St. Bonifaz liegt in der Stadt, was für ein Benediktinerkloster eher ungewöhnlich ist. Zur materiellen Versorgung der Mönche kaufte Ludwig I. das 1803 säkularisierte Kloster Andechs einschließlich der zugehörigen landwirtschaftlichen Flächen und schenkte es der Abtei; Andechs ist heute ein von St. Bonifaz abhängiges Priorat.

Zwischen 1837 und 1839 entstanden in der Nußbaumstraße Gebäude für die Kongregation, wo bis Anfang 2007 das Mutterhaus der Barmherzigen Schwestern untergebracht war und die am 17. Dezember 2007 an das Klinikum der Universität übergeben wurden. Seit 5. Februar 2007 hat die Kongregation ihren Sitz im neuerrichteten Mutterhaus in Berg am Laim (⊙48.1222911.63004).

Der Orden betreibt in München und Oberbayern drei Krankenhäuser: Krankenhaus Neuwittelsbach, Maria-Theresia-Klinik, Krankenhaus Vinzentinum und sechs Alten- und Pflegeheime: St. Michael, St. Katharina Labouré, Waldsanatorium bei Planegg, St. Adelheid, St. Elisabeth, St. Hildegard. 1907 erwarben die Barmherzigen Schwestern die Adelholzener Alpenquellen im Chiemgau und betreiben damit einen höchst erfolgreichen und modernen Mineralbrunnenbetrieb.

Nach der Wiederzulassung des Ordens in Deutschland 1917 gründete der damalige Provinzial der Jesuiten (und spätere Kardinal) Augustin Bea 1925 die Hochschule für Philosophie München. Bis 1970 war ihr Sitz das „Berchmanskolleg“ in Pullach bei München, dann zog sie in die Nähe der Universität.

Am 31. Juli 2004 wurden die beiden ehemaligen deutschen Provinzen des Jesuitenordens vereinigt. Die neue deutsche Ordensprovinz umfasst das Gebiet von Deutschland, Dänemark und Schweden. Sitz des Provinzialats der Deutschen Jesuiten ist München (⊙48.1585911.59051).

Von 2006 bis 2008 wurden die Klostergebäude umgebaut, seit April 2008 bildet dort das Institut zur Förderung publizistischen Nachwuchses e.V. (ifp) junge Journalisten aus. Die Kapuziner selbst haben für ihre neue Niederlassung das unmittelbar an die Kapelle angrenzende ehemalige Pfarrhaus umgebaut.

Siehe auch: Dreifaltigkeitskirche (München)

Auf Drängen von Kurfürst Maximilian I. wurde ab 1620 in den in Bayern gelegenen Konventen eine Ordensreform hin zu einer strengen Observanz mit strikterer Einhaltung des Armutsgelübdes („Franziskaner-Reformaten“) vollzogen. Als erstem wurde dem Konvent in München von P. Antonius a Galbiato, einem italienischen Reformaten aus der Mailänder Franziskanerprovinz, im Auftrag des Papstes die Observanz aufgezwungen; die Oberen wurden abgesetzt, und die Brüder, die nicht notariell auf alle Einkünfte aus Stiftungen verzichten wollten, mussten das Kloster verlassen. Das Kloster wurde im März 1625 Sitz des Provinzials der neugegründeten Bayerischen Franziskanerprovinz vom heiligen Antonius (Bavaria), die bis dahin eine Kustodie der Straßburger Ordensprovinz Provincia Argentina, auch „Oberdeutsche Provinz“ genannt, gewesen war. Das Patrozinium des Münchner Klosters wurde für die neue Provinz übernommen.

1802 wurde das Kloster aufgelöst. Auf dem ehemaligen Klostergrund am Max-Joseph-Platz stehen heute das Bayerische Nationaltheater und das Residenztheater.

