Linie 1 / grüne Linie (früher gelbe Linie)

Die Strecke wird aufgeständert auf vorgefertigten Betonstelzen (erdbebensicher) als Hochbahn geführt und verläuft von Nord nach Süd parallel der Rizal- und Taft-Allee auf 8 km Länge. Bei der weiteren Inbetriebnahme im Juni 1985 wurde die Strecke um 8 km erweitert. Insgesamt werden 18 Haltestellen auf der 15 km langen Strecke versorgt. Die Haltestellen können nur über Treppen erreicht werden, da keine Rolltreppen und Aufzüge vorhanden sind. Es bestehen Umsteigemöglichkeiten zu Bussen und Jeepneys an den Haltestellen Central, Monumento (nördliche Endhaltestelle) und Baclaran (südliche Endhaltestelle). In den Zügen sind die Abschnitte gleich am Anfang und am Ende eines jeden Zuges für Bedürftige (Senioren, Behinderte, stillende Mütter und Mütter mit Kindern) reserviert. Gleich im Anschluss daran befinden sich Abschnitte, die nur von Frauen benutzt werden dürfen. Die Spurweite beträgt 1435 mm (Normalspur), die Spannung der Oberleitung beträgt 750 V. Anfangs wurden nur Züge der belgischen Firma BN ACEC eingesetzt. Hierbei handelte es sich um 8-achsige Waggons mit 2,5 m Breite und 29,28 m Länge, welche jeweils maximal 374 Fahrgäste befördern können. Sie verkehrten in der Konfiguration von zwei, später drei Wagen pro Zug. 2001 wurde eine Generalüberholung und Modernisierung der Züge mithilfe des belgischen Herstellers und im April 2002 eine Generalüberholung der Bahnanlagen der LRT 1 abgeschlossen. Seitdem sind alle Züge klimatisiert. In den darauffolgenden Jahren wurden die belgischen Züge durch weitere Züge von Hyundai Rotem, Adtranz und Nippon Sharyo ergänzt, um die Kapazität auszubauen, so dass heute Züge von vier verschiedenen Herstellern auf der Linie 1 verkehren.

Linie 2 / blaue Linie (früher lila Linie)

Die umgangssprachlich „Megatren“ genannte Linie verläuft von Westen (Manila) in östlicher Richtung über Quezon City, Pasig und Marikina bis nach Antipolo. Bis auf die Katipunan-Station ist sie ebenfalls auf Viadukten geführt. Der Bau begann 1998 mit ursprünglich elf Haltestellen auf 13,8 km, die sich von der Recto-Station im Westen entlang der Recto-Allee, Magsaysay-Boulevard und Aurora-Boulevard bis zur Santolan-Station in Pasig befinden. 2021 wurde die Verlängerung der Strecke um 2 Stationen in Richtung Osten über Cainta bis nach Antipolo eröffnet. An der Recto-Station verbindet sie eine 2005 eröffnete Fußgängerbrücke mit der Linie 1. Alle Züge auf der Linie 2 stammen vom südkoreanischen Hersteller Hyundai Rotem und sind klimatisiert.

Linie 3 / gelbe Linie (früher blaue Linie)

Die in der Bevölkerung „Metrostar“ genannte Linie verläuft entlang der Ringstraße Epifanio de los Santos Avenue (EDSA). Sie nahm am 16. Dezember 1999 ihren Betrieb auf und besitzt seit dem 20. Juli 2000 eine Umsteigeverbindung zur Linie 1 an der Haltestelle EDSA/Taft Avenue (Stationsname an der Linie 1 ist EDSA). Eine weitere Umsteigemöglichkeit besteht zur Linie 2 an der Station Cubao/Araneta Center. Die Gesamtlänge beträgt heute 16,8 km mit insgesamt 13 Haltestellen. Der Verlauf erfolgt auch, wie bei den anderen beiden Linien, auf Viadukten mit Ausnahme der Haltestelle Buendia, die unterirdisch liegt. Bei den auf dieser Linie eingesetzten Züge handelt es sich um die Baureihe Tatra RT8D5 des tschechischen Herstellers ČKD Tatra. Alle Züge sind mit einer Klimaanlage versehen.

2017 sollten die bisherigen 73 tschechischen Züge durch 48 hinzugekaufte Züge aus China ergänzt werden, um das gestiegene Passagieraufkommen zu bewältigen. Jedoch können diese neuen Züge noch nicht eingesetzt werden, da es sowohl Probleme mit Sicherheitstechnik der chinesischen Züge als auch Schwierigkeiten mit der Kapazität der Stromversorgung des bestehenden MRT-3-Systems gibt.

Die Benutzerzahlen blieben in den ersten Monaten nach Eröffnung deutlich hinter den Erwartungen zurück. Als Gründe wurden der hohe Fahrpreis im Vergleich zu damaligen Preisen für Bustickets und der erschwerte Zugang der Haltestellen nur über Treppen angeführt. In den Folgejahren jedoch stiegen die Fahrgastzahlen deutlich an und liegen heutzutage weit über der geplanten Kapazität, was an notorisch überfüllten Zügen deutlich wird. Ursprünglich auf 350.000 Passagiere pro Tag ausgelegt nutzen heute rund 600.000 Menschen täglich die Linie 3.

