1896–2000: Gründerjahre

Erster Vereinspräsident war der Schaffhauser Kaufmann Robert Sturzenegger, Bruder des bekannten Kunstmalers Hans. Ab 1902 firmierte der Verein – der lange Jahre um sein Überleben kämpfte – dann unter "Fussball-Klub Schaffhausen", später unter "Vereinigte Fussball-Klubs von Schaffhausen" und zwischen 1915 und 1936 unter "Vereinigte FC Schaffhausen-Sparta", bevor er seinen heutigen Namen erhielt. Während der Verein noch bis in die 1920er Jahre keinen eigenen Platz besass, war er bereits im Frühjahr 1901 in die Schweizerische Fussball-Association aufgenommen worden.

2000 bis 2012: Super League auf- und Abstieg

Die Schaffhauser gehörten bisher 54 Saisons der zweithöchsten Spielklasse an und spielten von 1955 bis 1957, 1961/62 und 1963/64 in der Nationalliga A. Nach dem erneuten Aufstieg im Jahre 2004 musste der FC Schaffhausen im Sommer 2007 absteigen und spielt nun in der Challenge League, der zweithöchsten Spielklasse der Schweiz.

Am 21. März 2007 trennte sich der FC Schaffhausen von seinem langjährigen Trainer Jürgen Seeberger. Er war bereits in der 7. Saison beim FC Schaffhausen als Cheftrainer tätig und führte die Mannschaft von der 1. Liga bis in die Axpo Super League. Anschliessend übernahm Marco Schällibaum den Trainerposten und kämpfte mit der Mannschaft gegen den Abstieg in die Challenge League. Dieser konnte allerdings nicht verhindert werden, da man im letzten Spiel mit 0:2 gegen den FC Thun verlor. In der Saison 2010/11 folgte ein weiterer Tiefpunkt in der Vereinsgeschichte des FC Schaffhausen, der FCS verlor in der vorletzten Runde im Spiel gegen Stade Nyonnais mit 2:3 und musste deswegen in die 1. Liga absteigen.

2013 bis 2017: Aufstieg Challenge League und neues Stadion

Am 29. April 2013 wurde bekanntgegeben, dass der FC Schaffhausen alle benötigten sechs Kriterien (Recht, Infrastruktur, Sport, Administration, Finanzen und Sicherheit) erfüllt, um sich die Spiellizenz für die Challenge League zu sichern. In der letzten Partie der Saison 12/13 gelang dem FCS der Wiederaufstieg in die Challenge League.

Von 1991 bis zu seinem Tod im Januar 2019 war Aniello Fontana Präsident und Förderer des FC Schaffhausen. Er war treibende Kraft hinter dem Bau des neuen Stadions Lipo-Park, das Anfang Januar 2017 eröffnet wurde und das bisherige Stadion Breite ersetzte.

2018 bis Jetzt: Ära Roland Klein

Seit Ende Juni 2019 amtet Roland Klein als neuer Präsident des FC Schaffhausen.

Am 21. Februar 2022 gelang dem Verein ein echter Transfercoup. Man konnte den ehemaligen Fußball-Bundesliga-Spieler Raul Bobadilla verpflichten.

In der Saison 2021/22 erreichte man den 2. Platz, was zur Teilnahme an der Barrage gegen den 9. der Super League berechtigte. Nach einem 2:2-Unentschieden zuhause verlor man auswärts in Luzern 2:0. Der FC Luzern blieb somit eine weitere Saison in der Super League und der FC Schaffhausen in der Challenge League.

In der Saison 2022 amtete Hakan Yakin, der Bruder des Schweizer Nati-Trainers Murat Yakin, als Trainer.

In der Saison 2023 gelang mit der Verpflichtung von Eren Derdiyok wiederum ein kleinerer Transfercoup.

Berformance Arena Schaffhausen

Anfang Januar 2017 wurde das neue Fussballstadion LIPO Park Schaffhausen eröffnet. Es bietet rund 8'000 überdachte Sitzplätze und ist mit einem beheizbaren Kunstrasen ausgestattet. Das erste Spiel fand am 25. Februar 2017 gegen den FC Winterthur statt. Der FC Schaffhausen gewann 2:1. Das erste Tor im neuen Stadion schoss Shkelqim Demhasaj. Zu Beginn der Saison 21/22 hat sich die Versicherungsfirma wefox die Namensrechte gesichert. Zu Beginn der Saison 23/24 sicherte sich die Firma Berfomance die Namensrechte für 3 Jahre. Somit heisst das Stadion neu Berformance Arena Schaffhausen. Das Stadion beinhaltet weiterhin einen LIPO Einrichtungsmarkt sowie ein Fitnessstudio der Kette Clever fit.

Stadion Breite

Bis Ende 2016 spielte der FC Schaffhausen im Stadion Breite. Es hat 6'010 ungedeckte Stehplätze, 1'028 gedeckte Sitzplätze und 262 ungedeckte Sitzplätze. Insgesamt fasst das Stadion 7'300 Leute. Die Spielfeldgrösse beträgt ca. 104 × 69 Meter. Es hat 4 Eingänge und 11 Kassen sowie eine Kasse für Vorbestellungen. Es gibt diverse Essens- und Getränkestände sowie ein Klubhaus mit Sitzplätzen für 120 Personen.

Spieler

Trainer

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