Die Estnischen Meisterschaften im Badminton starteten 1965 als Meisterschaft der estnischen Sowjetrepublik. Nach dem Zerfall der Sowjetunion sind sie seit 1993 offizielle Landersmeisterschaften. Die Austragung von Juniorenmeisterschaften begann im selben Jahr, internationale Titelkämpfe gibt es in Estland seit 2004. Mannschaftsmeisterschaften wurden bisher nur 1996 ausgetragen.
Die Meisterschaften gingen aus der UdSSR-Meisterschaft im Badminton hervor. Nach dem Zerfall der Sowjetunion starteten Aserbaidschan, Armenien, Belorussland, Estland, Georgien, Lettland, Litauen, Moldawien, Russland und die Ukraine eigene Meisterschaften innerhalb des Europäischen Badmintonverbandes EBU, während Kasachstan, Kirgisien, Tadschikistan, Turkmenistan und Usbekistan eine neue Heimat im asiatischen Badmintonverband fanden.