Gründung

Das Frauenstift Niedernburg wurde wohl 772 (so eine Traditionsnotiz der Klosterfrauen des 17./18. Jahrhunderts) unter Tassilo III. und Liutberga von Baiern gegründet. Sicher kann das Frauenstift als agilolfingische Gründung gelten.

Vielfach wird auch auf das Jahr 739 verwiesen, in der auch in Passau die bairische Bistumsorganisation etabliert wurde. In den Grabungsberichten wird die erste Kirche auf um 700 datiert (14C-Daten aus dem Setzmörtel der Apsismauer zwischen 642 und vor 775 n. Chr.), was eine Gründung (eventuell zuerst als agilolfingische Herzogspfalz?) auch unter den Herzöginnen und Herzögen Theodo II. und Folchaid, Theodolt und Pilitrud oder Odilo und Hiltrud, die nach dem Tod Odilos 748 bis 754 in Vormundschaft für ihren minderjährigen Sohn Tassilo III. allein regierte und wohl gleichzeitig das Amt der Äbtissin des Frauenstifts Nonnberg in Salzburg innehatte, plausibel machen würde.

Reichsstift (1010–1160)

Niedernburg erhielt 1010 von Heinrich II. die Reichsunmittelbarkeit verliehen. Erste namentlich bekannte Äbtissin war Heilika, die von 1010 bis 1020 amtierte und vermutlich die Benediktsregel eingeführt hatte. Im 11. Jahrhundert entstand die romanische Pfeilerbasilika Heiligkreuz. Mitte des 11. Jahrhunderts wurde hier die Äbtissin Gisela von Bayern, Schwester Kaiser Heinrichs II. und Witwe des ungarischen Königs Stephan des Heiligen bestattet. Im 12. Jahrhundert wurde als zweiter Sakralbau eine Marienkirche errichtet.

Für das 12. Jahrhundert ist zudem eine enge Verbindung zum mächtigen Geschlecht der Grafen von Sulzbach nachgewiesen: So sind urkundlich Berengar I. von Sulzbach (vor 1080–1125) als Vogt der seinerzeit amtierenden Äbtissin Kunigunde sowie dessen Tochter Adelheid als Äbtissin für das Jahr 1147 bezeugt. Das von Berengar eingenommene Vogteirecht innerhalb dieses seinerzeit reichen Frauenstifts ragte aufgrund dessen Reichsstellung und großer Besitzungen besonders heraus. Zugleich könnte es nicht nur den Niedergang des Klosters als Reichsstift, sondern auch den derer von Sulzbach bedeutet haben, als Adelheid vor 1160 als Äbtissin abgesetzt worden war – auch wenn das die an ihren Bruder Gebhard (um 1114–1188) weitergegebenen und vermutlich bis zu seinem Tod geltenden Vogteirechte formal nicht betraf, waren seine Zugriffsmöglichkeiten nun durch die im Vergleich zum König viel bedrängendere Nähe des Bischofs als neuen Klosterherrn weit mehr eingeschränkt.

Verlust der Reichsunmittelbarkeit

Das Kloster Niedernburg wurde 1161 von Friedrich I. Barbarossa dem Passauer Fürstbischof Konrad I. von Babenberg geschenkt, wodurch es die Reichsunmittelbarkeit wieder verlor. Sein Nachfolger Wolfger von Erla erhielt von Kaiser Heinrich VI. im Jahr 1191 auch Königssteuer und Vogteirechte, sodass Niedernburg zum Eigenkloster der Passauer Bischöfe wurde und der weite Grundbesitz des Klosters den wirtschaftlichen Grundstock für das Hochstift Passau bilden konnte. Die Äbtissin wurde von Wolfger abgesetzt und die Leitung des Klosters an eine Dechantin übertragen.

Erwähnung im Nibelungenlied

Helmut de Boor meint, das Kloster Niedernburg könnte das im 13. Jahrhundert verfasste Nibelungenlied erwähnte Kloster sein:

Ab 15. Jahrhundert

Im 15. Jahrhundert wurde das Grab der als Seligen verehrten Gisela das Ziel zahlreicher ungarischer Pilger. Um 1500 wurde die damalige Dechantin Ursula von Schönstein von Papst Alexander VI. wieder in den Rang einer Äbtissin erhoben. 1583 öffnete Fürstbischof Urban von Trennbach den Konvent auch für Bürgertöchter. Die beiden verheerenden Passauer Stadtbrände von 1662 und 1680 zerstörten jeweils auch das Kloster. Heiligkreuz-Kirche und Konventgebäude wurden aber schnell wieder errichtet. 1780 wurde in Niedernburg eine Mädchenschule eingerichtet.

Ab 19. Jahrhundert

Das Kloster wurde 1806 im Zuge der Säkularisation aufgelöst. In der Klosteranlage wurde 1815 eine Besserungs- und Beschäftigungsanstalt der Polizei, 1822 eine Irrenanstalt und 1826 ein Taubstummenheim untergebracht. Bischof Karl Joseph von Riccabona konnte 1836 in Kloster Niedernburg Englische Fräulein ansiedeln, die hier das „Gisela-Gymnasium“, die „Gisela-Realschule“ und ein Schülerinnenheim einrichteten.

Das Grab der in Ungarn sehr verehrten seligen Äbtissin Gisela, Königin von Ungarn, wird von vielen Pilgern besucht.

Ende des Klosterbetriebs ab 2013

Im Oktober 2013 verließen die Englischen Fräulein das Kloster, da sie für den laufenden Betrieb zu wenige und mittlerweile zu alt waren. Die Kirche ist seitdem nur noch sporadisch geöffnet. Einzige Nutzer der Gebäude sind nun die beiden Gisela-Schulen und das Schülerinnenheim. Nachdem der Freistaat Bayern zum Teil Eigentümer der Immobilie ist und zwischen den bisherigen Nutzern und dem Freistaat Bayern zusätzlich ein Erbbaurechtsvertrag besteht, werden zwischen der Diözese Passau und dem Freistaat Bayern Verhandlungen über den Verkauf der Anlage an die Diözese Passau geführt.

Das Grab des Gregorius

Laut einer Legende starb am 23. September 1093 zur Mittagsstunde ein alter armenischer Erzbischof namens Gregorius während einer Sonnenfinsternis, welcher vor dem Hochaltar der niedernburger Klosterkirche bestattet wurde. Das Grab wurde bei Ausgrabungen 1978 gefunden. Auch konnte für das überlieferte Datum eine Sonnenfinsternis für ca. 11:00 Uhr nachgewiesen werden. Zwei im Grab gefundene Bleiplatten, welche die (auf Grund starker Korrosion der Platten lückenhafte) Lebensgeschichte des Gregorius überliefern, weisen ihn als natione Armenus aus.

Die im Grab aufgefundenen Bleiplatten sowie die im Mittelmeerraum entstandene Gürtelschnalle und das Pektoralkreuz sind heute in Museum Kastell Boiotro ausgestellt. Die Gebeine Gregorius wurden 1982 nach armenischem Ritus wieder im Mittelgang der Kirche bestattet. Das Grab ist heute durch eine Grabplatte gekennzeichnet. Es wird vermutet, dass Gregorius im Zusammenhang mit den Byzantinisch-Seldschukischen Kriegen nach 1071 nach Passau kam.

In Passau wirkte Gregorius laut Überlieferung unter anderem als Lehrer des Seligen Englmar.