Linie 1

Eine Modernisierung der seit den 1980er Jahren in Betrieb befindlichen Züge erscheint dringend notwendig. Dies geschieht in zwei Abschnitten, zuerst werden die Züge gegen größere und breitere Waggons ausgetauscht. In einem Zwischenschritt werden die bisherigen Züge von 2 auf 3 Waggons verlängert. Darüber hinaus werden 7 Züge mit jeweils 4 klimatisierten Waggons gekauft. Die neuen 6-achsigen Waggons sind 2,59 m breit und 26,5 m lang und können jeweils maximal 450 Fahrgäste befördern. Sie besitzen 4 Türen pro Seite und werden durch einen Wechselstrom-Induktionsmotor angetrieben. In der nächsten Phase soll die Passagierzahl erhöht werden. Die Kapazität beträgt zurzeit 27.000 Passagiere pro Richtung während der Hauptverkehrszeiten. Diese soll durch neue Züge auf 40.000 Passagiere gesteigert werden. Die erfordert den Kauf von 12 weiteren Zügen je 4 Waggons, sowie zusätzliche eine Modernisierung der Signalanlagen, Zugfunksysteme, Stromversorgung und -Verteilung, Fahrkartenkontrollen und Baumaßnahmen an einigen Haltestellen und den Depots, um sich an die neuen Züge anzupassen. Mit einer Erweiterung der Linie im Norden besteht seit 2012 in Quezon City eine direkte Verbindung zur Linie 3, jedoch fehlt noch eine gemeinsame Station, welche den Passagieren einen direkten Übergang ermöglicht. Bis dato endet die Linie 1 an der Roosevelt Station und es verbleibt eine Lücke von etwa 1,4 km bis zur Station North Avenue der Linie 3. Der ursprünglich bereits 2009 geplante Bau der gemeinsamen Station verzögerte sich mehrfach wegen gerichtlicher Auseinandersetzungen bezüglich der Lage dieser gemeinsamen Station. Als neuer Termin für den Baubeginn war zuletzt der Dezember 2017 genannt worden, tatsächlich begannen die Bauarbeiten schließlich am 7. Mai 2018. An dieser gemeinsamen Station soll dann zukünftig auch ein Übergang auf die im Bau befindliche neue Linie 7 möglich sein. Zudem ist der Bau einer zusätzlichen Haltestelle in Caloocan City vorgesehen. Im Süden ist derzeit eine Verlängerung im Bau, siehe Details unten unter Linie 6.

Linie 2

Im Westen ist eine Verlängerung von der Recto-Station bis zum Pier 4 in Manilas Nordhafen im District Tondo geplant und derzeit im Bau. Die Fertigstellung wird bis Ende 2023 anvisiert.

Linie 3

In nördlicher Richtung endete die Linie 3 zunächst an der Haltestelle North Avenue in Quezon City. Es fehlte der Lückenschluss bis Monumento, Caloocan City mit Übergang zur Linie 1. Nach Verlängerung der Linie LRT 1 in östlicher Richtung ist seit Mitte 2012 die Lücke im Gleis geschlossen, jedoch fehlt noch die gemeinsame Station, deren Konstruktion sich mehrfach verzögerte, welche schließlich den Passagieren einen direkten Übergang zwischen den beiden Linien ermöglichen soll. Die Kapazität der Linie 3 ist auf täglich 350.000 Fahrgäste ausgelegt, tatsächlich werden jedoch bis zu 600.000 Menschen pro Tag befördert. Im Februar 2013 beschloss die Verwaltung von Metro Manila daher die Anschaffung von 52 zusätzlichen Wagen für die MRT Linie 3. Dies erhöht die Kapazität der Linie um 60 bis 70 %.

Linien 4 und 5

Neben den bereits bestehenden drei Linien ist eine vierte geplant, die von Manila (Recto-Boulevard) bis nach Fairview, Quezon City, entlang der Straßen España, Quezon Avenue und Commonwealth Avenue, verlaufen soll.

Eine fünfte Linie soll Manila mit den Orten San Juan, Mandaluyong, Taguig und Makati verbinden und ebenfalls den internationalen Flughafen von Manila, Ninoy Aquino International Airport, an das Streckennetz anbinden.

Linie 6 (auch Linie 1 Süd genannt)

Studien haben gezeigt, dass eine südliche Verlängerung der Strecke der Linie 1 in die Vororte Parañaque und Las Piñas, sowie der Anschluss der Provinz Cavite sinnvoll wäre. Sie wird voraussichtlich 11,7 km lang, der überwiegende Teil soll über Viadukte geführt werden, nur 1,2 km sollen ebenerdig gebaut werden. Acht neue Haltestellen sind geplant, zwei weitere Stationen können bei Bedarf errichtet werden. Die neuen Gleise werden abwärtskompatibel zu der jetzigen Linie sein, sodass die gesamte Strecke auch mit den alten Zügen ohne Unterbrechung befahrbar sein wird. Die Konstruktionsphase für die Linie 6 war ursprünglich von 2013 bis 2018 vorgesehen, hat sich aber verzögert auf einen neuen Projektzeitraum von 2017 bis Ende 2023. Nach Fertigstellung wird die südlichste Station außerhalb von Metro Manila in Bacoor in der Nachbarprovinz Cavite liegen.

Linie 7

Die Linie 7, auch bekannt als MRT-7-Projekt, ist derzeit in Bau. Beginnend in Quezon City mit Übergang zur Linie 3 an der Station North Avenue / Edsa soll die neue Linie über 14 Stationen mit einer Streckenlänge von 22 km via Caloocan bis nach San Jose del Monte in Bulacan führen.