Vorreformation

Die Kirche war bis zum späten Mittelalter ein beliebtes Wallfahrtsziel. Sie wird erstmals 1348, als Unserer Lieben Frau geweiht, erwähnt.

Als eine von 29 Kirchen des Dekanats Münsingen hatten die dort wirkenden Geistlichen eigene Pfründen, waren aber dem Dekan unterstellt. 1498 bis 1522 predigte dort der deutsche Priester Johannes Wecker bereits mit reformatorischen Ideen. Allerdings hatte er mit seiner Kritik an Totenmessen für die Gefallenen der Bicoccaschlacht die Berner Obrigkeit erbost und wurde zur Aburteilung dem Bischof von Konstanz überstellt. Währenddessen war bei Dekan Ulrich Güntisberger der Bayer Jörg Brunner als Helfer tätig. Da auch er nicht nach herkömmlicher Lehre predigte, liess ihn der Dekan vom Bischof an das Kirchlein von Kleinhöchstetten versetzen. Dort aber predigte Brunner umso eifriger gegen die Missstände in der Kirche und erhielt starken Zulauf. Damit erregte er den Unwillen und Neid bei seinen Amtskollegen und so wurde er dem Rat von Bern überstellt, um ihn zur Aburteilung dem Bischof zu übergeben. Allerdings hatte das neue Gedankengut bereits in Bern Fuss gefasst und so konnte Brunner frei wieder sein Amt ausüben. Die Verhandlung am 29. August 1522 im Barfüsserkloster in Bern wird als erste Berner Disputation betrachtet und das Kirchlein von Kleinhöchstetten damit als „Die Wiege der Berner Reformation“ bezeichnet.

Nachreformation

1534 kurz nach der Einführung der Reformation wurden die Kapellen des Dekanats Münsingen profaniert. Die Leute von Kleinhöchstetten mussten wie die der anderen umliegenden Orte nach Münsingen zur Predigt. Ein Bauer kaufte die Kirche, nutzte sie als Wagenremise und richtete über einem Zwischenboden Dienstwohnungen ein. Die Pforte der Westfassade wurde zugemauert, die Annexen abgebrochen und neue Eingänge in der Südwand eingebaut.

Bis in die 1940er Jahre verlotterte das Gebäude zusehends, sodass man den Abbruch plante. Allerdings hatten die Heimatpfleger bereits den historischen Wert der ehemaligen Kirche erkannt. 1952 stürzten Teile des Dachs ein. Im selben Jahr ergriff eine Sekundarschulklasse mit ihrem Lehrer Ernst Aebi nach einer Exkursion an die Ruine die Initiative und bat den Obmann des Berner Heimatschutzes schriftlich um die Erhaltung des Baudenkmals. Sie fand Gehör und es wurde als Erstes ein Notdach erstellt. 1953 erwarb die evangelisch-reformierte Landeskirche das Grundstück mit der Ruine, um eine Wiederherstellung und Rückführung in ihren ursprünglichen Zweck einzuleiten. Bei den vom schweizerischen Nationalfonds finanzierten Ausgrabungen, geleitet von Paul Hofer, wurden die ursprünglichen Fundamente erfasst.

1962 wurde die Kirchenparzelle in Kleinhöchstetten der Kirchgemeinde Münsingen als Schenkung mit der Bedingung überschrieben, die Kirche wieder dem gottesdienstlichen Gebrauch zuzuführen. Unter der Leitung des Berner Architekten Alfred Schaetzle begannen 1963 die Restaurierungsarbeiten und wurden nach dreijähriger Bauzeit vollendet. Seit der Einweihung am 15. Mai 1966 dient das Gebäude wieder als Gotteshaus.

Wandmalereien

Bei der Renovation wurden Wandmalereien sowohl an der westlichen Fassade, als auch an den Wänden im Innern gefunden. Links vor dem Eingang sind unter einem gemalten Bogenfries die an ihren Attributen erkennbaren Heiligen Leonhard, Mauritius, Stephanus, Laurentius und einem weiteren Unbekannten zu sehen. Im Inneren sind florale Ornamente in den Fensternischen und am Chorbogen erhalten. Von fünf Bildern an der Südwand aus einem ursprünglichen Zyklus zeigt eines den auferstandenen Christus als Gärtner mit Maria Magdalena, die anderen sind weniger gut erhalten. Die Westwand trägt eine Darstellung des Jüngsten Gerichts, dazu eine Mandorla mit dem thronenden Christus, flankiert von den vier Evangelistensymbolen mit Maria und Johannes. Unter einer umlaufenden Rankenbordüre sind grossflächige Reste von Würfelmustern erhalten. Die Malereien sind in ihrer Art mit denen von Belp oder Kirchlindach vergleichbar, ohne jedoch deren Qualität zu erreichen.

Glocken

Der von Hermann von Fischer entworfene Dachreiterturm trägt zwei Glocken der Glockengiesserei Rüetschi Aarau. Die grössere wurde von der Einwohnergemeinde Rubigen und die zweite von der Schulgemeinde Trimstein gestiftet. Sie wurden am 26. September 1964 feierlich aufgezogen.

Orgel

Die an der Chorwand aufgestellte Hausorgel stammt aus dem oberaargauischen Madiswil. In einem schrankartigen Gehäuse von 1787 ist ein einmanualiges Werk eingebaut. Die volkstümlichen Malereien auf den Innenseiten der Flügeltüren stellen Tugend und Laster sowie die Gnadenwahl gegenüber. Der Erbauer könnte nach Vergleichsstudien der Emmentaler Orgelbauer Peter Schärer sein.