Verein

Jean Paul Pineda begann in Villa Alemana das Fußballspielen. Seine Eltern gingen 2001 zurück nach Santiago de Chile, wo sich der zwölfjährige Pineda dem Jugendteam vom CD Palestino anschloss. Seit 2006 spielte der Stürmer dort in der Profimannschaft. Bis 2009 blieb er dem Verein treu und wechselte dann in den Norden des Landes zum CD Cobresal, bei dem er interner Torschützenkönig wurde und so die Begehrlichkeiten vom Konkurrenten CD Cobreloa weckte. 2011 ging er zurück in die Hauptstadt und spielte für Unión Española, mit denen er 2012 das Achtelfinale der Copa Libertadores erreichte. Beim Topklub CSD Colo-Colo spielte Jean Paul Pineda hauptsächlich in der Copa Chile und wechselte nach nur kurzer Zeit wieder zum CD Cobresal, konnte dort aber nicht an seine guten Leistungen von 2010 anknüpfen. Erst in der Spielzeit 2014/2015 bei Unión La Calera kam er wieder in gute Form und wurde in der Clausura 2015 mit elf Toren gemeinsam mit Esteban Paredes Torschützenkönig der Liga.

Dies blieb auch in anderen Teilen der Welt nicht ungesehen. Der Stürmer erhielt ein gut dotiertes Angebot aus den Vereinigten Arabischen Emiraten, das er zugunsten des spanischen Zweitligisten FC Córdoba ablehnte. Doch bei den Spaniern erzielte Pineda in 22 Spielen nur ein Tor, so dass Córdoba den Vertrag des Chilenen frühzeitig auflöste und in der zweiten Jahreshälfte 2016 vereinslos war. Im Januar 2017 fand er mit dem brasilianischen Verein EC Vitória einen neuen Verein. Zwar gewann Jean Paul Pineda mit der Staatsmeisterschaft von Bahia seinen ersten Titel, doch nach einem gewaltsamen Raubüberfall mit Frau und Kindern zog es den Stürmer zurück nach Chile, wo er fortan für die Santiago Wanderers stürmte. Mit dem Klub aus Valparaíso gelang ihm der Pokalsieg 2017. Danach spielte er für weitere Klubs in Chile inklusive einem Abenteuer bei Atlético Bucaramanga in Kolumbien 2019, als in Chile die Saison wegen der Proteste im Land frühzeitig abgebrochen worden war. Seit 2020 spielt Pineda wieder in Chile.