Vor 1951

Die Kolonialherren begannen in Niederländisch-Indien ab den 1870ern den Bau von Eisenbahnen. Die erste Gesellschaft war die Nederlands-Indische Spoorweg (NIS), die ein Streckennetz in Normalspur (1435 mm) errichtete. Die Verwaltung gründete die Nederlandsch-Indische Staatsspoorwegen (SS), zugleich förderte man die Gründung kleinerer Privatbahnen. Es entstanden auch zahlreiche Schmalspur- (600 mm) und Feldbahnen. Der Bahnbetrieb war auf Sumatra, Java und Madura beschränkt. Alle nach 1880 neu angelegten Hauptstrecken wurden in Kapspur ausgelegt. Während der japanischen Verwaltung (1942–45) wurden die Regelspurstrecken auf Java vollständig auf Kapspur umgespurt, die Verwaltung als Rikuyu Sōkyoku in einer Hand in Bandung zentralisiert und die Bahnstrecke Saketi–Bayah neu angelegt. Die am 15. August 1945 fertiggestellte Strecke zwischen Muaro und Penkanbaru ging nie in Betrieb. Etliche Lokomotiven sowie Material von gut 910 km Strecke wurde zum Bau der Burma-Bahn nach Thailand verbracht.

Die rückerobernden Niederländer betrieben die Bahnen nach 1946 als Vereenigte Spoorwegen (VS). Am 23. November 1947 kamen 46 von 100 gefangenen Freiheitskämpfern zu Tode, nachdem man sie 13 Stunden ohne Wasser in Güterwagen gepresst transportiert hatte. Guerillaangriffe auf Bahnstrecken zerstörten das Bahnsystem noch mehr. Nach der Unabhängigkeit wurden die Bahnen, die sich nach mangelnden Investitionen während der Weltwirtschaftskrise und den Kriegsfolgen in einem maroden Zustand befanden, verstaatlicht. Eine Kommission untersuchte 1951/52 die Wirtschaftlichkeit der einzelnen Strecken, ein wesentlicher Teil des Vorkriegsnetzes wurde, vor allem für den Personenverkehr, aufgegeben. Lediglich die Deli Spoorweg (ab 1942: Kita Sumatera Tetsudo, 1946: Keereta Api Soematra Oetara) blieb noch bis 1957 in privater Hand. Bis 1963 bestand eine separate Verwaltung.

1952 bis 1999

Die aus der Kolonialzeit stammenden Dampflokomotiven blieben noch lange in Gebrauch, vor allem solche der Bauart Mallet. Die ersten 27 Diesellokomotiven bestellte man 1953 in den USA. Die Serie D54 lieferte ab 1954 das LOWA-Werk in Leipzig, Der verstaatlichte ehemalige Krupp-Betrieb war lange Jahre ein Hauptlieferant der indonesischen Bahnen. Bis 1967 wurden rund 250 Diesellokomotiven im Ausland gekauft. Neue Wagen wurden nur für die Hauptstrecken beschafft. Die meisten Strecken wurden bis 1980 auf Dieselbetrieb umgestellt. Der Kohlenverbrauch sank von 356 000 t im Jahr 1953 auf 39 000 t 1975. Die Sicherungstechnik lieferte nach dem Krieg vor allem Siemens & Halske.

Die Beschäftigten organisierten sich in der Gewerkschaft Persatuan Buruh Kereta Api, die 1958 schon rund 32 000 Mitglieder hatte. Diese Organisation wurde als „kommunistisch“ gebrandmarkt. Während der Massaker in Indonesien 1965–1966 wurden zahlreiche Fachkräfte von den Schergen des mit CIA-Hilfe an die Macht geputschten Suharto ermordet. Das Unternehmen beschäftigte 1966 88586 Beschäftigte, zehn Jahre später nur noch ca. 60 000. Die Familie des Diktators betrachtete die subventionierten Staatsbetriebe als einen Selbstbedienungsladen zur persönlichen Bereicherung, sodass für Investitionen vorgesehene Gelder, oft Spenden der Entwicklungshilfe, versickerten. Obwohl im Planansatz der 1970er hohe Investitionen vorgesehen waren, blieb wenig Geld, die vollkommen überalterten Maschinen und Fahrzeuge instand zu halten. In den 1970ern waren durchschnittlich weniger als drei Viertel der Diesellokomotiven einsatzbereit, weniger als zwei Drittel der Dampflokomotiven und nur etwa 45 % der Güterwagen. 1966 wurde ein Viertel weniger Ladung als vor dem Putsch 1962 transportiert. Renovierungen fanden allenfalls an Hauptbahnhöfen statt, sodass viele kleinere Haltestellen auch heute noch aus den Originalbauten der Kolonialzeit bestehen.

Um 1970 hatte Indonesien 6793 km Strecke in Betrieb, davon 182 km zweigleisig. Zu dieser Zeit prüfte man Pläne für ein ganz Sumatra erschließendes Netz, wie es die Niederländer schon in den 1920ern geplant hatten. Dies erwies sich als nicht wirtschaftlich. So begann die Stilllegung der isolierten Bahnen außerhalb Javas. In Nord-Sumatra legte man die Strecke Bandar Aceh–Besitang, also die Gleise der früheren Ajeh Tram (AT; Spurweite 750 mm) 1971 bis Langsa, still. Ebenso aufgegeben wurden die Bahnen auf Madura (vor 1975). Davor waren 182 km zweigleisig. Als praktisch einzige Schmalspurstrecke blieb die Strecke Purwosari–Wonogiri in Zentraljava (Jawa Tengah) in Betrieb.

Im Jahre 1975 beförderte die Staatsbahn 5,8 Mio. t Ladung (1,3 Mrd. Frachtkilometer) und 32 Millionen Fahrgäste (3,1 Mrd. Personenkilometer). Bis in die 1980er wurde kaum in die Bahn investiert.

Die administrative Reorganisation 1991 sollte vor allem die Rentabilität erhöhen. Die Einnahmen der besseren Züge helfen die Preise der dritten Klasse niedrig zu halten, die ihre Kosten nur zu etwa 70 % deckt. Die Asienkrise 1997 machte neue Investitionen für mehrere Jahre schwierig.

Seit 2000

Insgesamt waren 2011 5042 km Gleise verlegt. Fernzüge führen folgende Klassen: I. Eksecutif klimatisiert, II. Bisnis unklimatisiert und III. Ekonomi, für die keine Reservierungspflicht besteht. Die seit 1995 eingeführten Argo-Züge führen nur erste Klasse. Islamistischem politischen Druck nachgebend führte man 2010 im Nahverkehr reine Frauenwagen ein.

Die größten Personenbahnhöfe für Fernzüge sind in Jakarta der zentrale, aber überlastete Bahnhof Gambir und der im Hafen gelegene Tanjung Priok. In Yogyakarta dient der Bahnhof Tugu für die Transportklassen Business (II.) und Exekutiv (I.), während Lempuyangan für Züge der Economy-Klasse benutzt wird. In Surabaya sind die Hauptbahnhöfe der zentrale Gubeng und Pasar Turi im Norden. Auf Sumatra gibt es abgesehen von der Strecke Palembang–Bandar Lampung, kaum Personenverkehr, außer für Pendler oder in touristischen Sonderzügen.

Elektrische Triebzüge liefert zur Zeit vor allem Bombardier Transportation, für den Nahverkehr erwirbt man bevorzugt gebrauchte japanische Einheiten.