Fußball-Bayernliga 2006/07

Die Saison 2006/07 der Bayernliga war die 62. Spielzeit der Fußball-Bayernliga und die 13. als vierthöchste Spielklasse in Deutschland. Der Meister und Aufsteiger in die Regionalliga wurde der SSV Jahn Regensburg mit zwölf Punkten Vorsprung auf die zweite Mannschaft der SpVgg Greuther Fürth. Den Regensburgern gelang damit den direkten Wiederaufstieg in die Regionalliga.

Der Aufsteiger 1. FC 01 Bamberg spielte nach einer Fusion in der Sommerpause unter dem Namen 1. FC Eintracht Bamberg. Der 1. FC Kötzting übernahm in der Sommerpause den Namenszusatz Bad, den die Stadt im Dezember 2005 erhalten hatte, in den Vereinsnamen und spielte als 1. FC Bad Kötzting.

Die sportlichen Absteiger waren der VfL Frohnlach, SC Fürstenfeldbruck, die zweite Mannschaft von Wacker Burghausen und der 1. SC Feucht. Über die Relegationsspiele mit den Vizemeistern der Landesliga Bayern schaffte der TSV Großbardorf den Klassenerhalt.

Aus den drei Staffeln der Landesliga Bayern stiegen der 1. FC Schweinfurt 05, die SpVgg Ansbach 09 und der FC Kempten als jeweilige Staffelsieger auf. Über die Relegationsspiele qualifizierte sich die TSG Thannhausen als vierter Aufsteiger. Die Bayernliga spielte in der folgenden Saison wieder mit der Regelteilnehmerzahl von 18 Mannschaften.

Der Torschützenkönig wurde Peter Heyer vom 1. FC Eintracht Bamberg mit 27 Treffern.