Level 1 bis 4: Imperialer Angriff

Zwei als Asteroiden getarnte Waffenstationen treten in die Umlaufbahn des Planeten ein und feuern auf die Basis. Sie verhindern damit eine Evakuierung vor der imperialen Hauptflotte, die in Kürze eintreffen wird. Kyle kämpft sich durch die besetzte Basis und stiehlt ein Shuttle der Angreifer, mit dem er auf einem der Asteroiden landet. Er dringt bis zur Waffensteuerung vor und zerstört mit Hilfe einer überdimensionalen Kanone den zweiten Asteroiden. Schließlich erreicht er den Kern des Asteroiden und manipuliert die Schutzsysteme des Reaktors, wodurch dieser anfängt zu überladen. Kyle kann der Explosion des Asteroiden gerade noch entkommen. Bei der folgenden Evakuierung der Basis auf Altyr 5 trennt er sich von Mara, da er Hinweise auf einen alten Sith Tempel auf Dromund Kaas entdeckt hat. Er hat das dringende Gefühl dies untersuchen zu müssen. Mara stimmt dem widerwillig zu.

Level 5 bis 8: Nachschub für die neue Republik

Die neue Republik braucht dringend Nachschub an Versorgungsgütern. Ka'Pa, der Hutte, würde gegebenenfalls einem Deal zustimmen, wenn man ihm im Gegenzug eine Amnestie zusichert. Wegen ihres Schmugglerhintergrundes bittet Mon Mothma Mara Jade die Verhandlungen zu führen, in der Hoffnung, dass Ka'Pa ihr vertraut. Da aber Luke Skywalker an Jabbas Tod beteiligt war, möchte Ka'Pa aber nicht mit Mara Jade verhandeln, da sie nun auch zu den Jedi zählt. Über Umwege erreicht Mara aber dennoch Ka'Pas Thronsaal, der nun doch bereit ist sich auf ein Geschäft einzulassen. Ka'Pa möchte, dass Mara ein wichtiges Spionagewerkzeug zurückholt, welches Takara, Ka'Pas Rivale, ihm gestohlen hat und mit dem er nun selbst ausspioniert wird. Im Gegenzug will Ka'Pa der neuen Republik alle Versorgungsgüter verkaufen, die benötigt werden.

Mara stimmt zu und begibt sich zum Katraasii-Raumhafen, wo sich einer von Takaras Offizieren, ein gewisser Abron Mar, befinden soll. Sie verhindert dessen Flucht und spürt ihn schließlich nach einer Katz und Maus-Jagd durch Wohngebiete und Kanalisation auf. Mara erkennt aber zu spät, dass sie in Abron Mars Falle getappt ist und wird auf Takaras Stützpunkt verschleppt, wo sie verhört werden soll.

Mara erwacht in einer Gefangenenzelle, kann sich aber mit Hilfe ihrer Jedikräfte befreien. Sie bringt ihr Lichtschwert wieder an sich und verlässt nach einem Kampf mit einem Rancor den Gefängnistrakt. Sie durchsucht Takaras Festung und findet schließlich das gesuchte CGT-Gerät. Sie wird von Ka'Pas Mitarbeitern gerettet und kann Ka'Pa dazu überreden der neuen Republik die Versorgungsgüter umsonst zu überlassen, in dem sie über die Existenz der Abhöreinrichtung Schweigen bewahren will.

Level 9 bis 11: Das Jedi-Holocron

Im nächsten Handlungsstrang soll Mara einen Transport begleiten, der ein wichtiges Jedi Artefakt, ein Holocron, mit sich führt. Das Schiff wird jedoch von Lumini Piraten mit Hilfe von Gravitationsprojektoren aus dem Hyperraum gezogen und geentert. Mara gelingt es nach Eingabe des Evakuierungscodes die Frachtsektion des Schiffes zu erreichen. Sie bemerkt gerade noch wie das Holocron samt restlicher Fracht auf das Schiff der Piraten verladen wird. Indem sie sich in einem Transportcontainer versteckt, gelangt sie auf das Piratenschiff und wird kurz darauf in der Orbitalschiffswerft von Rathalay entladen.

Dort belauscht sie ein Gespräch, in dem sie erfährt, dass Kaerobani, ein bekannter Schmuggler, das Holocron hat stehlen lassen und es für seine private Sammlung von Kunstgegenständen haben möchte. Mara folgt dem versiegelten Container durch die Schiffswerft und kann als blinder Passagier mit einem Shuttle Kaerobanis Raumbasis auf der Planetenoberfläche erreichen. Ihr gelingt schließlich der Zugang zu Kaerobanis privatem Museum und findet neben 8t88s Kopf auch das Jedi Holocron. Sie bringt es an sich und flieht von der Raumbasis.

Level 12 bis 14: Der Sith-Tempel

Mon Mothma und Mara Jade sind besorgt über Kyle Katarns lange Funkstille und Mara beschließt, nach Dromund Kaas zu fliegen, um ihn dort zu suchen. In dem den Tempel umgebenden Sumpf angekommen, stellt sie fest, dass keine Waffen außer ihrem Lichtschwert funktionieren. Mit Hilfe ihrer Machtfähigkeiten gelingt es ihr aber, in den Sumpf zu gelangen, Kyles Shuttle zu finden und nach einem Kampf gegen ihr böses Ebenbild den Tempeleingang zu erreichen.

Der Einfluss der dunklen Seite der Macht ist überwältigend, aber sie dringt immer weiter in das Innere des düsteren Tempels vor. Hier trifft sie auf Kyle, der nicht wieder zu erkennen ist und sich der dunklen Seit der Macht hingegeben hat. Sie besiegt ihn mehrere Male. Schließlich, am untersten Punkt des Tempels angekommen, liefern sich Kyle und Mara einen Zweikampf. Hier scheint Kyle unbesiegbar. Erst als Mara ihr Lichtschwert deaktiviert, siegt die helle Seite der Macht in Kyle und in seinem inneren Konflikt gefangen gibt er auf. Er ist nicht in der Lage, seine Freundin und Verbündete zu töten. Nachdem die helle Seite in Kyle wieder die Oberhand gewonnen hat, verlassen beide gemeinsam Dromund Kaas.