Ankunft des ersten Vizekönigs

Am 1. März 1543 wurde Blasco Núñez de Vela zum ersten Vizekönig von Peru ernannt. Er erreichte Ciudad de los Reyes (heute Lima) am 17. Mai 1544 und trat dort sein Amt an. Er ging sofort daran, die Leyes Nuevas unnachgiebig durchzusetzen, während die Real Audiencia von Lima versuchte, mit den Encomenderos über eine allmähliche Einführung der neuen Bestimmungen zu verhandeln.

Schlacht von Iñaquito

Nachdem der Vizekönig in einem Wutanfall Illán Suárez de Carbajal, einen bekannten Konquistador und Bevollmächtigten der Encomenderos, mit einem Dolchstoß ermordet hatte, befahlen die Richter der Audiencia am 18. September 1544 die Festnahme des Vizekönigs. Er sollte als Gefangener unter der Aufsicht des Richters Juan Álvarez nach Spanien gebracht werden.

Am 28. Oktober 1544 besetzte eine Armee der Encomederos die Stadt Ciudad de los Reyes. Gonzalo Pizarro wurde zum Gouverneur, faktisch zum Vizekönig von Peru proklamiert. Dem abgesetzten Vizekönig Blasco Núñez de Vela gelang in Tumbes die Flucht. Im Namen des Königs rekrutierte er eine Armee, mit der er den von Gonzalo Pizarro geführten Rebellen entgegentrat. Am 18. Januar 1546 kam es in Iñaquito (Añaquito) in der Nähe von Quito zu einer Schlacht. Die Armee der Rebellen unter dem Befehl von Gonzalo Pizarro siegte über die königliche Armee. Blasco Núñez de Vela wurde auf dem Schlachtfeld geköpft.

Pedro de la Gasca als Vorsitzender der Audiencia von Lima

Eine der ersten Maßnahmen Gonzalo Pizarros war es, den Hafen von Panama, der damals zum Vizekönigreich Peru gehörte, zu besetzen, sodass der Kontakt mit Spanien überwacht und teilweise unterbunden werden konnte. Der Schaden, den die Krone dadurch erlitt, war sehr groß, denn die Lieferungen von Gold und Silber an den Hof wurden unterbrochen.

Kaiser Karl V. hatte 1543 seinen damals sechzehnjährigen Sohn Philipp zum Regenten in Spanien eingesetzt. Der beriet das Problem mit den Mitgliedern des Indienrates (Consejo de Indias) und des Staatsrates (Consejo de Estado). Am Ende sprach sich nur eine Minderheit für die Entsendung eines Militärexperten aus, um den Aufstand niederzuschlagen und die Siedler exemplarisch zu bestrafen. Die Mehrheit befürwortete den Versuch einen Rechtsgelehrten in das Vizekönigreich zu entsenden, der mit Klugheit und Verhandlungsgeschick die Aufständischen zur Unterwerfung unter die Herrschaft des Kaisers und die Einhaltung der Gesetze bewegen sollte. Kaiser Karl folgte dieser Empfehlung und ernannte am 16. Februar 1546 den Theologen und Rechtswissenschaftler Pedro de la Gasca zum Vorsitzenden der Audiencia von Lima und statte ihn mit umfangreichen Vollmachten aus.

Pedro de la Gasca konnte den Zusammenhalt der Encomenderos dadurch schwächen, dass er bei seiner Ankunft in Panama eine Amnestie für alle, die sich den Truppen des Königs anschlössen, verkündete. Darüber hinaus gab er bekannt, dass Kaiser Karl V. bereits am 20. Oktober 1545 in einer Anordnung verschiedene Regelungen der Leyes Nuevas widerrufen hatte. Im November 1546 erreichte Pedro de la Gasca, dass Pedro Alonso de Hinojosa die königliche Begnadigung für seine bisherige Beteiligung an dem Aufstand annahm und sich mit der ihm unterstehenden Flotte der Aufständischen in Panama den königlichen Truppen anschloss. Am 1. Juli 1547 landeten die königlichen Truppen in Tumbes und zogen in das Tal von Jauja, wo es genug Lebensmittel für einen längeren Aufenthalt einer ständig größer werdenden Menge von Soldaten gab.

