Fußball-Bayernliga 2005/06

Die Saison 2005/06 der Bayernliga war die 61. Spielzeit der Fußball-Bayernliga und die zwölfte als vierthöchste Spielklasse in Deutschland. Der Meister und Aufsteiger in die Regionalliga wurde der FC Ingolstadt 04 mit elf Punkten Vorsprung auf die zweite Mannschaft des 1. FC Nürnberg.

Die Abstiegsplätze belegten der 1. FC Passau und die SG Quelle Fürth. Der FC Kempten stieg als dritte Mannschaft in den Relegationsspielen mit den Vizemeistern der Landesliga Bayern ab. Der vierte Absteiger war die zweite Mannschaft des SSV Jahn Regensburg, die aufgrund des Abstiegs der ersten Mannschaft der Regensburger von der Regional- in die Bayernliga zwangsabsteigen musste.

Aus den drei Staffeln der Landesliga Bayern stiegen die SpVgg Weiden, die SpVgg Bayern Hof und der SV Heimstetten als jeweilige Staffelsieger auf. Über die Relegationsspiele qualifizierte sich der 1. FC 01 Bamberg als vierter Aufsteiger. Die Absteiger aus der Regionalliga Süd waren der SSV Jahn Regensburg und die SpVgg Bayreuth, die keine Regionalliga-Lizenz erhalten hatte. Die Bayernliga spielte in der folgenden Saison mit 19 Mannschaften.

Der Torschützenkönig wurde Petr Stoilov vom 1. FC Kötzting mit 17 Treffern.

Der Aufsteiger 1. FC 01 Bamberg spielte nach einer Fusion in der Sommerpause unter dem Namen 1. FC Eintracht Bamberg. Der 1. FC Kötzting übernahm in der Sommerpause den Namenszusatz Bad, den die Stadt im Dezember 2005 erhalten hatte, in den Vereinsnamen und spielte als 1. FC Bad Kötzting.