Erste Amtszeit (1992–1998)

1992 kandidierte er auf Vorschlag des damaligen ÖVP-Parteichefs Erhard Busek bei der Wahl zum Bundespräsidenten. Er gewann den zweiten Wahlgang gegen Rudolf Streicher mit 56,9 % der Stimmen und wurde am 8. Juli als Nachfolger Kurt Waldheims vereidigt. Sein Slogan „Macht braucht Kontrolle“ deutete an, dass Klestil viel aktiver ins politische Tagesgeschäft einzugreifen gedachte als seine Vorgänger. Ein solcher Ausgleich zur damaligen Großen Koalition mit ihrer Parteibuchwirtschaft war für viele Österreicher erwünscht.

Diese Ankündigungen versuchte er am Anfang seiner Amtszeit mit einer Öffentlichkeitsoffensive, unter anderem der Einführung von „Offenen Tagen“ in seinem Amtssitz, der Wiener Hofburg, wahr zu machen. 1994 wollte er den Beitrittsvertrag Österreichs zur Europäischen Union unterzeichnen und in Hinkunft an den Beratungen der EU-Regierungschefs teilnehmen. Diese durch ein Gutachten eines Verfassungsrechtlers unterstützte Forderung wurde jedoch von Bundeskanzler Franz Vranitzky und seiner Regierung abgelehnt, die auch Klestils Einspruchsrechte bei der Ernennung von höheren Beamten – zum Beispiel Schuldirektoren – zu beschränken verstand.

1994 nahm sein Image besonders im bürgerlich-konservativen Teil seiner Wählerschaft Schaden, als Klestil, der im Wahlkampf noch traditionelle Werte der intakten Familie (er war mit Edith Klestil seit Jahrzehnten verheiratet) hochgehalten hatte, selbst mit einem Eheproblem in den Boulevardmedien vertreten war und es bekannt wurde, dass er schon längere Zeit ein Verhältnis mit seiner Wahlkampfleiterin Margot Löffler hatte.

Zweite Amtszeit (1998–2004)

1998 wurde er im ersten Wahlgang mit 63,4 % der Stimmen wiedergewählt; die SPÖ hatte auf die Aufstellung eines eigenen Kandidaten verzichtet, und die ÖVP verbarg ihr Unbehagen gegenüber Klestil hinter einem überparteilichen Personenkomitee.

Nach der Nationalratswahl 1999, bei der die FPÖ unter Jörg Haider hinter der SPÖ zweitstärkste Partei geworden war, drängte Klestil nachdrücklich auf eine Fortsetzung der bisherigen Großen Koalition aus SPÖ und ÖVP. Zu diesem Zweck beauftragte Klestil Bundeskanzler Klima erneut mit der Regierungsbildung. Dies tat Klestil hauptsächlich deshalb, weil er FPÖ-Obmann Haider wegen dessen wiederholten, von manchen Beobachtern als rechtsextrem eingestuften Äußerungen für regierungsunwürdig hielt. Er befürchtete zudem außenpolitische Schwierigkeiten. Schließlich vereinbarte Wolfgang Schüssel, nachdem die Koalitionsgespräche zwischen SPÖ und ÖVP Ende 1999 gescheitert waren, Anfang 2000 ohne Auftrag des Bundespräsidenten – ein Novum in der österreichischen Geschichte – mit der FPÖ eine Regierungskoalition und teilte dies dem Bundespräsidenten mit.

Somit stand Klestil vor der Situation, dass eine von ihm nicht gewünschte Regierung bereitstand und auch über eine parlamentarische Mehrheit verfügte. Infolgedessen hätte seine verfassungsmäßig mögliche Weigerung, die Regierung zu ernennen, möglicherweise eine Staatskrise herbeigeführt.

So akzeptierte Klestil die realpolitischen Machtverhältnisse und gelobte die neue Regierung mit Wolfgang Schüssel als Bundeskanzler am 4. Februar 2000 an.

