Von der Gründung bis zum 19. Jahrhundert

Das Straßendorf wurde im 13. Jahrhundert durch bäuerliche Siedler auf dem Barnim angelegt. Die erste schriftliche Erwähnung folgte am 26. Juni 1370 in einer Urkunde Markgraf Ottos des Faulen. Von dem Wappen der Landgemeinde Falkenberg sind keine bildlichen Darstellungen erhalten geblieben. Nach Beschreibungen wurde es nach dem Siegel der Gemeinde gestaltet und zeigt eine Getreidegarbe mit aufrecht gekreuzten Dreschflegel, Sense und Rechen. Dieses Wappenbild ist nicht mittelalterlichen Ursprungs.

Im Jahr 1791 wurde Falkenberg von Marie-Elisabeth von Humboldt – der Mutter von Wilhelm und Alexander von Humboldt – erworben. Sie kaufte das Gut von einem Oberstleutnant von Lochau. Frau von Humboldt ließ 1795 die alte Dorfkirche durch den Berliner Baumeister Paul Ludwig Simon im Stil des Klassizismus umgestalten und mit einem steinernen Turm in ägyptisierenden Formen versehen. In ihr fand sie nach ihrem Tod im Jahr 1796 mit knapp 55 Jahren auch ihre letzte Ruhe – zusammen mit ihrem Gatten Alexander Georg von Humboldt und ihrem ersten Ehemann Friedrich Ernst von Holwede (1723–1765) sowie einer früh verstorbenen Tochter aus erster Ehe. Das Gut Falkenberg erbte Ferdinand von Holwede, der Sohn aus erster Ehe. Dieser verkaufte es 1804 an ein Mitglied der Familie von Alvensleben. 1875 erwarb die Stadt Berlin das ehemalige Rittergut zur Anlage von Rieselfeldern, zu dem seit den 1880er Jahren das Vorwerk Neu-Ahrensfelde im Südosten gehörte.

Falkenberg im 20. Jahrhundert

Die Eingemeindung folgte 1920 durch das Groß-Berlin-Gesetz; Falkenberg war nunmehr ein Ortsteil des neu geschaffenen Bezirks Weißensee.

In den 1930er- und 1940er-Jahren gab es nur geringfügige Erweiterungen im Gebiet des alten Dorfes, so wurden lediglich einige Siedlungen in Richtung Ahrensfelde sowie die katholische Kirche St. Konrad von Parzham neu gebaut. Am 21. April 1945, wenige Tage vor dem Einmarsch der Roten Armee sprengten Wehrmachtsangehörige die über 700 Jahre alte Dorfkirche. Anders als in den umliegenden Ortschaften betraf die Sprengung nicht nur den Turm, der oftmals als Orientierung diente. Die Familiengruft von Marie Elisabeth von Humboldt auf dem alten Kirchhof – nahe dem Gutspark – wurde 1969 neben den Resten der zerstörten Feldsteinkirche zugemauert und mit einer Gedenkmauer versehen. Die erhalten gebliebenen Sargtafeln der Gruft und die Kirchenfahne von 1795 sind in dem 2000 errichteten Neubau der evangelischen Kirche zu Wartenberg im heutigen Ortsteil Neu-Hohenschönhausen untergebracht.

Als der Bau von Großwohnsiedlungen in Ost-Berlin begann, wurde Falkenberg kaum davon betroffen. Der Ortsteil lag außerhalb des Interesses der städtischen Entwicklung. In diesem Zusammenhang wurde 1979 ein kleines Gebiet mit dem Bahnhof Ahrensfelde nach Berlin-Marzahn eingegliedert. Am 1. September 1985 wurde Falkenberg zusammen mit den Ortsteilen Hohenschönhausen, Malchow und Wartenberg aus dem Bezirk Weißensee herausgelöst und zu dem neuen Bezirk Hohenschönhausen zusammengefasst.

Im Zuge der großstädtischen Entwicklung wurden die Rieselfelder hier und in der Umgebung 1968 durch ein modernes Klärwerk ersetzt. Das Klärwerk Falkenberg im heutigen Bezirk Marzahn-Hellersdorf diente neben seiner Hauptfunktion als Wasserreinigungsanlage auch als Wasserspender für den kleinen Fluss Wuhle.

Der Ortsteil ab 1990 und im 21. Jahrhundert

Im Jahr 1998 konnte der Schulneubau des Barnim-Gymnasiums eröffnet werden. Am 1. Januar 2001 kam Falkenberg durch die Bezirksreform wie die anderen Ortsteile Hohenschönhausens zum Bezirk Lichtenberg. Im gleichen Jahr eröffnete das Tierheim Berlin hier einen kompletten Neubau. Durch seinen architektonisch reizvollen Bau ist die Anlage immer wieder auch für Filmregisseure von Interesse. Der bis dahin südliche Teil von Falkenberg, der sich spitzwinklig bis an den S-Bahnhof Gehrenseestraße erstreckte, kam 2002 zu Neu-Hohenschönhausen. Das davon mitbetroffene Neubauviertel wird im Volksmund dennoch weiterhin als Neubaugebiet Falkenberg bezeichnet. Auch die benachbarten Falkenberger Krugwiesen gehören seitdem nicht mehr zu dem namensgebenden Ortsteil. Im neugestalteten Wappen des Bezirks Lichtenberg (siehe unten) ist der Ortsteil durch eine der drei goldenen Ähren symbolisiert, die für die drei historischen Dorfkerne von Malchow, Wartenberg und Falkenberg stehen.

Im Jahr 2003 wurde die Kläranlage geschlossen und die Abwässer aus ihrem Einzugsgebiet werden von den moderneren Klärwerken in Waßmannsdorf und Schönerlinde gereinigt. Kritiker befürchteten, dass die Wuhle daraufhin austrocknen könnte, was bis zum Jahr 2012 nicht passierte.

Seit 2016 wird zwischen Gehrensee und Ahrensfelder Chaussee von den kommunalen Wohnungsbaugesellschaften Howoge, Gewobag und Gesobau ein Neubauviertel mit 1200 neuen Wohnungen errichtet. Daher wird sich die Bevölkerungszahl des Ortsteils binnen weniger Jahre mehr als verdoppeln.