Otmar Scherzer (* 10. Juni 1964 in Vöcklabruck, Oberösterreich) ist ein österreichischer Mathematiker. Er ist Universitätsprofessor für „Computational Science – Mathematische Modellierung und Algorithmik in Anwendungsgebieten“ an der Universität Wien (Doppelprofessur: Fakultät für Informatik und Fakultät für Mathematik).
Scherzer studierte Technische Mathematik an der Universität Linz, wo er 1990 bei Heinz W. Engl promoviert wurde. Er war wissenschaftlich an seiner Heimatuniversität, sowie der Ludwig-Maximilians-Universität München, der Universität Bayreuth und der Universität Innsbruck tätig.
Seine Spezialgebiete sind Inverse Probleme, Bildverarbeitung, Modellierung und Parameter Identification. In diversen Forschungsprojekten beschäftigte er sich unter anderem mit photoakustischer Bildgebung bei Computertomographien und verbesserten Verfahren zur Feinstaubanalyse, sowie zur Radarortung von Lawinenopfern.
Im Jahr 1998 gewann Scherzer den Förderungspreis der Österreichischen Mathematischen Gesellschaft und 1999 den START-Preis des Fonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung (FWF). 2005 wurde ihm der Wissenschaftspreis des Landes Tirol verliehen.