Nach der Plantation

Der Besitz an Cloughoughter Castle wurde dem Kriegsveteranen Hugh Culme in der erzwungenen Plantation von Ulster garantiert. Culme wohnte dummerweise nicht in der Burg, sondern ließ ein neues Wohnhaus am nahegelegenen Seeufer bauen. Die Burg wurde weiter befestigt und als Zeughaus, aber nicht für Wohnzwecke, genutzt. Culme erachtete es als ausreichend sicher, am nahegelegenen Seeufer zu wohnen. Leider hatte er sich darin getäuscht, denn er wurde später zusammen mit einer großen Zahl seiner Siedlerkollegen in seinem eigenen Zeughaus eingesperrt.

In der irischen Rebellion von 1641 gelang Philip O’Reilly, zu dieser Zeit Parlamentsabgeordneter für das County Cavan und geheimer Führer der irischen Revolutionäre, durch eine Verschwörung, Hugh Culme festzusetzen und die Kontrolle über die Burg zu erlangen. In dieser letzten Phase ihrer Nutzung diente die Burg als Gefängnis. Dort waren Culme und andere fremde Siedler jahrelang eingesperrt.

1649 starb Owen Roe O’Neill, der Befehlshaber der Ulster Army, auf der Burg. Für die letzten Jahre der Rebellion behielt O’Reilly sie als Inselfestung; insgesamt hatte er sie zwölf Jahre in Besitz, bis sie belagert wurde. Schließlich hatten die britischen Kräfte Cromwells die Armeen der Iren besiegt, verlegten die Verteidigungslinien an den See zurück, eroberten das Seeufer und bombardierten die Burg von Positionen im Gemeindegebiet von Innishconnel aus. Als die Burg schließlich fiel und die Iren im März 1653 gefangen genommen wurden, war dies die letzte Festung der Rebellen, die fiel.

Die Burg lag in Ruinen und wurde im 18. und 19. Jahrhundert häufig ein Motiv für Künstler. Ihre Erscheinung wurde 1852 in der im Dublin University Magazine veröffentlichten Reiseliteratur beschrieben:

„Sie steht auf einer kleinen Insel, knapp dreihundert Fuß im Durchmesser, gerade ausreichend, um die Burg und einen kleinen Streifen Felsen darum aufzunehmen. Die Insel liegt in sehr tiefem Wasser; die Ufer sind eine Meile weit entfernt, wild und noch dicht bewaldet. Die Burg ist eine wunderschöne Ruine, rund, massiv, altersgrau, außer an den Stellen, an denen sie reich von irischem Efeu überwuchert ist. Die Mauern sind immens dick, mit Schießscharten und gewölbten Fenstern, rund und grün überwuchert. Sie ist anders als andere irische Burgen, die einen quadratischen Grundriss haben.“

Erhaltungsarbeiten an der Burgruine begannen 1987.