E-Netz Regensburg mit Donautalbahn

Im November 2007 gewann die HHA die Ausschreibung des E-Netzes Regensburg, das insgesamt 5,5 Mio. Zugkilometer pro Jahr auf den Strecken von Regensburg nach Neumarkt in der Oberpfalz, Plattling, Landshut, Ulm und Ingolstadt umfasst. Das von DB Regio Bayern veranlasste Nachprüfungsverfahren wurde am 21. Mai 2008 vom Oberlandesgericht München zurückgewiesen. Entsprechend erteilte die Bayerische Eisenbahngesellschaft (BEG) der HHA den Zuschlag. Für den Verkehr wurden insgesamt 26 neue Alstom Coradia-Continental-Triebzüge beschafft.

Netz Regensburg/Donautal

Im Juni 2021 wurde das Vergabenetz Regensburg/Donautal von der BEG für den Zeitraum von 2022 bis 2036 an die agilis Eisenbahngesellschaft vergeben. In der ersten Betriebsstufe ab Dezember 2022 bleibt das Liniennetz zunächst unverändert, es verkehren jedoch zusätzliche Züge spätabends und im Berufsverkehr. Ab Dezember 2024 wird das Netz um eine stündliche Regionalexpresslinie von Nürnberg nach Regensburg ergänzt. Alle zwei Stunden wird die Linie nach Plattling verlängert und ersetzt auf diesem Abschnitt bestehende Linien. Außerdem wird die Linie RB 17 über Ingolstadt Audi nach Gaimersheim verlängert. Alle Fahrzeuge bieten seit 2022 kostenfreies WLAN und eine automatisierte Fahrgastzählung an den Ein- bzw. Ausstiegstüren. Neben den Bestandsfahrzeugen des Typs Coradia Continental von Alstom wird agilis laut eigenen Angaben für die Regionalexpresslinie Nürnberg–Regensburg und die Regionalbahnlinie Neumarkt–Plattling zusätzliche Neufahrzeuge des Typs Mireo von Siemens beschaffen.

Dieselnetz Oberfranken

Nach dem Gewinn der Ausschreibung des E-Netzes Regensburg erhielt BeNEX auch bei der Ausschreibung des Dieselnetzes Oberfranken im Oktober 2008 den Zuschlag. Der Betrieb wurde zweistufig im Juni 2011 und im Dezember 2012 auf zahlreichen nicht elektrifizierten Haupt- und Nebenbahnen zwischen Bad Steben, Weiden, Bamberg und Bad Rodach aufgenommen. Die Neigetechnik-Verbindungen und die Alex-Züge sind davon nicht betroffen. Das Verkehrsvolumen beläuft sich auf vier Millionen Zugkilometer jährlich, und der Vertrag läuft bis Ende 2023. Damit wurde das vorherige Angebot um ein Drittel erhöht, sodass auf fast allen Strecken ein durchgängiger Stundentakt gefahren wird.

Auch die Ausschreibung für die Zeit von Ende 2023 an hat Agilis für sich entschieden. Das Bahnunternehmen wird künftig auch die Strecken von Hof nach Gutenfürst und Cheb bedienen. Generell sind mehr Verbindungen für die Region Hof geplant, auch in Hinblick auf den neuen Bahnhof Mitte in Hof.

Regensburger Stern

Zum Fahrplanwechsel am 12. Dezember 2010 nahm die agilis Eisenbahngesellschaft den Betrieb des Regensburger Sterns in einer ersten Stufe auf. Agilis ersetzt seitdem die Regionalbahnleistungen von DB Regio auf den Strecken Neumarkt in der Oberpfalz – Regensburg – Plattling, Regensburg – Ingolstadt und Ulm – Regensburg – Landshut. Das bestehende Angebot wurde verdichtet und vor allem in den Früh- und Abendstunden ergänzt, wobei aber meist Züge mit weniger Sitzplätzen eingesetzt wurden als zuvor bei DB Regio. Die Strecken werden überwiegend im Stundentakt, im Schul- und Berufsverkehr teilweise auch in einem 30-Minuten-Takt bedient. Zum Fahrplanwechsel im Dezember 2011 wurde das Netz von Ingolstadt bis Ulm erweitert („zweite Stufe“). Neben gewöhnlichen Regionalzügen mit allen Unterwegshalten („ag“) verkehren Express-Züge als „as“ (agilis Schnellzug) von Regensburg nach Ulm im 4-Stunden-Takt an Werktagen und im 2-Stunden-Takt an Wochenenden (alternierend mit 2-Stunden-Takt der normalen „ag“-Züge). Der Betrieb läuft im gesamten Netz mit Zügen des Typs Alstom Coradia Continental, bei den meisten Fahrten werden Zugbegleiter eingesetzt. Die Ansagen und Hinweise werden von Bernhard Fleischmann gesprochen.

Die als Schnellzüge bezeichneten Züge gelten als Nahverkehrszüge und können mit Nahverkehrsfahrkarten wie etwa dem Bayern-Ticket benutzt werden.

Der Regensburger Stern besteht aus den folgenden Strecken:

Die jährliche Kilometerleistung in diesem Netz beträgt 5,5 Millionen Kilometer.

Seit dem Fahrplanwechsel am 13. Dezember 2015 fahren die agilis-Züge montags bis freitags aus beiden Richtungen (Donauwörth/Ulm und Regensburg) auch Ingolstadt Nord an, um die Anbindung des Audi-Werks zu verbessern. Dafür entfielen einige nur schwach genutzte Express-Züge.

Dieselnetz Oberfranken

Am 12. Juni 2011 übernahm die agilis Verkehrsgesellschaft den Betrieb auf den nicht-elektrifizierten Nahverkehrsstrecken in Oberfranken um die Städte Bamberg, Bayreuth, Coburg und Hof. Dort sind 38 Züge des Typs Stadler Regio-Shuttle RS1 im Einsatz. Der Verkehrsvertrag läuft bis 2023. Bis 2011 hatte DB Regio die Strecken bedient.

Von Betriebsstart am 12. Juni an mussten auf drei Strecken am Wochenende Züge durch Busse ersetzt werden, weil sich bei agilis nicht genügend Triebfahrzeugführer beworben hatten und nicht genügend Leihlokführer gefunden werden konnten. Seit dem Fahrplanwechsel am 11. Dezember 2011 verkehren jedoch planmäßig auf allen Linien wieder Züge. Im Sommer 2019 musste agilis auf der Strecke Forchheim – Ebermannstadt erneut Busse einsetzen.

Im Gegensatz zum Netz agilis Mitte sind die Züge auf den Linien agilis Nord (Oberfranken) mit Fahrscheinautomaten ausgestattet.

Das Dieselnetz Oberfranken umfasst die Strecken:

Bei den Regionalbahnen gab es ursprünglich folgende durchgängige Verbindungen:

Im August 2012 gab der Aufgabenträger, die Bayerische Eisenbahngesellschaft (BEG), bekannt, dass das Dieselnetz der agilis in Oberfranken das beste unter den fünfzehn Regionalnetzen Bayerns sei; im Juli 2020 sicherte sich das agilis-Netz Nord bereits zum achten Mal in Folge mit 100 von 100 möglichen Punkten den ersten Platz unter den inzwischen 30 Wettbewerbsnetzen in Bayern.

Für die anhaltend guten Ergebnisse im Qualitätsranking wurde agilis im Dezember 2018 vom Bayerischen Staatsministerium für Wohnen, Bau und Verkehr mit dem Bayerischen Eisenbahnpreis ausgezeichnet.