Oberlauf

Der Fluss entspringt im Landkreis Lindau (Bodensee) westlich von Lindenberg im Allgäu noch auf dem Gemeindegebiet von Scheidegg und trägt anfangs den Namen Mühlbach. Der Mühlbach verlässt Lindenberg nordöstlich in einem einsamen Waldtal parallel zur oben verlaufenden ehemaligen Bahntrasse Röthenbach-Lindenberg, biegt nach Süden um, passiert die Fidenmühle und erreicht den Ortsteil Ellhofen-Moos der Marktgemeinde Weiler-Simmerberg. Hier stößt von links der Angerbach aus dem Angertal hinzu und das gemeinsame Gewässer heißt ab hier Rothach. Die Rothach umfließt im Ortsteil Rothach in deutlichem Abstand den Ort Weiler und trifft erst im Ortsteil Bremenried auf den links zufließenden Hausbach, der aus dem gleichnamigen Tobel kommt.

Mittellauf

Die Rothach bestimmt jetzt den gemütlichen Charakter des konstant in südwestlicher Richtung verlaufenden breiten Wiesentales und erreicht die Siebersquelle und Bad Siebers mit seinem im Mittelalter genutzten Heilbad. Die Quelle ist eine staatlich anerkannte Mineralbrunnen und befindet sich seit 1989 im Besitz der Post Brauerei Weiler.

Die Rotach passiert danach den Ortsteil Eyenbach, bleibt in ihrem idyllischen Talgrund von Verkehrswegen unbehelligt und lässt rechts oben den Grenzort Neuhaus (Scheffau) und später links oben Thal liegen. In diesem Bereich bildet die Rotach die Grenze zwischen Deutschland und Österreich.

Unterlauf

Nach dem Unterqueren der Verbindungsstraße Doren-Langen verliert die Flusslandschaft unvermittelt ihren beschaulichen Charakter. Die Rotach stürzt sich als wilder Gebirgsfluss in einen unerschlossenen Waldtobel und mündet als solcher später in die gleichartige Bregenzer Ach. Die Rotach trennt auf diesem unwegsamen Abschnitt formell die Gemeindegebiete von Doren und Langen im vorderen Bregenzerwald. Sie bildet hier im Verbund mit der Weißach und der Bregenzer Ach ein einzigartiges Großraumbiotop. An der Rotach gibt es eine Ursprünglichkeit und ein intaktes Flusssystem von der österreichischen Grenze bis zur Mündung in die Bregenzer Ach.