1943

Die erste Patrouillenfahrt unternahm die Balao ab dem 25. Juli im Seegebiet zwischen Truk und dem Bismarck-Archipel. Ein Großteil des Einsatzes wurde mit Gefechts- und Alarmtauchübungen verbracht, um die Bereitschaft der Mannschaft zu prüfen und zu verbessern. Am 13. September kehrte das U-Boot dann nach Brisbane zurück.

Die zweite Einsatzfahrt führte das Boot ab dem 4. Oktober zusammen mit der Silversides über Tulagi ins Bismarck-Archipel, wo sie die Schifffahrtsrouten zwischen Rabaul und Palau überwachten. Am 17. Oktober griff die Balao einen japanischen Konvoi mit einer Salve aus sechs Torpedos an, denen die Schiffe aber auswichen. Die Begleitschiffe des Konvois belegten das U-Boot mit Wasserbomben, es konnte entkommen, verlor aber den Kontakt zum Konvoi. Bei einem gemeinsamen Angriff mit der Silversides auf einen Konvoi am 23. Oktober wurden drei von sieben Schiffen mit einer gemeinsamen Salve von zehn Torpedos versenkt, bevor die Eskorten das U-Boot beschossen und zum Abtauchen zwangen. Nach einem Tankstopp auf Tulagi lief die Balao nach Truk, wo sie am 4. November zwei weitere Frachter angriff, aber nicht traf. Am 7. November lief sie dann in die Milne Bay ein, wo sie vom U-Boot-Versorger Fulton Treibstoff und Munition übernahm.

Am 6. Dezember lief das Boot erneut aus, die dritte Feindfahrt begann mit Waffenübungen, die zusammen mit dem U-Boot-Bergungsschiff Coucal durchgeführt wurden. Nach weiteren Kommunikations- und Identifizierungsübungen begann am 13. Dezember die eigentliche Einsatzfahrt. Die ersten zwei Wochen verliefen ereignislos, am 27. Dezember jedoch kreuzte ein Kampfverband aus zwei Kreuzern der Mogami-Klasse und zwei Zerstörern der Asashio-Klasse den Kurs des U-Boots. Der Verband lief mit hoher Geschwindigkeit und manövrierte das Boot aus, so dass nur eine Salve von drei Torpedos auf den zweiten Kreuzer abgegeben werden konnte, die aber das Schiff verfehlte.

1944

Am 1. Januar erfasste das Sonar der Balao einen großen Dampfer, der von zwei Eskorten begleitet wurde. Unter dem Schutz einer Regenbö schlich sie sich in die Nähe der Schiffe und schoss sechs Torpedos auf den Dampfer. Drei Torpedos trafen, während das U-Boot abtauchte, um den Wasserbomben der Begleitschiffe auszuweichen. Als es am nächsten Morgen wieder auftauchte, war der Konvoi verschwunden, der Kommandant der Balao war sich sicher, den Dampfer versenkt zu haben. Einige Tage später sichtete man jedoch einen schwer beschädigten Frachter, der sich als das angegriffene Schiff vom 1. Januar herausstellte. Ein weiterer Angriff wurde von den Eskorten abgewehrt, am 7. Januar wurde das U-Boot dann nach Brisbane zurückbeordert, wo es am 15. Januar eintraf.

Nach einigen Reparaturen lief die Balao am 6. Februar wieder aus, diesmal in Richtung Neuguinea, wo sie am 13. Februar ihre Patrouillenfahrten aufnahm. Der erste Feindkontakt fand in der Nacht des 23. Februar statt, als das U-Boot zwei Frachter mit einem kleinen Eskortschiff sichtete. Sechs Torpedos wurden auf den größeren der beiden Frachter abgeschossen, von denen drei ihr Ziel trafen. Nachdem das Eskortschiff abgeschüttelt worden war, kehrte die Balao zur Untergangsstelle zurück, um die Versenkung zu verifizieren. Ein Überlebender wurde gerettet, der bestätigte, dass sein Schiff, die Nikki Maru, nach den Treffern schnell gesunken war. Drei Tage später kam das Boot nicht mehr zum Schuss, da die Gato ihre Torpedos bereits auf den Konvoi abgeschossen hatte und die aufgeschreckten Begleitschiffe die Balao aus dem Seegebiet vertrieben. Am 28. Februar machte der Ausguck Rauch am Horizont aus, kurz nach Mitternacht begann das U-Boot seinen Angriff auf den japanischen Konvoi, der aus drei Frachtern und mehreren leichten Eskorten bestand. Die Salve aus den Hecktorpedorohren löste mehrere schwere Explosionen aus, wegen des dichten Rauchs konnte die Besatzung des U-Bootes nur auf dem Radar verfolgen, wie zwei Kontakte verschwanden. In den folgenden Tagen griff das U-Boot noch mehrmals japanische Frachter an, aber alle Torpedos unterliefen entweder ihre Ziele oder versagten. Da alle Torpedos verschossen waren, fuhr die Balao zunächst in die Langemak Bay, wo sie bei der Coucal Treibstoff und Proviant aufnahm. Anschließend setzte sie ihre Fahrt nach Pearl Harbor fort, wo sie am 19. März eintraf.

