1500 bis 1699

1542 führte der dänische König Christian III. auf Basis der neuen Kirchenordnung von Johannes Bugenhagen die Reformation in Dänemark und Schleswig-Holstein ein, womit auch die Nortorfer Kirche protestantisch wurde. 1594 gilt als gesichertes Gründungsjahr der Bünzer Wassermühle. Vermutlich ist sie aber noch deutlich älter.

1626 griff Dänemark erstmals in die Kampfhandlungen des schon seit 1618 währenden Dreißigjährigen Krieges ein. Bis dahin waren Schleswig und Holstein noch verschont geblieben, es wurde daran anschließend jedoch genau wie in allen der umliegenden Ländereien und Staaten gelitten. Beginnend mit Wallenstein in der Zeit 1627–1629, hatten die Bewohner der Aukrugdörfer unter den Pfändungen von Tieren und Vorräten sowie den langdauernden Einquartierungen der Truppen zu leiden.

Ebenfalls von 1644 bis 1645 wurde Rendsburg von schwedischen Truppen besetzt. Erst kurz zuvor, 1627 bis 1629, hatte die Stadt unter kaiserlich-deutscher Herrschaft gestanden. Ähnliches geschah in Itzehoe, das mehrfach mit Einquartierungen belegt und geplündert wurde, aber keine größeren baulichen Zerstörungen erlitt, da der Rat der Stadt bereits 1627 dem Feldherrn Wallenstein die Stadt kampflos übergeben hatte.

1700 bis 1799

1713 fielen die Schweden, Sachsen und Russen in Holstein ein, und Einquartierungen, Plünderungen und hohe Kriegssteuern ließen vermutlich auch die Aukruger völlig verelenden. Erst in der ausgedehnten Friedenszeit ab 1720 traf dann eine langsame Besserung für die Bewohner der Aukrugdörfer ein. 1724 wurde die Hufe, auf der sich heute das Museum Dat ole Hus befindet, erstmals in den Amtsrechnungen aufgeführt. Der Besitz hatte das Recht zur Führung einer Schankwirtschaft und einer Brennerei. Während dieser „königlichen Zeit“ wurde in den Jahren 1779 bis 1787 in Holstein die so genannte Verkoppelung durchgeführt, in deren Rahmen vormals schlecht zu bewirtschaftende schmale Landstücke einzelner Bauern ausgetauscht und „verkoppelt“ und sodann mit Erdwällen („Knicks“) eingerahmt und begrenzt wurden. In dieser Zeit entstand die für diese Region so typische Knicklandschaft.

1800 bis 1849

Am 2. August 1803 wurde der Ortsteil Bünzen durch einen Großbrand zum größten Teil zerstört, nachdem eine Bettlerin glühende Kohlen auf den Hilgen (über den Pferdeställen ist der Hilgen oder Hilden, der Raum zwischen der Höhe des Stalles und den Dielenbalken. Hier lagerte man Torf oder Spreu) in Holms Haus geworfen hatte. Verschont blieb nur die Straße Kloster nördlich der Bünzau. 1804 wurde nach dem Brand die Kate neu aufgebaut, in der sich heute das Heimatmuseum und Museumscafé Dat ole Hus befindet.

Ab 1810 kamen wieder schlechtere Zeiten für Aukrug. Der dänische König war seit 1807 mit dem große Teile Europas beherrschenden Napoleon Frankreichs verbündet, und nachdem dieser 1813 in der Völkerschlacht bei Leipzig besiegt worden war, drangen Truppen der siegreichen Schweden und Russen in die zum dänischen Gesamtstaat gehörigen Herzogtümer Schleswig und Holstein ein. Auch die Kirchspiele Nortorf und Hohenwestedt wurden 1813–14 von Kosaken heimgesucht, die u. a. die Nortorfer Kirche als Kriegsgefangenenlager benutzten. Den nachfolgenden Staatsbankrott Dänemarks bekam auch Schleswig-Holstein zu spüren, und erst ab etwa 1830 trat wieder eine wirtschaftliche Besserung für den Aukrug ein. Als sich 1831 die Cholera im land verbreitete wurden in vielen Orten Cholerafriedhöfe angelegt. Der für Innien befand sich an im Waldstück Filo an der heutigen Gemeindegrenze zu Mörel. Er wurde nie benutzt, da die Krankheit im Aukrug nicht ausbrach.

