Fußball-Bayernliga 2008/09

Die Saison 2008/09 der Bayernliga war die 64. Spielzeit der Fußball-Bayernliga und nach der Einführung der 3. Liga die erste als fünfthöchste Spielklasse in Deutschland. Der Meister und Aufsteiger in die Regionalliga wurde die SpVgg Weiden mit neun Punkten Vorsprung auf den TSV Aindling.

Die Abstiegsplätze belegten der 1. FC Schweinfurt 05 und die Würzburger Kickers. Da die Mannschaften auf den Rängen 14 bis 16 am Saisonende allesamt punktgleich waren, spielten sie in drei zusätzlichen Entscheidungsspielen um den Verbleib in der Liga. Dort schaffte der TSV Rain a. Lech den Klassenerhalt, während der SV Seligenporten den Relegationsplatz erreichte. Der Würzburger FV stieg als dritte Mannschaft direkt ab. Der SV Seligenporten sicherte sich anschließend in der Relegationsrunde mit den Vizemeistern der Landesliga Bayern den Klassenerhalt.

Aus den drei Staffeln der Landesliga Bayern stiegen der TSV 1860 Rosenheim, der SV Schalding-Heining und der SV Memmelsdorf/Ofr. als jeweilige Staffelsieger auf. Die Absteiger aus der Regionalliga Süd waren die zweite Mannschaft der SpVgg Unterhaching und der TSV Großbardorf. Die Bayernliga spielte in der folgenden Saison mit 19 Mannschaften.

Der Torschützenkönig wurde Thomas Karg vom VfL Frohnlach mit 24 Treffern.