Im Verein

Annika Lott erlernte das Handballspielen in ihrer Geburtsstadt beim SV Henstedt-Ulzburg. Nachdem Lott als damalige C-Jugendliche in der Saison 2013/14 für die B-Jugend der JSG Alstertal/Norderstedt aufgelaufen war, kehrte sie wieder zum SV Henstedt-Ulzburg zurück. Mit dem SVHU gewann sie 2015 die Bronzemedaille bei der deutschen B-Jugendmeisterschaft. Im Jahre 2016 wechselte die Rückraumspielerin zu Bayer 04 Leverkusen. Ein Jahr später wurde Lott mit der A-Jugend deutsche Vizemeisterin und wurde zusätzlich zur besten Spielerin des Final-Four-Turniers gewählt. 2018 gewann sie mit Bayer 04 Leverkusen die deutsche A-Jugendmeisterschaft. Zusätzlich lief sie ab 2016 für die 2. Mannschaft von Bayer 04 Leverkusen in der 3. Liga auf.

Lott wechselte zur Saison 2018/19 zum deutschen Bundesligisten Buxtehuder SV. Bei ihrem Bundesligadebüt am 8. September 2018 erzielte sie sechs Treffer. Seit der Spielzeit 2022/23 läuft sie für den Thüringer HC auf. Lott gewann mit 86 Treffern die Torschützenkrone der EHF European League 2022/23. Ab dem Sommer 2024 steht sie beim französischen Erstligisten Brest Bretagne Handball unter Vertrag.

In Auswahlmannschaften

Lott lief für die deutsche Jugend- sowie Juniorinnennationalmannschaft auf. Mit diesen Auswahlmannschaften nahm sie an der U-17-Europameisterschaft 2015, an der U-19-Europameisterschaft 2017 und an der U-20-Weltmeisterschaft 2018 teil. Am 3. Oktober 2020 gab Lott ihr Debüt in der deutschen Nationalmannschaft. Im Spiel gegen die Niederlande erzielte sie einen Treffer.