Nach umfangreicheren Instandhaltungsarbeiten und einigen Übungen vor der Küste lief das U-Boot am 25. April wieder aus Pearl Harbor aus und kehrte nach einem Tankstopp auf den Midwayinseln in das Einsatzgebiet vor Palau zurück. Am 14. Mai bekam das Boot Kontakt mit einem japanischen Konvoi, ein Angriff auf die Frachter wurde aber von den begleitenden Eskortschiffen verhindert. In den folgenden Tagen machten Probleme mit dem Oberflächensuchradar eine weitere Verfolgung des Konvois unmöglich, so dass die Balao nach neuen Zielen suchte. Am 1. Juni wurde ein Konvoi aus vier Schiffen gesichtet, auf den das Boot eine Salve von sechs Torpedos abschoss. Zwei Torpedos trafen, ein weiterer Angriff wurde dann jedoch durch die Begleitschiffe des Konvois verhindert. Am Abend positionierte sich das Boot für einen erneuten Angriff, wurde aber durch japanische Flugzeuge zum Abtauchen gezwungen und verlor den Kontakt zu den Schiffen. Wegen Treibstoffknappheit fuhr die Balao zum Majuro-Atoll, wo sie beim Versorger Sperry Nachschub bunkerte.

Am 5. Juli begann die sechste Patrouillenfahrt des U-Boots, das Patrouillengebiet lag wieder vor Palau. In den folgenden drei Wochen ergaben sich keinerlei lohnende Kontakte. Am 26. Juli war die Balao dann an der Beschießung der japanischen Stellungen auf Angaur beteiligt und nahm mit ihrem 5-Zoll-Decksgeschütz einen Leuchtturm unter Feuer. Am gleichen Tag rettete die Besatzung des Boots einen notgewasserten Piloten des Trägers Bunker Hill und brachte ihn auf dem Zerstörer Dortch in Sicherheit. Am Folgetag rettete man vor Peleliu zwei weitere Piloten. Zwei Tage später griff die Balao zusammen mit der Drum zwei japanische Sampane an und versenkte sie mit ihrem 5-Zoll-Geschütz. Die Patrouille dauerte bis zum 12. August weiter an, dann fuhr das U-Boot zusammen mit dem Zerstörer Conyngham nach Saipan, von dort wurde es an die US-Westküste beordert, wo es am 20. August zur Generalüberholung im Mare Island Navy Yard ins Dock ging.

Nach den Arbeiten kehrte das U-Boot am 15. November nach Hawaii zurück, von dort brach es am 4. Dezember zusammen mit den U-Booten Spot und Icefish wieder nach Saipan auf. Nach dem Auffüllen der Vorräte und Treibstofftanks begann die Balao ihre siebte Patrouillenfahrt im Gelben Meer.

1945

Die Einsatzfahrt verlief erst ereignislos, am 2. Januar sichtete der Ausguck jedoch die Masten eines Segelschiffs, das mit drei Torpedos versenkt wurde. Am 8. Januar wurde ein weiteres Schiff gesichtet und die Balao ging auf Angriffsposition. Von den abgeschossenen sechs Torpedos trafen drei den vermeintlichen Tanker, der dennoch weiter schwamm. Auch nach drei weiteren Treffern blieb das schwer beschädigte Schiff weiter schwimmfähig. Erst eine dritte Salve aus drei weiteren Torpedos aus nächster Nähe brachten die Daigo Maru, einen Frachter mit 5244 Tonnen, zum Sinken. Die Einsatzfahrt dauerte dann noch bis zum 19. Januar, dann fuhr das Boot nach Guam, um Nachschub aufzunehmen.

