1910–1923: Niederösterreichische Landesbahnen

Der elektrische Teil dieser durch die Niederösterreichischen Landesbahnen in Auftrag gegebenen Lokomotiven wurde von den Österreichischen Siemens-Schuckert-Werken in Wien hergestellt. Der mechanische Teil stammt bei 15 Lokomotiven von Krauss & Comp. in Linz und bei einer Lokomotive (der E.14) von der Grazer Waggonfabrik.

Die Anlieferung des ersten Exemplars der zunächst als Reihe E bezeichneten Elektrolokomotive erfolgte vor April 1910 an die Betriebswerkstatt in St. Pölten Localbahn, heute St. Pölten Alpenbahnhof. Ab 11. April 1910 wurden im Nahbereich von St. Pölten erste Probefahrten unternommen. Der erste planmäßige Zug fuhr mit einer elektrischen Lokomotive am 27. März 1911. Er wurde in Kirchberg an der Pielach von der E.3 übernommen und bis Laubenbachmühle befördert. Anschließend fanden weitere Fahrten noch im Mischbetrieb mit Dampflokomotiven statt, die der Betriebserprobung sowie der Personalschulung dienten. Ab dem 1. Mai 1911, dem Beginn des Sommerfahrplans, wurde der planmäßige elektrische Betrieb mit für die Elektroloks angepassten Fahrzeiten aufgenommen. Die Lokomotiven ermöglichten eine Senkung der Fahrzeit um über eine Stunde.

1914 endete nach Anlieferung der E.16 die Beschaffung dieser Lokbaureihe.

1923–1938: Bundesbahnen Österreichs (BBÖ)

Die Österreichischen Bundesbahnen führten die Loks weiterhin als Reihe E in ihrem Fahrzeugbestand ein, am Einsatz änderte sich naturgemäß nichts.

1938–1946: Deutsche Reichsbahn

Nachdem die Bundesbahnen Österreichs nach dem Anschluss Österreichs an Deutschland im Jahre 1938 in der Deutschen Reichsbahn aufgegangen waren, wurden die Loks fortan als Baureihe E 99 bezeichnet.

1946–2010: Österreichische Bundesbahnen (ÖBB)

Nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges und der Wiedererlangung der staatlichen Souveränität Österreichs wurden die Loks von den wieder erstandenen Österreichischen Bundesbahnen als Reihe 1099 in ihr neues Nummernschema übernommen.

Nachdem die Loks knapp fünfzig Jahre im Einsatz gewesen waren, wurden sie zwischen 1959 und 1962 grundlegend modernisiert. Der Lokkasten wurde komplett erneuert, die Fahrzeuge wurden neu verkabelt, mit einer pneumatischen Schützensteuerung und einer neuen Druckluft-Zusatzbremse ausgestattet. Rahmen, Fahrmotoren, Transformatoren, Antrieb und Drehgestelle blieben unverändert. Nach dem Umbau waren sie nur mehr mit einem Stromabnehmer ausgestattet. Der erste und bisher einzige Verlust einer Lok der Reihe 1099 trat am 11. Februar 1981 ein, als ein talwärtsfahrender und mit der Lok 1099.15 bespannter Zug aufgrund überhöhter Geschwindigkeit vom Buchberggraben-Viadukt stürzte, wobei der Lokführer getötet wurde. Die Maschine musste daraufhin an Ort und Stelle zerlegt werden.

Fünf Loks wurden in den Jahren ab 2000 in der Betriebswerkstatt in St. Pölten Alpenbahnhof abgestellt und teilweise als Ersatzteilspender herangezogen, so dass in Folge nur noch zehn Maschinen zum betriebsfähigen Bestand gezählt wurden. Dreizehn der Lokomotiven wurden offiziell nach Gemeinden an der Mariazellerbahn benannt und mit deren Wappen versehen. Einige trugen zusätzlich vom Personal vergebene Spitznamen, die teilweise ebenfalls auf den Lokkästen angeschrieben waren. Ab Mitte der 1990er-Jahre wurde bei drei Lokomotiven zusätzlich eine Druckluftbremseinrichtung für den Zug eingebaut, um damit bei Bedarf die druckluftgebremsten Triebzüge der Reihe 4090 abzuschleppen. 2007 wurde der Erlebniszug Ötscherbär eingefügt, und die 1099.007, 010 und 013 tragen inzwischen den braunen Ötscherbär-Anstrich. Dadurch verlor die 010 sowie die 013 ihr Wappen. Die 012 bekam das Hofstetten-Grünau-Gemeindewappen. Das Annaberg-Gemeindewappen wurde seit 2007 nicht mehr getragen.