Im Zuge der Gegenreformation und durch Fortsetzung der Politik Albrechts V. durch seinen Sohn Wilhelm V., auch der Fromme genannt, kam es unter letzterem zu zahlreichen Klosterneugründungen. Die ersten zehn Paulanermönche zogen im Herbst 1627 in das ehemalige Basilianerkloster in Neudeck ob der Au ein. Die 1624 berufenen Basilianer mussten noch im gleichen Jahr aufgrund ihres allzu weltlichen Lebenswandels München wieder verlassen. Die Ermahnung des Herzogs, „mehr Fleisch als Geist“ zu sein, bewirkte bei den Mönchen unter Führung des Pater Hilarion nichts. Erst nach sehr sorgsamer Prüfung und auf außerordentliche Fürsprache Kaiser Ferdinands II. berief Kurfürst Maximilian I., der Sohn Wilhelms V., die Brüder vom Orden des hl. Franz von Paola zur Betreuung der Neudecker Pfarrei St. Karl Borromäus. Sie waren den strengsten Ordensregeln unterworfen und durften sich nur von Brot, Fisch, Gemüse und Wasser, gelegentlich auch von Wein und Bier, nicht aber von Fleisch und „allem, was vom Fleische kommt“, also Eiern, Milch, Butter usw. ernähren. Der kurfürstliche Hof stattete die Pfarrei und das Kloster zu Anfang mit einer jährlichen Dotation von 1500 Gulden aus. Im Februar 1629 erfolgte erst die formelle Übergabe des Klosters an die Paulaner, und die sehr ausführliche Stiftungsurkunde vom 24. Februar 1629 wurde von Maximilian I. eigenhändig unterzeichnet. Da der Wein teuer war, ging man zum Bier über. Eine Braukonzession brauchten die Mönche nicht, da Klöster ebenso wie jedermann ihren Privatbedarf an Bier, also „zur eigenen Hausnothdurft“ sieden durften. Bei der Bierherstellung für den Hausgebrauch als Unterstützung der kärglichen Ernährung und dem Brauen eines stärkeren Bieres zur Fastenzeit (hier war die sowieso spartanische Ernährung zusätzlich noch eingeschränkt): Liquidum non frangit jejunum; Flüssiges bricht keine Fasten. Ein kurfürstliches Mandat vom 31. März 1751 erlaubte ausdrücklich einen öffentlichen Bierausschank am Festtag des Ordensgründers des hl. Franz von Paula, am 2. April. Ab 1773 schuf Frater Valentin Stephan Still den Salvator, und das süffige Bier, in günstiger Menge und Preis „schwarz geschenkt“, bringt die Mönche gegen die ansässigen Bierbrauer auf. Die Beschwerden und obrigkeitlichen Verbote wurden vom Kloster jedoch kontinuierlich unterlaufen. Erst 1780 wurde durch Verfügung des Kurfürsten Karl Theodor (vom 26. Februar 1780) der uneingeschränkte Bierausschank gestattet. Kurfürst Ferdinand Maria hatte, auf Fürsprache der den Paulanern besonders gewogenen Kurfürstin Henriette Adelaide, dem Orden das Areal neben dem Neudecker Schlossgarten mit Schenkungsbrief vom 15. April 1668 überlassen. Das dort errichtete Bräuhaus brannte 1714 ab und wurde beim Wiederaufbau nochmals vergrößert. Die vom Kurfürsten Karl Theodor erhobene Kriegssteuer für ein 30000 Mann starkes Heer zur Abwehr der Franzosen konnte von den Klosterbrüdern nicht aufgebracht werden, und sie baten (freilich erst nach dem Fest des hl. Franz von Paula) um Auflösung ihres Klosters (am 23. Juli 1799 vom Kurfürsten dekretiert). Der Weggang der Paulaner tat der Kontinuität der Brauerei jedoch keinen Abbruch. Das Klostergebäude wurde zwar zum französischen Feldspital und ein Jahr darauf zum königlichen Strafarbeitslager umfunktioniert, das Bräuhaus jedoch blieb von einer Zweckentfremdung verschont, auch blieb der Braumeistermönch Sebastian zur Aufrechterhaltung des Sudbetriebes da. Es folgte eine kommissarische Verwaltung der Klosterbräuhauses durch den kurfürstlichen Hofrat Graf Arco von Valley, danach unter der Regie des Johanniter (Malteser-)Ordens. 1806 pachtete Franz Xaver Zacherl die Brauerei zunächst und übernahm sie zum Kaufpreis von 21.000 Gulden 1813 als Eigentümer. 1802 hatte das Paulaner-Brauhaus die „ordentliche und reale Bräugerechtigkeit“ (die Braulizenz) erhalten, welche für die jetzt bürgerliche Brauerei erforderlich wurde. Der Name des Starkbieres „SALVATOR“ taucht (nach Ermittlung des Kaiserlichen Patentamts) erstmals 1808 auf.