Alabama

Am 17. August 2010 wurde bekannt, dass Ely in der Saison 2011 für die Alabama Crimson Tide der University of Alabama spielen würde. Experten wurden von dieser Entscheidung überrascht, da zuvor die Clemson University, die University of Mississippi, die Louisiana State University oder die Wake Forest University als Elys Favoriten galten, welcher sich selbst aber über seine Entscheidung bedeckt hielt. 2012 spielte er in sechs Spielen, wo er 3 von 4 Pässen für 42 Yards und einem Touchdown an seine Mitspieler brachte.

In beiden Jahren gewann er mit den Crimson Tides die nationale Meisterschaft.

Toledo

Zur Saison 2013 wechselte Ely zur University of Toledo. Aufgrund des Wechsels durfte er in dieser Saison nicht spielen. Zur Saison 2014 wurde er vom Head Coach, Matt Campbell, zum Starting-Quarterback der Toledo Rockets ernannt. In seinem Rockets-Debüt gegen die New Hampshire Wildcats konnte er vier Touchdowns werfen und 24 seiner 34 Pässe kamen an. Am zweiten Spieltag konnte er im Spiel gegen die Missouri Tigers die Hälfte seiner 34 Pässe für 204 Yards Raumgewinn komplettieren, bevor er sich gegen Ende des dritten Viertels einen Kreuzbandriss zuzog, der die Saison für ihn beendete. Im selben Jahr machte er seinen Bachelor in Management. Zur Saison 2015 war Ely wieder fit und konnte 226 von 403 Pässen anbringen und 2965 Yards sowie für 23 Touchdowns passen. Nachdem die Rockets trotz einer Bilanz von 10 Siegen und zwei Niederlagen die Divisionmeisterschaft verpassten, nahmen sie am Boca Raton Bowl teil, wo Ely zum Offensive MVP gewählt wurde. Um seinen MBA zu machen, wollte Ely noch ein weiteres Jahr College Football spielen, bekam aber von der NCAA keine Spielberechtigung dafür.