Seit 2010: NÖVOG

Mit Beginn des Winterfahrplanes 2010/2011 am 12. Dezember 2010 gingen die Infrastruktur, die Betriebsführung sowie sämtliche Betriebsmittel der Mariazellerbahn auf die Niederösterreichische Verkehrsorganisationsgesellschaft über, die die Loks vorerst weiterhin als Reihe 1099 betrieb. Das Erscheinungsbild der Lokomotiven änderte sich dadurch nur unwesentlich: Die ÖBB-Logos wurden entfernt und auf jeder Lokseite ein NÖVOG-Schriftzug angebracht, die Fronten blieben zunächst kahl. Die 1099.007 wurde nach einer Teilausbesserung im Mai 2011 zur dritten Ötscherbär-Lokomotive, aber weiterhin mit dem Wappen von Mariazell versehen, wieder in Betrieb genommen.

Durch die sukzessive Auslieferung der neuen, speziell für den Einsatz unter den besonderen Rahmenbedingungen der Mariazellerbahn konstruierten dreiteiligen Triebwagen des Schweizer Triebfahrzeugherstellers Stadler Rail konnten die Loks der Reihe 1099 Ende Oktober 2013 nach mehr als 102 Jahren täglichen, planmäßigen Einsatzes aus dem Plandienst auf der Mariazellerbahn genommen werden. Am 27. Oktober 2013 beförderte die in klassischem Jaffa-Look lackierte und mit einer Gedenktafel versehene 1099.14 den letzten Planzug R 6816 von Mariazell nach St. Pölten Hbf.

Anschließend blieb zumindest der Touristikzug Ötscherbär an Wochenenden bestehen und wurde weiterhin mit den nunmehr wieder als Reihe E bezeichneten Lokomotiven bespannt.

Verbleib

Die 1099.02 sollte als Ausstellungsstück im Technischen Museum in Wien ihren Platz finden und dort mit 102 Jahren die weltweit am längsten im Einsatz gewesene Elektrolok und auch älteste E-Lok im Museum sein, sie befindet sich jedoch seit Jahren unzugänglich in einem Depot des TMW.

Im Mai 2015 wurden die 1099.01, 08, 11 und 16 nach Ober-Grafendorf überstellt. Erstgenannte wurde an den Club Mh.6 verkauft, die anderen drei an ihn verliehen.

1099.03, 05, 09 und 12 wurden an die private Eisenbahnwerkstätte CFI (Calea Ferata Ingusta) in Rumänien verkauft, wo sie äußerlich aufgearbeitet werden sollen. Ein Erhalt als statische Schaustücke ist vorgesehen. Der Fahrzeugkasten der als Ersatzteilspender ausgeschlachteten 1099.04 wurde vom selben Unternehmen erworben und zu einem Fahrradtransportwagen für die Waldbahn Moldovița umgebaut.

Die 1099.006 wurde nach Kirchberg an der Pielach überstellt und steht gemeinsam mit dem Mariazellerbahn-Waggon 3110 „Kirchberg an der Pielach“ als Ausstellungsstück am Kirchberger Bahnhof.

Die 1099.010 (E10) erhielt vor der Sommersaison 2021 ein neues Design in den Farben Gold und Braun, dessen Linienführung an das klassische Jaffa-Design der ÖBB erinnert.

Am 9. September 2021 wurde die 1099.011 durch die 1099.010 (E10) wieder nach St. Pölten Alpenbahnhof überstellt. Sie soll wieder Fahrtüchtig gemacht werden.

Am 9. Februar 2022 gaben die Niederösterreich Bahnen das neue Design der 1099.011 bekannt. Sie wird wieder in das Jaffa-Design gebracht und somit im Betrieb als Nostalgielok verkehren. Außerdem wird sie als E11 verkehren. Wann genau der Einsatz beginnen soll und sie ob auch wieder das Puchenstuben-Wappen bekommt, ist noch unbekannt.