David Baker (* 6. Oktober 1962 in Seattle) ist ein US-amerikanischer Biochemiker, der Professor für Biochemie an der University of Washington ist.
Baker studierte an der Harvard University und wurde 1989 an der University of California, Berkeley bei Randy Schekman promoviert (über Proteintransport in Hefezellen). 1990 bis 1993 war er als Post-Doktorand bei David Agard an der University of California, San Francisco.
Er ist bekannt für Arbeiten zur Proteinfaltung, insbesondere ab initio Proteinstruktur-Vorhersagen mit dem Rosetta-Algorithmus, für die er das Rosetta@home-Projekt startete (ebenso wie das Foldit-Projekt, einem Online-Wettbewerb um bestmögliche Struktur-Ableitung von Proteinen), um die dazu nötigen aufwändigen Rechnungen mit verteiltem Rechnen auszuführen. Sein Labor nimmt regelmäßig an CASP teil.
Baker ist tätig am Howard Hughes Medical Institute sowie Mitglied der National Academy of Sciences (2006) und der American Academy of Arts and Sciences (2009).
1994 erhielt er den Young Investigator Award der National Science Foundation, 2004 den Newcomb-Cleveland Prize der AAAS sowie den Feynman Prize in Nanotechnology, 2008 den Sackler-Preis und 2012 den Biochemical Society Centenary Award. Für 2021 wurden Baker ein Breakthrough Prize in Life Sciences und der Wiley Prize in Biomedical Sciences zugesprochen. Für 2022 wurde er mit einem BBVA Foundation Frontiers of Knowledge Award ausgezeichnet.
Seine Ehefrau Hannele Ruohola-Baker ist ebenfalls Biochemie-Professorin an der University of Washington.