1901–1920: Anfangsjahre

Am 15. Februar 1901 wurde der Klub unter dem Namen Sport Alianza von einer Gruppe junger Männer, welche im Pferdestall Alianza des ehemaligen peruanischen Präsidenten Augusto Leguía y Salcedo arbeiteten, gegründet. Das erste Trikot des neuen Vereins war grün-weiß längsgestreift, angelehnt an die Uniformen von Pferde-Jockeys. Etwas später änderte man das Trikot und verwendete die noch heute üblichen Farben dunkelblau und weiß. Elf Jahre nach Gründung, also 1912, schloss sich Alianza der peruanischen Amateurliga an. Bereits 1918 konnte die Mannschaft ihren ersten Meistertitel feiern. Man spielte damals vor allem gegen weitere Teams aus der Hauptstadt Lima und der Hafenstadt Callao. Besonders die Partien gegen Club Atlético Chalaco entwickelten sich zu einer großen Rivalität und Beliebtheit. Von Beginn an erfreute sich der Verein großer Popularität und einer ständig wachsenden Fanzugehörigkeit.

1921–1940: Umbenennung in Alianza Lima

Während der Anfangszeiten, in denen die Mitspieler auf Grund der wechselnden Belegschaft des Pferdestalls sowie der Ortschaften, in denen sie eingesetzt waren, häufig wechselten, beschloss der Vorstand 1928 in der Manco Capac Avenue, im Stadtteil La Victoria ein eigenes Vereinsheim einzurichten. Im selben Zug änderte man den Namen in Alianza Lima. Noch im gleichen Jahr spielte das Team erstmals gegen Federación Universitaria , welche sich später in Universitario de Deportes umbenannten. Zwischen beiden entwickelte sich eine große Konkurrenz und mit der Zeit entstand daraus das Superclásico Peruano, das größte Derby des Landes.

Die 1930er Jahre waren für den Verein sehr erfolgreich. In den Jahren 1931, 1932 und 1933 gewann der Hauptstadtklub drei Mal in Folge die nationale Meisterschaft, was noch nie zuvor einer peruanischen Mannschaft gelang. Doch 1938 folgte eine große Enttäuschung und Alianza stieg in die Zweitklassigkeit ab. Bereits zur Folgesaison stieg man wieder auf und blieb bis zum Abstieg 2020 in der ersten Liga.

1941–1980: Erfolgreiche Jahrzehnte

Während der 1940er, 1950er, 1960er und 1970er gewann das Team zehn Ligatitel. 1963 nahm der Klub erstmals an der 1960 eingerichteten Copa Libertadores teil. Bei der ersten internationalen Teilnahme wurde man zusammen mit dem brasilianischen Klub Botafogo FR und dem kolumbianischen Verein CD Los Millonarios in Gruppe A gelost. Mit einem Sieg, einem Unentschieden und zwei Niederlagen, schaffte man es allerdings nicht sich für die Folgerunde zu qualifizieren. Im Jahr darauf gewann die Mannschaft nicht ein Spiel in der Copa Libertadores und auch in den Spielzeiten 1966 und 1972 scheiterte das Team bereits in der Vorrunde. Erst 1976 feierte der Klub erstmals den Einzug in die Zwischenrunde, schied dort aber gegen LDU Quito aus Ecuador und das brasilianische Team von Cruzeiro Belo Horizonte aus. Zwei Jahre folgte das gleiche Schicksal. 1979 kassierte Alianza in der Vorrunde zwanzig Gegentore in sechs Spielen. Kein Spiel wurde gewonnen oder ein Unentschieden erreicht. Die wohl schlimmste Niederlage setzte es dabei beim 3:6 am ersten Spieltag, dem 24. Februar 1979, gegen Ligarivalen Universitario de Deportes. Einzig der bolivianische Verein Club Jorge Wilstermann in Gruppe zwei wies ein schlechteres Torverhältnis auf.

1981–1990: Magere Jahre und Totalverlust der Mannschaft bei Flugzeugabsturz

Die 1980er Jahre waren nicht mehr so von Erfolg geprägt wie die Jahrzehnte davor. Mit Sporting Cristal kam ein weiterer starker Konkurrent, der ständig um den Ligatitel kämpfte. Zudem schnappte sich dieser gute Spieler und lockte auch einige aus dem Kader von Alianza an. 1978 gab es den letzten Meisterschaftserfolg. 1987 sah alles nach einem erneuten Titelgewinn für Alianza aus. Kurz vor Ende der Saison stand der Klub auf Platz eins in der Primera División Peruana, doch eine Katastrophe verhinderte diesen Erfolg. Am 7. Dezember des Jahres reiste die Mannschaft zum Auswärtsspiel nach Pucallpa, welches sie mit einem Tor von Carlos Bustamante gewann. Am Tag darauf flog die Mannschaft in einem Flugzeug Typ Fokker F-27 zurück nach Lima. Kurz vor der Küste stürzte es in den Ozean. Alle Spieler, Trainer und Betreuer verstarben bei diesem Unglück. Einziger Überlebender war der Pilot. Alianza beendete die Saison mit Jungspielern und geliehenen Akteuren vom chilenischen Klub CSD Colo-Colo. Zwischen beiden Teams entstand daraus eine große Fanfreundschaft. Alianza schaffte es nicht den Klub auf Rang eins zu halten und man musste dem großen Rivalen Universitario de Deportes den Vortritt lassen. Um einen Neuaufbau zu starten, reaktivierte man einige Spieler wie Teófilo Cubillas und César Cueto, um so wieder an erfolgreichere Zeiten anknüpfen zu können. 1988 sicherte sich Alianza erst spät den Klassenerhalt. In den Folgejahren regenerierte sich das Team.

1991–2000: Zurück zum Erfolg

1997, erstmals seit 1978, gewann Alianza wieder die Meisterschaft unter dem damaligen Trainer Jorge Luis Pinto. 18 Jahre mussten Fans und Spieler auf diesen Triumph warten. In der Copa Libertadores 1998 zog man ins Achtelfinale ein, scheiterte dort aber an Peñarol Montevideo aus Uruguay nach Elfmeterschießen. 1999 feierte das Team die Vizemeisterschaft, außerdem erreichte man das Halbfinale der Copa Merconorte. Anfang des Jahres 2000 starb der damalige Mannschaftskapitän Sandro Baylón bei einem Autounfall, was den Klub ein weiteres tragisches Ereignis brachte.

2001–heute: Hundertjahrfeier und Gegenwart

Im Jahre 2001 begannen die Feierlichkeiten zur 100-Jahr-Feier des Klubs. Im gleichen Jahr belohnte sich die Mannschaft selbst und beschenkte sich mit der Meisterschaft. 2003 und 2004 wiederholte Alianza diese Erfolge unter der Leitung von Gustavo Costas.

National

• Peruanische Meisterschaft
  • Meister (25): 1918, 1919, 1927, 1928, 1931, 1932, 1933, 1948, 1952, 1954, 1955, 1962, 1963, 1965, 1975, 1977, 1978, 1997, 2001, 2003, 2004, 2006, 2017, 2021, 2022
  • Vizemeister: 1930, 1934, 1935, 1937, 1943, 1953, 1956, 1961, 1964, 1971, 1982, 1986, 1987, 1993, 1994, 1996, 1999, 2009, 2011, 2018, 2019

International

Alianza Lima erreichte zweimal das Halbfinale in der Copa Libertadores (1976, 1978) und einmal das Halbfinale in der Copa Merconorte (1999).