Als Aktiver

Freund begann seine Karriere 1989 beim ESV Saalfelden. 1991 wechselte er in die Jugend des SV Austria Salzburg. Zur Saison 1996/97 wurde er in die Amateurmannschaft der Salzburger hochgezogen. 1997 schloss er sich dem SC Kundl an.

Zur Saison 1999/2000 wechselte er zum Zweitligisten WSG Wattens. Sein Debüt in der zweiten Liga gab er im Juli 1999 am zweiten Spieltag jener Saison, als er gegen den SV Wörgl in der Startelf stand. In der Saison 2000/01 musste Freund mit den Wattenern in die Regionalliga absteigen. Nach dem Abstieg wechselte er zum Zweitligisten SC Untersiebenbrunn. Nach einer Saison in Niederösterreich wechselte er in die Regionalliga West zum ASVÖ FC Puch.

2003 schloss er sich dem Landesligisten FC Zell am See an. Mit Zell am See konnte er 2004 in die Regionalliga aufsteigen. 2005 ging er zum Landesligisten SV Grödig. 2006 wechselte Freund zum SC Leogang, bei dem er schließlich 2013 seine Karriere auch beendete.

Nach der aktiven Zeit

Freund wurde 2006 Teammanager des FC Red Bull Salzburg. Im Winter 2012 wurde er Sportkoordinator. Zur Saison 2015/16 wurde er Nachfolger von Ralf Rangnick als Sportdirektor. In seinen acht Spielzeiten im Amt holte Salzburg jedes Mal den Meistertitel und wurde sechsmal Cupsieger. Zudem qualifizierte sich der Verein erstmals für die UEFA Champions League und erreichte dort 2021/22 mit der Qualifikation für das Achtelfinale den Höhepunkt der Klubgeschichte. Unter seine Ägide in Salzburg fallen zudem die Rekord-Verkäufe von Spielern wie Dominik Szoboszlai, Brenden Aaronson oder Karim Adeyemi.

Im Juli 2023 wurde bekanntgegeben, dass Freund Salzburg nach 17 Jahren verlassen und zum deutschen Serienmeister FC Bayern München wechseln wird. Freund beendet allerdings zunächst noch die Transferzeit der Salzburger und wechselt anschließend im September 2023 als Nachfolger von Hasan Salihamidžić zu den Münchnern.