Audiencia de los Confines

Mit einer Cédula vom 3. September 1543 wies Philipp II. (Spanien) die Audiencia de los Confines an, sich in Comayagua zu konstituieren. Im selben Schreiben erteilte er dem Ejido den Namen Santa María de la Nueva Valladolid de Comayagua nach Valladolid, seinem Wohnsitz. Der vom Cabildo de Españoles verwaltete Teil der Stadt wurde Concepción de Comayagua genannt.

Dank ihrer Lage im Landesinneren, geschützt vor Piratenüberfällen, sehr fruchtbarer Böden für Landbau und Viehwirtschaft und dem Vorhandensein von ergiebigen Silberminen in der Nähe wuchs die Bevölkerung, welche in Häusern aus Bahareque und Ziegelbauweise lebte. 1533 gründete der Priester Jerónimo Clemente ein Mercedarier Convento.

Bistum

1550 war Truxillo als Sitz für den Bischof gewählt worden und der zweite Bischof von Honduras amtierte dort. 1551 wurde in Comayagua eine Kirche aus Stein für 1500 Goldpesos gebaut. 1552 wurde der Priester Jerónimo de Correll zum dritten Bischof von Honduras ernannt. Der Bischofssitz Truxillo war gerade von Piraten, mit Kaperbriefen aus England und Frankreich, geplündert worden. Um seine Ernennungsbulle für das Bistum Trujillon nicht verfallen zu lassen, musste er seinen Bischofssitz in Truxillo nehmen, da Comayagua kein Bistum war und keine Kathedrale hatte. Der Priester Alonso de Guaman beantragte bei der Audiencia de Guatemala das Bistum nach Gracias a Dios zu verlegen, wo es eine Kirche und ein Cabildo de Espanoles gab. Bischof Pedriza, der erste Bischof, welcher ab 1536 in Honduras seinen Sitz hatte, hatte ein Haus zum Bischofssitz genommen. Die Audiencia de Guatemala wies Alonso de Guaman an, seinen Bischofssitz in Comayagua zu nehmen, welches im Zentrum des Bistums lag und über eine geeignete Kirche verfügte. Als Daten für eine mögliche Sanktionierung dieser Verlegung werden die Jahre 1559 und 1562 genannt.

1555 machte Bischof Jerónimo de Correll von Comayagua eine Rundreise durch sein Bistum und besuchte Trujillo, Puerto Caballos, San Pedro Sula und Gracias a Dios. 1560 reiste er nach Mexiko, um zum sich zum Bischof salben zu lassen.

1564 wurde die einzige Kirche von Comayagua, die des Mercedarierkonventes, zur Kathedrale von Honduras aufgewertet und Comayagua seitdem als Bistum bezeichnet. Die königliche Cédula, welche diesen Umzug sanktionierte, trägt das Datum 1572. 1574 wurde die Caja Real, die königliche Bank, ein Institut der Real Hacienda des Finanzministeriums, von San Pedro Sula nach Comayagua verlegt. Dies geschah wegen der ertragreichen Ausbeutung der Silberminen in der Nähe von Comayagua.

1577 wertete Philipp II. (Spanien) den Ort zur Ciudad auf. 1582 erkundigte sich der König, ob die Kirche von Comayagua als Kirche für einen Bischofssitz geeignet sei. Bischof Corrella erhielt vom König 800 Dukaten, mit welchen er Maurer und Maler die Kirche des Mercedarierkonventes zur Bischofskirche umgestalten ließ.

Es ist davon auszugehen, dass Bischof Corrella die Überführung des Bischofssitzes ab 1555 von Comayagua aus betrieb. Es wurde eine Reihe von Berichten, welche zwischen 1559 und 1562 datieren, bei der Audiencia de Guatemala gefunden, welche die Vorzüge von Comayagua herausstellen, die diesem Verlegungsverfahren zuzuordnen sind. In diesem Verfahren mussten die zivilen, die militärischen und die kirchlichen Behörden des Consejo de Indias überzeugt werden.

Mit dem auffällig langen Verwaltungsverfahren wurde verhindert, dass Comayagua wieder zu einer eigenständigen Machtposition gelangte, wie sie zu Zeiten der Audiencia de los Confines gegeben war. Nun war Comayagua ein Nirgendwo, verwaltet von der Capitanía General del Reyno de Guatemala im Vizekönigreich Neuspanien.

Comayagua wurde durch Erdbeben 1774 und 1804 geschädigt.

Ab 1776 war Comayagua die Hauptstadt der Intendencia de Comayagua 1812 proklamierte José Gregorio Tinoco de Contreras als Bürgermeister von Comayagua die Unabhängigkeit vom spanischen Mutterland. Im November 1817 gewährte der Consejo de Indias die Unabhängigkeit der Alcaldía Mayor von Tegucigalpa von der Regierung in Comayagua außer in Verteidigungsfragen. 1821, 1822 war Comayagua Hauptstadt der Provinz Comayagua im mexikanischen Imperium von Agustín de Itúrbide, während sich in Tegucigalpa Widerstand gegen die Annexion von Mexiko regte. Ab 1823 war Comayagua die Hauptstadt Provinz Comayagua in der Zentralamerikanischen Konföderation.

Ab 1823 wechselte der Sitz der Regierung von Honduras zwischen Comayagua und Tegucigalpa.

Comayagua wurde am 10. Mai 1827 von Truppen der Konföderationsregierung unter Manuel José Arce y Fagoaga besetzt, José Dionisio de la Trinidad de Herrera y Díaz del Valle wurde abgesetzt und verhaftet.

Anschließend ließ José Francisco Morazán Quezada die Truppen der Konföderationsregierung unter Manuel José Arce y Fagoaga bekämpfen und wurde Supremo Director der Provinz Honduras in Comayagua.

Seit 30. Oktober 1880 unter der Regierung von Marco Aurelio Soto ist Tegucigalpa die Hauptstadt von Honduras.