Legende:
| (M) | Deutscher Meister |
| (N) | Aufsteiger aus der 2. Bundesliga |
| Qualifikation für die Endrunde | |
| Absteiger in die 2. Bundesliga |
In der Saison 1999/2000 verteidigte der Dürkheimer HC zum dritten Mal in Folge seinen Titel als Deutscher Hallenmeister. Aufgrund der Neustrukturierung der Bundesliga von zwei Gruppen à acht Teams zu vier Gruppen à sechs Clubs gab es zwei Absteiger und insgesamt zehn Aufsteiger.
Hauptrunde
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Endrunde
Die Endrunde um die deutsche Meisterschaft fand am 29. und 30. Januar 2000 in Essen statt:
| Halbfinale 29. Januar 2000 | Finale 30. Januar 2000 | ||||||
| 1.N | UHC Hamburg | 11 | |||||
| 2.S | Rüsselsheimer Ruder-Klub 08 | 12 | Finale | ||||
| nach 7-Meter-Schießen | 2.S | Rüsselsheimer Ruder-Klub 08 | 3 | ||||
| 1.S | Dürkheimer HC | 4 | |||||
| 1.S | Dürkheimer HC | 5 | |||||
| 2.N | Gladbacher HTC | 3 | |||||
| Spiel um Platz 3 | |||||||
| 1.N | UHC Hamburg | 10 | |||||
| 2.N | Gladbacher HTC | 9 | |||||
| nach 7-Meter-Schießen | |||||||
Aufstieg
Für die folgende Saison 2000/01 wurden die bisherigen zwei Gruppen nach regionaler Zugehörigkeit der Clubs in vier Gruppen aufgeteilt. Aus der bisherigen Nord-Gruppe entstanden die Gruppen Nord und West, aus der bisherigen Süd-Gruppe die Gruppen Ost und Süd. Da die neuen Gruppen jeweils sechs Teams umfassen sollten, ergaben sich unterschiedliche Auf- und Abstiegsregelungen: in der Nord-Gruppe gab es keinen Absteiger, in der Süd-Gruppe dagegen zwei. Da auch die 2. Bundesliga (2. BL) von zwei auf vier regionale Gruppen aufgeteilt wurde, rückten im Norden und im Osten auch Teams aus der Regionalliga (RL) nach:
- Nord: Großflottbeker THGC (2. BL), Rahlstedter HTC (2. BL), Braunschweiger THC (RL)
- Ost: Zehlendorfer Wespen (2. BL), Osternienburger HC (2. BL), TuS Lichterfelde (2. BL), TSV Zehlendorf 88 (2. BL), SC Charlottenburg (RL)
- Süd: HC Heidelberg (2. BL)
- West: Schwarz-Weiß Köln (2. BL)