nach vielen Jahren gegen Mannschaften aus der Region erstmals die Tercera División. Bis 1977/78, nach über 20 Jahren in der Tercera División, stieg Leganés wieder ab. Nach der dritten Saison in Folge auf einem Aufstiegsplatz stieg CD Leganés 1986/87 erstmals in die Segunda División B auf.

Segunda División

In der Spielzeit 1992/93 wurde der Club Deportivo Leganés Erster in seiner Gruppe der Segunda División B. Auch die Entscheidungsspiele gegen den FC Elche und Deportivo Xerez wurden gewonnen.

In der ersten Spielzeit in Spaniens zweiter Liga schaffte der Verein mit Platz 15 den Klassenerhalt, doch bereits in der zweiten Saison war CD Leganés als Vorletzter sportlich abgestiegen. Der Finanzkollaps beim katalanischen Tabellensiebzehnten FC Palamós hielt das Team in der Liga. Im Jahr 1997/98 wurde das neue Stadion, das Estadio de Butarque, mit einer Kapazität von rund 8000 Plätzen eingeweiht. Nach zehn Jahren, in denen Leganés zweitklassig war, stieg man 2002/03 als Viertletzter (19. Platz) in die Segunda División B ab. Doch erneut wurde Leganés durch die finanziellen Probleme eines Konkurrenten gerettet. SD Compostela stieg wegen Zahlungsunfähigkeit ab und Leganés hielt die Klasse.

Saison 2003/04

Im Sommer 2003 tat sich einiges bei den Madrilenen. Der argentinische Geschäftsmann Daniel Grinbank kaufte den Club und stellte seinen Landsmann José Pekerman als Sportdirektor ein. Auch Trainer Carlos Aimar war Argentinier. Weiterhin wurden 14 argentinische Spieler verpflichtet, was zu Kritik der eigenen Anhänger führte. Verärgert verließ Grinbank zur Saisonhälfte den Verein, gefolgt vom Trainer und einigen argentinischen Spielern, die von ihm bezahlt wurden. Zumindest José Pekerman wollte den Karren wieder aus dem Dreck ziehen, durfte jedoch aufgrund fehlender Erfahrung (der spanische Fußballverband schreibt drei Jahre Erfahrung als Vereinstrainer vor) das Traineramt nicht übernehmen und musste ebenfalls gehen.

Die 3. Liga

Ab 2004 spielte CD Leganés in der Segunda División B, Gruppe 1. Schon unmittelbar nach der Abstiegssaison verpasste Leganés punktgleich mit dem Tabellenvierten Alcalá nur denkbar knapp die Entscheidungsspiele um den Aufstieg. Doch der nach dem „Argentinien-Desaster“ gekommene Vereinspräsident Jesús Polo verließ den Club, so dass dieser sich in den Folgejahren stetig im Abstiegskampf befand. Im Januar 2009 sorgte der Verein für Schlagzeilen, als sich während des Spiels gegen Real Madrid Castilla die Spieler des Klubs für 90 Sekunden auf den Boden knieten. Dies symbolisierte einen Streik, da sie seit vier Monaten kein Gehalt bekamen. Real nutzte diese Möglichkeit nicht, um ein Tor zu schießen. Die Partie endete 2:1 für Leganés.

Bis 2013 erreichte CD Leganés dreimal die Play-offs zum Aufstieg in die Segunda División (2008/09, 4. Platz; 2010/11, 4. Platz; 2012/13, 2. Platz), scheiterte aber jeweils.

Zurück in der 2. Liga

2014 stieg CD Leganés nach zehn Jahren wieder in die Segunda División auf.

4 Jahre 1. Liga

Am 4. Juni 2016 stieg CD Leganés am letzten Spieltag, nach zwei Jahren in der Segunda División, durch einen 1:0-Sieg bei CD Mirandés erstmals in die Primera División auf. Im ersten Jahr gelang als Siebzehnter der Klassenerhalt. Mit der gleichen Position im Folgejahr und einem 13. Platz in der Saison 2018/19 konnte sich Leganés in der höchsten spanischen Spielklasse etablieren. Am Ende der Saison 2019/2020, der vierten in der Primera División, belegte Leganés den 18. Rang und damit einen Abstiegsplatz.

Wieder 2. Liga

Die Saison 2020/21 spielte Leganés in der 2. Liga und belegte in der Abschlusstabelle Platz 3. In den Aufstiegsspielen scheiterte die Mannschaft in der ersten Runde am Lokalrivalen Rayo Vallecano. 2021/22 lag Leganés in der ersten Saisonhälfte lange auf einem Abstiegsplatz und belegte am Ende nur auf Rang 12.