Übernahme durch Genesee and Wyoming

Im Jahr 1996 wurde die Bahn von Genesee and Wyoming erworben. Zu diesem Zeitpunkt hatte die CWRY noch 19 Kilometer Gleis von der Norfolk Southern Railway gepachtet. Dieser Gleisabschnitt wurde 2006 erworben und zum Teil vom Staat Virginia finanziert. Im Jahr 2006 hatte die Commonwealth Railway nur zwei Lokomotiven, drei Mitarbeiter und drei Großkunden. Bei allen Kunden handelte es sich um Chemieunternehmen, darunter auch die BASF.

Als das BASF-Werk 2007 geschlossen wurde, verblieben das Amines-Werk am Elizabeth River und das Ciba-Chemiewerk am Nansemond River als Kunden. So hätte sich das Frachtaufkommen stark verringert und der Bahnbetrieb wäre nicht mehr rentabel gewesen. Im selben Jahr eröffnete aber A. P. Moller-Maersk ein neuens Containerterminal (seit 2014 Virginia International Gateway VIG) am Elisabeth River. Dadurch konnte der Bahnbetrieb weiter fortgesetzt werden. Seit dieser Zeit transportiert die CWRY auch Container.

Nach der Ausfahrt aus dem Gelände des Terminals überquerte die Strecke noch mehrere Straßen in den Städten Portsmouth und Chesapeake (Virginia). Lange Züge hätten den Verkehr an diesen Kreuzungen stark behindert, deshalb wurden zu Anfang nur Züge mit einer Länge von 1000 Metern geführt. Daraufhin wurde ein Großteil der alten Strecke aufgegeben und die Gleise, über eine Länge von sieben Kilometern, auf den Mittelstreifen des Western Freeway 164 und der I-664 verlegt. Dies war bereits beim Bau der Autobahnen in den 1980er Jahren eingeplant. Die Verlegung der Gleise wurde vom Staat Virginia finanziert und von der Virginia Port Authority umgesetzt. Der Neubau kostet 60 Millionen US-Dollar. Daraufhin investierte die CWRY ihrerseits 14 Millionen in die Modernisierung ihrer weiteren Streckenabschnitte und in den Bau eines neuen Rangierbahnhofs für die Bereitstellung von längeren Zügen. Seit der Streckenerneuerung können die Züge mit 30 km/h verkehren. In der Nähe des Virginia International Gateway wurde das Eigentum an der alten Trasse an die Virginia Port Authority übertragen. Die Stadt Chesapeake plante dann, die alte Strecke zu erwerben und in das lokale Wegenetz einzugliedern.

Zu den wichtigsten Kunden zählen die Solenis Specialty Chemical Problem Solvers (ehemals Ciba) am Nansemond River in Suffolk, das US-amerikanische Amines-Chemiewerk sowie das von der Virginia Port Authority betriebene Containerterminal Virginia International Gateway (VIG) am Elizabeth River in Portsmouth. In Suffolk übergibt die Bahn heute ihre Züge an die CSX Transportation und die Norfolk Southern Railway zum Weitertransport.

Im Planungsstadium befindet sich noch der Craney Island Marine Terminal (CIMT) Containerterminal nördlich des bestehenden Virginia International Gateway. Dies würde der Bahn weitere Transportleistung einbringen. Dafür ist der Bau einer vier Kilometer langen Bahnstrecke innerhalb der Craney Island Road, dem Rail Connector-Korridor, als Verbindung zur Commonwealth Railway geplant. Der neue Terminal soll 2040 eröffnet werden.