1835 erhielt Hans Rathjen in Böken eine Konzession für eine Ziegelei auf dem Rüm, die im ersten Jahr 50.000 Mauerziegel und 10.000 Bleichsteine produzierte. 1839 stellte sie mit vier Arbeitern 150.000 Steine her. Sie existierte bis 1864.

Um 1830 hielt der nationale Gedanke Einzug in Schleswig-Holstein, und 1848 erhoben sich die Schleswig-Holsteiner gegen die Herrschaft des dänischen Königs, mit der sie nahezu 400 Jahre zufrieden gewesen waren. Die Erhebung endete 1850 mit der Niederlage in der Schlacht bei Idstedt. Die Herzogtümer verblieben noch bis 1864 im dänischen Staatsverband.

1848 kam es zur Schleswig-Holsteinische Erhebung. Grund war die Schleswig-Holstein-Frage zur nationalen Zugehörigkeit des Herzogtums Schleswig. Die deutschen Schleswig-Holsteiner beriefen sich auf den Vertrag von Ripen und die Verbindung Schleswigs mit Holstein, während sich die dänischen Nationalliberalen auf die Verbindung Schleswigs mit Dänemark und auf die Eidergrenze beriefen. Es kämpften Bundestruppen unter preußischem Kommando gegen die dänischen Truppen.

1850 bis 1899

Am 2. Juli 1850 wurde schließlich der Frieden von Berlin zwischen dem Deutschen Bund und Dänemark geschlossen. Im Erhebungskampf starb ein Soldat aus den Aukrug-Dörfern, Joachim Muxfeldt aus Innien, am 4. Oktober 1850 in Friedrichstadt.

1864 war ein entscheidendes Jahr für Aukrug, als vom 1. Februar bis 30. Oktober der Deutsch-Dänische Krieg stattfand. Es war die militärische Auseinandersetzung um Schleswig-Holstein, vor allem aber um das Herzogtum Schleswig, zwischen dem Deutschen Bund, u. a. mit Preußen und Österreich, auf der einen Seite und dem Königreich Dänemark auf der anderen. Die bekanntesten Ereignisse waren die Aufgabe des Danewerks seitens der Dänen, welches über eine Zeit von mehr als 500 Jahren errichtet worden war und Dänemark über mehr als 1300 Jahre vor Angriffen aus dem Süden beschützt hatte, zudem die Seeschlacht von Helgoland, in dem die Dänen die Oberhand hatten. Ein weiteres herausragendes Ereignis des Krieges war die Erstürmung der Düppeler Schanzen am 18. April 1864. Der Krieg, aus dem die Deutschen siegreich hervorgingen, gilt auch als der erste der drei Einigungskriege. Im Deutsch-Französischen Krieg 1870/71 starben vier Kriegsteilnehmer aus Aukrug. Ihre Namen stehen auf dem Gedenkstein an der Nortorfer St.-Martin-Kirche.

1881 wurde in Innien eine Postagentur eröffnet. 1876 erhielt die Westholsteinische Eisenbahn-Gesellschaft die Konzession, eine eingleisige, 63 km lange Strecke von Neumünster nach Heide zu bauen. Am 22. August 1877 wurde die „Westbahn“ auf einem ersten Teilstück in Betrieb genommen, und Aukrug erhielt einen eigenen Bahnhof entlang der Linie, der auch heute noch besteht und regelmäßig bedient wird. Am 1. Juli 1890 wurde die Bahn verstaatlicht und ging in der Preußischen Staatsbahn auf. Ab Dezember 1892 konnte die Strecke nach Heide weitergeführt werden, da die Grünentaler Hochbrücke über den im Bau befindlichen Nord-Ostsee-Kanal fertiggestellt war. Schon im November 1883 war eine Verlängerung durch eine Zweigstrecke von Heide nach Büsum in Betrieb genommen worden. Dampflokomotiven wurden auf der Strecke noch bis in die frühen 1960er Jahre eingesetzt.

1900 bis 1913

Das Elektrizitätswerk in Innien wurde 1908 gebaut und versorgte die Aukrugdörfer mit Gleichstrom. Im gleichen Jahr wurde auch das Postgebäude errichtet und die Agentur in ein selbständiges Postamt umgewandelt. Zur Entwicklung des Postwesens in Aukrug siehe: Postgeschichte von Aukrug.

1914 bis 1938

Im Ersten Weltkrieg (1914–1918) verloren 45 Soldaten aus Aukrug ihr Leben.

