Auf den Fahrplanwechsel vom 14. Dezember 2008 wurde für die Regionalzuglinien im Kanton Aargau eine S-Bahn-Nummerierung eingeführt. Diese S-Bahn Aargau wurde als Ergänzung zu den benachbarten S-Bahn-Netzen Zürich, Basel und Zentralschweiz konzipiert. Die Liniennummern wurden im 20er Bereich gewählt (mit Ausnahme der S14 Menziken–Aarau–Schöftland), damit keine Konflikte mit den angrenzenden in den Kanton Aargau hineinführenden S-Bahn-Linien entstehen.
Neue Haltestellen wurden nicht gebaut, auch wurde kein neues Rollmaterial beschafft. Es handelt sich im Wesentlichen um eine Neubezeichnung der bereits existierenden Bahnverbindungen. Vereinzelt wurden jedoch gewisse Linienführungen geändert (z. B. Durchbindung Langenthal – Baden) und teilweise auch der Fahrplan verdichtet.
Linien
S 14 Menziken – Aarau – Schöftland (WSB)
- Fahrplan: Montags bis samstags 15-Minuten-Takt bis 21 Uhr, 30-Minuten-Takt bis Mitternacht. Sonntags 30-Minuten-Takt bis Mitternacht
- Rollmaterial: Be 4/4 + ABt oder Bt, ABe 4/8, Be 4/8 (Schmalspurbahn 1000 mm)
- Betrieb durch Wynental- und Suhrentalbahn
S 23 Langenthal – Olten – Aarau – Lenzburg – Brugg – Baden
- Fahrplan: Täglich Stundentakt bis Mitternacht. Montags bis freitags in der HVZ zusätzliche Züge zwischen Langenthal und Olten
- Rollmaterial: NPZ Domino/Stadler Flirt
- Betrieb durch SBB
- Bis Ende 2016 montags bis freitags morgens und abends zusätzliche Züge zwischen Brugg und Lenzburg, welche nun durch die neue S 25 abgedeckt werden
S 25 Brugg – Othmarsingen – Wohlen – Muri
- Fahrplan: Täglich Stundentakt bis 22 Uhr.
- Rollmaterial: Stadler Flirt
- Betrieb durch SBB
S 26 Olten – Aarau/Lenzburg – Wohlen – Muri – Rotkreuz
- Fahrplan: Täglich Stundentakt zwischen Olten und Rotkreuz sowie um eine halbe Stunde versetzt zwischen Lenzburg und Rotkreuz. Montags bis freitags morgens und abends zusätzliche Züge zwischen Muri und Lenzburg.
- Rollmaterial: Stadler Flirt, HVZ-Züge: NPZ Domino
- Betrieb durch SBB
- Zwischen 2008 und 2010 konnten wegen ungenügender Streckenkapazität zwischen Hendschiken und Lenzburg nur die Aarauer S26-Züge über Lenzburg verkehren. Die Zwischenzüge endeten in Othmarsingen, wo auf die Linie S3 oder S23 umgestiegen werden musste.
S 27 Baden – Waldshut / – Bad Zurzach
- Fahrplan: Täglich 30-Minuten-Takt bis Mitternacht
- Rollmaterial: NPZ Domino
- Betrieb durch SBB
- Fahrplan: Täglich 30-Minuten-Takt bis Mitternacht
- Rollmaterial: NPZ Domino
- Betrieb durch SBB
S 29 Sursee – Zofingen – Olten – Aarau – Wildegg – Brugg – Turgi
- Fahrplan: Täglich 30-Minuten-Takt Aarau – Turgi, Sursee – Aarau alle 60 Minuten
- Rollmaterial: NPZ Domino
- Betrieb durch SBB
- Bis Ende 2018 montags bis freitags in der HVZ verlängerte Züge nach Olten und Langenthal, die nun durch die Verlängerung der S 26 nach Olten und Zusatzzüge der S 23 zwischen Olten und Langenthal abgedeckt werden.
- Ende 2019 wurde die S8 Sursee – Olten mit der S29 der S-Bahn Aargau verknüpft. Dadurch hat Zofingen erstmals direkte Züge nach Aarau ohne Umsteigen in Olten.
Weitere S-Bahn-Linien im Aargau
S 1 Basel – Laufenburg / – Frick (S-Bahn Basel)
- Fahrplan: Täglich 30-Minuten-Takt bis Mitternacht, Nachtangebot am Wochenende bis Möhlin
- Rollmaterial: Stadler Flirt
- Betrieb durch SBB
S 6 Baden – Regensdorf-Watt – Zürich HB – Uetikon (S-Bahn Zürich)
- Fahrplan: Täglich 30-Minuten-Takt bis Mitternacht
- Rollmaterial: DTZ
- Betrieb durch SBB
S 9 Luzern – Beinwil am See – Lenzburg (Seetalbahn, S-Bahn Luzern)
- Fahrplan: Montags bis freitags bis 20 Uhr im 30-Minuten-Takt, sonst im Stundentakt
- Rollmaterial: SBB RABe 520 (Stadler GTW)
- Betrieb durch SBB
S 11 Aarau – Lenzburg – Dietikon – Zürich HB – Stettbach – Winterthur – Seuzach/Sennhof-Kyburg (– Wila) (S-Bahn Zürich)
- Fahrplan: Montags bis freitags morgens und abends 30-Minuten-Takt, sonst im Stundentakt. Nachtangebot am Wochenende (SN1)
- Rollmaterial: RABe 511 (Stadler KISS)
- Betrieb durch SBB
S 12 Brugg – Altstetten – Zürich HB – Stadelhofen – Winterthur – Schaffhausen/Wil (S-Bahn Zürich)
- Fahrplan: Täglich 30-Minuten-Takt bis Mitternacht, Nachtangebot am Wochenende (SN1)
- Rollmaterial: DPZ und RABe 511 (Stadler KISS)
- Betrieb durch SBB
S 17 Dietikon – Bremgarten – Wohlen (S-Bahn Zürich)
- Fahrplan: 15-Minuten-Takt montags bis freitags bis 20 Uhr Bremgarten West – Dietikon, täglich 30-Minuten-Takt bis Mitternacht Wohlen – Bremgarten – Dietikon
- Rollmaterial: Stadler Diamant, BDe 8/8, Be 4/8 (diese werden mit der Ablieferung der «Diamant» sukzessive an die WSB übergeben) (Schmalspurbahn 1000 mm)
- Betrieb durch Bremgarten-Dietikon-Bahn
S 19 (Koblenz – Baden –) Dietikon – Zürich HB – Wallisellen – Effretikon (– Pfäffikon ZH) Verkehrt nur Werktags. Koblenz - Dietikon und Effretikon - Pfäffikon ZH nur in Hauptverkehrszeiten (S-Bahn Zürich)
- Fahrplan: Montags bis freitags morgens und abends 60-Minuten-Takt zwischen Koblenz und Dietikon.
- Rollmaterial: DPZ und HVZ-DPZ
- Betrieb durch SBB
S 36 Bülach – Bad Zurzach – Waldshut (S-Bahn Zürich)
- Fahrplan: Täglich Stundentakt
- Rollmaterial: Stadler GTW
- Betrieb durch Thurbo
S 42 (Zürich HB – Dietikon – Wohlen – Muri) Verkehrt nur in Hauptverkehrszeiten. (S-Bahn Zürich)
- Fahrplan: Montags bis freitags morgens und abends 60-Minuten-Takt.
- Rollmaterial: NPZ Domino
- Betrieb durch SBB