Zuvor erreichte er allerdings von den neuen Koalitionspartnern die Unterzeichnung einer Präambel zur Festschreibung demokratischer und europäischer Werte. Überdies lehnte er zwei FPÖ-Kandidaten für Ministerämter ab (Thomas Prinzhorn und Hilmar Kabas, dessen Enttäuschung im Anschluss zur „Hump-Dump-Affäre“ führte). Dies, sowie auch Klestils demonstrativ eisige Miene bei der Vereidigungszeremonie, erregte großes Aufsehen und führte zum endgültigen persönlichen Bruch mit Wolfgang Schüssel und weiten Teilen der ÖVP. Für sein Verhalten während der Regierungsbildung wurde Klestil im Bericht der „drei Weisen“" über Österreich, der in Auftrag gegeben worden war, um die Sanktionen der anderen EU-Mitgliedstaaten gegen Österreich zu evaluieren, lobend erwähnt:

Auch nach dem vorzeitigen Ende der ersten Koalition zwischen FPÖ und ÖVP und der darauf folgenden Nationalratswahl im November 2002 setzte sich Klestil nochmals mit aller Deutlichkeit für eine ÖVP-SPÖ-Koalition ein – wiederum ohne Erfolg.

In der Folge und wegen seiner gesundheitlichen Probleme trat Klestil in der österreichischen Öffentlichkeit immer mehr in den Hintergrund.

Zusammenfassung

Innenpolitisch musste Klestil bald erfahren, dass die verfassungsrechtlichen Möglichkeiten des österreichischen Bundespräsidenten zwar bedeutend sind, sich in der politischen Praxis der Zweiten Republik aber nicht durchsetzen lassen. So erprobte er zwar wiederholt seinen politischen Spielraum, stieß jedoch bei der jeweiligen Regierung, die ihre eigenen Kompetenzen nicht teilen wollte, auf Widerstand. Durch die Regierungsbildung 2000 wurde eine der letzten größeren Kompetenzen des Staatsoberhauptes de facto beseitigt. Angesichts dessen gab es Diskussionen, ob man nicht die in der Praxis offensichtlich unwirksamen Kompetenzen des Präsidenten auch de jure abschaffen solle.

Viel erfolgreicher gestalteten sich Klestils außenpolitische Aktivitäten mit unzähligen Staatsbesuchen. Als zukunftsweisend stellten sich drei Initiativen Klestils heraus:

• die institutionalisierten Treffen mit den Staatschefs der angrenzenden Länder des ehemaligen Ostblocks. In dieser Anbahnung von Kontakten mit Ostmitteleuropa war Klestil der zögerlichen Regierung und noch mehr der österreichischen Öffentlichkeit weit voraus.
• Historische Maßstäbe setzte Klestil schon 1994 mit seinem Staatsbesuch in Israel, wo er bei einer Ansprache in der Knesset als erstes österreichisches Staatsoberhaupt die Mitverantwortung Österreichs am Holocaust öffentlich bekannte.
• Als Katholik setzte er sich stets für den interreligiösen und interkulturellen Dialog ein.

Wohlgelitten war Klestil am Ende fast nur noch bei seinen früheren politischen Gegnern auf der linken Seite des politischen Spektrums. Auf der Rechten hielt sich das niemals bewiesene Gerücht, Klestil habe die Reduzierung der politischen Kontakte der anderen EU-Länder („Sanktionen“) nach Bildung der ÖVP-FPÖ-Regierung nicht verhindert, sondern sogar veranlasst bzw. aktiv gefördert.

Thomas Klestil war seit 1945 der siebente österreichische Bundespräsident und der fünfte, der vor Ablauf seiner Amtszeit starb. Er wäre, hätte er zwei Tage länger gelebt, nach Rudolf Kirchschläger der zweite Präsident der zweiten Republik geworden, der dieses Amt zwei volle Amtsperioden ausgeübt hat. Sein Amtsnachfolger war Heinz Fischer, der 2004 bis 2016 zwei volle Amtsperioden absolvieren konnte.