Die Rugby-Bundesliga 1998/99 ist die 28. ihrer Geschichte. Gespielt wurde zunächst in einer zweigleisigen Bundesliga mit den Staffeln Nord/Ost und Süd/West zu je sechs Mannschaften, die ihre Spiele im Herbst 1998 absolvierten.
Die 6 erstplatzierten Mannschaften spielten im Frühjahr 1999 in einer Endrunde um die deutsche Meisterschaft im Rugby. Meister wurde der Deutsche Rugby-Club Hannover (DRC Hannover), der sich in den beiden Finalspielen gegen die Rudergesellschaft Heidelberg (RG Heidelberg) durchsetzte.
1. Bundesliga Nord/Ost
Qualifiziert für die Endrunde: DRC Hannover, DSV 1878 Hannover, TSV Victoria Linden.
1. Bundesliga Süd/West
Qualifiziert für die Endrunde: RG Heidelberg, SC Neuenheim, ASV Köln.
Absteiger (Nord/Ost): ?
Absteiger (Süd/West): ?
Aufsteiger (Nord/Ost): Berliner Rugby Club, SC Germania List, Spielgemeinschaft VfR Döhren 06/FC Schwalbe Hannover
Aufsteiger (Süd/West): TSV Handschuhsheim, RK Heusenstamm, Heidelberger RK
Meisterschaftsrunde
| Pl. | Verein | Sp | Punkte | Dif | Pkt |
| 1. | DRC Hannover | 10 | 329:88 | +241 | 28 |
| 2. | RG Heidelberg | 10 | 395:154 | +241 | 26 |
| 3. | DSV 1878 Hannover | 10 | 235:161 | +74 | 24 |
| 4. | SC Neuenheim | 10 | 231:242 | −11 | 18 |
| 5. | TSV Victoria Linden | 10 | 116:273 | −157 | 12 |
| 6. | ASV Köln | 10 | 67:455 | −388 | 11 |
Endspiele
20. Juni 1999 in Heidelberg: RG Heidelberg – DRC Hannover 22:11
4. Juli 1999 in Hannover: DRC Hannover – RG Heidelberg 24:10