Zusammen mit der Tench, der Guardfish und der Sea Devil lief die Balao am 27. Februar ins Ostchinesische Meer aus. Am 9. März griff sie einen kleinen Konvoi an, alle vier Torpedos verfehlten aber ihr Ziel und das U-Boot musste abtauchen, um den Wasserbomben der Eskorten zu entkommen. In den folgenden acht Tagen ergaben sich keine lohnenden Ziele, am 18. März wurde dann ein kleiner Trawler mit dem Deckgeschütz versenkt. Am nächsten Morgen sichtete der Ausguck einen Konvoi aus vier Transportern, der von vier Geleitschiffen begleitet wurde. Zehn Torpedos wurden auf die drei größten Schiffe abgeschossen, von denen vier trafen. Der dichte Rauch und die Dunkelheit machten es unmöglich, die Versenkung zu verifizieren, die Balao erhielt jedoch die Versenkung der Hakozaki Maru, einem Frachter mit 10.413 Tonnen, zugeschrieben. Am Nachmittag griff das Boot dann eine Gruppe von Trawlern an, von denen einer versenkt und drei in Brand geschossen wurden. Am Nachmittag des 21. März verfolgte das U-Boot dann einen weiteren Konvoi, auf den vier Torpedos abgeschossen wurden, die Begleitschiffe, die schon mehrere Annäherungsversuche verhindert hatten, zwangen das U-Boot aber zum Abtauchen, so dass die Ergebnisse des Angriffs nicht verfolgt werden konnten. Am 26. März versenkte die Balao dann den kleinen japanischen Frachter Shinto Maru No. 1 mit ihrem Decksgeschütz, dem Gegenangriff eines kleinen Begleitboots tauchte sie davon und machte sich auf den Rückweg nach Guam. Am 2. April kam es bei einem Nottauchmanöver, das unternommen wurde, um einem japanischen Aufklärungsflugzeug zu entgehen, zu elektrischen Defekten im Turm, da Wasser eindrang. Trotz der Schäden kehrte das Boot am 8. April unversehrt nach Apra Harbor auf Guam zurück.

Die neunte Einsatzfahrt begann am 9. Mai und führte das Boot zurück ins Gelbe Meer, wo es zusammen mit der Dragonet, der Shad und der Spikefish in einem „Wolfpack“ operierte. Von technischen Problemen geplagt, machten die Boote nur wenige lohnende Ziele aus. Am 19. Mai schoss die Balao drei Torpedos, die das Ziel, einen mittleren Frachter, aber verfehlten, stattdessen aber eine kleine Dschunke versenkten. Am 23. Mai fielen die hinteren Tiefenruder aus und das Boot erhielt Befehl, nach Pearl Harbor zurückzukehren. Auf dem Weg wurden zwei kranke Besatzungsmitglieder anderer Boote aufgenommen und am 3. Juni auf Midway an Land gebracht. Vier Tage später lief das U-Boot in Pearl Harbor ein.

Nach abgeschlossenen Reparaturen lief das Boot am 7. Juli zur zehnten Patrouillenfahrt aus, das Einsatzgebiet lag diesmal westlich der japanischen Hauptinsel Honshū. Als Begleitschiff für die Flugzeugträger eingeteilt, wurden vier Piloten aus dem Wasser gerettet, japanische Schiffe wurden kaum noch gesichtet. Lediglich ein kleines Wachboot wurde am 14. August versenkt, ein weiteres beschädigt. Am 15. August traf der Befehl ein, das Feuer einzustellen, die Balao übergab die geretteten Marineflieger an die Peto und machte sich auf den Weg nach Hawaii, wo sie am 25. August eintraf. Am 31. August verließ sie Pearl Harbor wieder und fuhr nach Staten Island, wo das Boot noch einmal überholt wurde. Bis zur Außerdienststellung am 20. August 1946 verließ das Boot den Hafen nicht mehr, im Anschluss wurde es nach New London geschleppt, wo es der Reserveflotte zugeteilt wurde.

Die Balao hat während ihres Einsatzes im Pazifik sechs größere japanische Schiffe mit insgesamt 32.108 BRT versenkt, dazu kamen kleinere Schiffe sowie ein japanisches Vorpostenboot mit 1100 BRT, die mit dem Geschütz versenkt wurden. Sie erhielt neun Battle Stars für ihren Einsatz.