Sieg der Rebellen bei Huarina

Die Aufhebung der umstrittenen Teile der Leyes Nuevas und die Amnestie brachten auch den Encomendero Diego Centeno, der zunächst Gonzalo Pizarro unterstützt hatte, dazu, sich wieder königstreu zu verhalten. Ihm schlossen sich eine große Anzahl früherer Anhängern Gonzalo Pizarros an. Am 9. Juni 1547 konnte er Cusco gegen nur geringen Widerstand einnehmen. Er begann dort mit der Organisation einer Armee und wurde vom Stadtrat von Cusco zum Generalkapitän im Namen des Königs gewählt. Für Gonzalo Pizarro, der sich in Lima befand, war die Einnahme Cuscos ein Prestigeverlust. Er entschied sich, Lima zu verlassen und ins Hochland zu marschieren, ohne einen genauen Plan zu haben. Über Boten hatte Diego Centeno Kontakt mit Pedro de La Gasca aufgenommen. Der riet ihm, sich nicht auf eine Schlacht gegen die Truppen Gonzalo Pizarros einzulassen, wenn er nicht absolut sicher sei, diese gewinnen zu können. Aufgrund der zahlenmäßigen Überlegenheit seiner Armee glaubte Diego Centeno an einen Sieg gegen die Aufständischen. Da er selbst an einer Lungenentzündung erkrankt war, übergab er die Führung an den aus Sevilla stammenden Hauptmann Luis de Ribera. Am 20. Oktober 1547 standen sich die zwei Armeen bei Huarina gegenüber. Die Stärke der Aufständischen lag in den etwa 500 Arkebusenschützen, die von dem über achtzig Jahre alten Francisco de Carvajal geführt wurden. Sie konnten dadurch, dass die Schützen mit je drei Arkebusen ausgerüstet waren, ohne nachzuladen Schüsse in kurzer Folge abgeben. Das führte bei dem Gegner zu erheblichen Verlusten. 350 Soldaten Centenos wurden getötet, der Rest konnte sich durch die Flucht retten. Nach seinem unerwarteten Sieg in Huarina zog Gonzalo Pizarro nach Cusco.

Niederlage der Rebellen in der Ebene von Jaquijahuana

Nachdem das Heer der Aufständischen einige Zeit zur Erholung in Cusco verbracht hatte, errichtete es, um der Gefahr einer Belagerung zu entgehen, ein Lager auf der Ebene von Jaquijahuana. Pedro de la Gasca hielt die königliche Armee nun auch für stark genug, um einen Kampf gegen die Aufständischen zu gewinnen. Bei Sonnenaufgang am 9. April 1548 traten beide Seiten zur Schlacht an. Gonzalo Pizarros Armee hatte insgesamt etwa tausend Soldaten. Die von Pedro de Valdivia geführte königliche Armee setzte sich aus siebenhundert Arkebusieren, fünfhundert Pikenieren und mehr als vierhundert berittenen Soldaten zusammen. Die Truppen standen sich gegenüber, es kam praktisch nicht zu Kampfhandlungen. Nach kurzer Zeit ereigneten sich die ersten Desertionen bei den Truppen Gonzalo Pizarros. Viele der Rebellen liefen auf dem Schlachtfeld zu den königlichen Truppen über. Um 11 Uhr versuchte Gonzalo Pizarro einen verzweifelten Angriff. Mit seiner zusammengeschrumpften Truppe hatte er keine Chance. Er wurde gefangen genommen und zusammen mit Francisco de Carvajal und weiteren Offizieren von einem Kriegsgericht zum Tod durch Enthaupten verurteilt.