1939 bis 1949

Im Zweiten Weltkrieg (1939–1945) fielen 181 Soldaten aus Aukrug. Zur Erinnerung setzte man am Ehrenmal an der Kirche für jedes Dorf einen Stein mit der Zahl der Gefallenen und Vermissten und einen für die gefallenen Angehörigen der Vertriebenen.

In den ersten Jahren nach dem Zweiten Weltkrieg, im Zuge des gewaltigen Zustromes von Flüchtlingen und Heimatvertriebenen aus dem Osten, nahmen auch die Aukrugdörfer eine große Zahl dieser Menschen auf, teils wegen behördlicher Einweisungen, zumeist aber auf freiwilliger Basis, wodurch sich die Einwohnerzahl des Ortes von 1.758 Personen (1939) auf 3.679 (1946) verdoppelte. Schleswig-Holstein hatte mit 33 % der Wohnbevölkerung den höchsten Flüchtlingsanteil aller drei westlichen Besatzungszonen.

1950 bis 1969

In den fünf Aukrugdörfern wurde vom 27. Juli 1963 bis zum 21. Dezember 1964 die Flurbereinigung auf einer Fläche von rund 4650 Hektar eingeleitet. Der Ausbau der Wirtschaftswege und Vorfluter sowie die neue Besitzzuordnung erfolgte in den Jahren 1964 bis 1971. Die durchschnittliche Bewirtschaftungseinheit wurde durch die Flurbereinigung von vier auf sechs Hektar erhöht. Fünf landwirtschaftliche Betriebe wurden im Rahmen der Dorferneuerung ausgesiedelt. Die Gesamtkosten der Maßnahmen betrugen 7,5 Millionen Deutsche Mark.

In den 1960er Jahren gab es erste Überlegungen, die fünf Gemeinden des damaligen Amtes Innien zu einer Gemeinde mit einer Verwaltung zusammenzulegen. Wesentlich vorangebracht hat diese Idee der frühere Kreis- und Landtagsabgeordnete Heinz-Wilhelm Fölster aus Aukrug-Bargfeld. Die Bezeichnung „Aukrug“ die durch Georg Reimers Dorfchronik Die Geschichte des Aukrugs bekannt geworden war, war bereits bei gemeinsamen Projekten der fünf Dörfer mehr und mehr in Gebrauch genommen worden und wurde nun von den Wortführern des Zusammenschlusses verwendet. Durch die vom Land Schleswig-Holstein vorgesehene Ämterneuordnung kam 1968 Bewegung in den Prozess der Dörferzusammenlegung. Am 22. April 1968 beantragte die Gemeindevertretung Innien die Unterstützung des Kreises und des Innenministeriums für den Zusammenschluss der Aukrugdörfer zu einer amtsfreien Gemeinde. Für die praktischen Fragen der Zusammenlegung wurde ein Arbeitsausschuss gebildet, der aus den damaligen Bürgermeistern, ihren Stellvertretern sowie zwei weiteren Gemeindevertretern aus Innien bestand. Am 8. Mai 1968 erstellte man im Rahmen einer Sitzung des Amtsausschusses einen Vertragsentwurf, der die Bedingungen der Zusammenlegung regelte und der später unverändert zur Grundlage des Vereinigungsvertrages wurde.

Am 2. Juli 1968 wurde, der Vertrag zur Gründung der Gemeinde Aukrug von den bevollmächtigten Gemeindevertretern und der Landesregierung unterschrieben, der dann am 31. Dezember 1969 in Kraft trat. Die neue Gemeinde sollte eigentlich amtsfrei werden, hatte dafür aber zu wenig Einwohner. Daher bildete die Gemeinde Aukrug mit den Gemeinden des damaligen Amtes Wasbek zum 1. Juni 1970 das Amt Aukrug.

1970 bis 1999

Die Schneekatastrophe 1978/1979, als ganz Schleswig-Holstein stark betroffen wurde und der gesamte Verkehr tage- und wochenlang zum Erliegen kam, lief für Aukrug, trotz des Katastrophenalarms ab 13. Februar 1979, einigermaßen glimpflich ab.

21. Jahrhundert

Seit dem 1. Januar 2012 gehört die Gemeinde zum Amt Mittelholstein, das aus den Gemeinden der bisherigen Ämter Aukrug, Hanerau-Hademarschen und Hohenwestedt-Land sowie der Gemeinde Hohenwestedt gebildet wurde. Im Juni 2018 feierte die Kirchengemeinde Aukrug ihr 125-jähriges Bestehen.